| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 2,211,670 | 0 | C | A | 5.1% | 682.9 / 14.7 | 200 | intergenic (+663/+150) | USA300HOU_RS11275/yidC | hypothetical protein/Membrane protein insertase YidC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (115/74); new base A (6/4); total (121/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
CATATACTGCTACACTGATGAATCATTGTGTCAAGATGACATTGCGATGAAGAATGACAACTCTGTTATTAACCACTTTTTACATACTGAAAACTCGTTAATATTATTTCAAATAAAAACAGCAGTAGGATGACTTTCACATTTGAAA‑TCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGAC > USA300TCH1516_ALE/2211531‑2211810 | cATATACTGCTACACTGATGAATCATTGTGTCAAGATGACATTGCGATGAAGAATGACAACTCTGTTATTAACCACTTTTTACATACTGAAAACTCGTTAATATTATTTCAAATAAAAACAGCAGTAGGATGACTTTcaca < 4:194213/141‑1 (MQ=255)cATATACTGCTACACTGATGAATCATTGTGTCAAGATGACATTGCGATGAAGAATGACAACTCTGTTATTAACCACTTTTTACATACTGAAAACTCGTTAATATTATTTCAAATAAAAACAGCAGTAGGATGACTTTcaca < 2:620825/141‑1 (MQ=255) ataCTGCTACACTGATGAATCATTGTGTCAAGATGACATTGCGATGAAGAATGACAACTCTGTTATTAACCACTTTTTACATACTGAAAACTCGTTAATATTATTTCAAATAAAAACAGCAGTAGGATGACTTTCACAttt > 2:1352350/1‑141 (MQ=255) tgaATCATTGTGTCAAGATGACATTGCGATGAAGAATGACAACTCTGTTATTAACCACTTTTTACATACTGAAAACTCGTTAATATTATTTCAAATAAAAACAGCAGTAGGATGACTTTCACATTTGAAA‑TCATCTTActg < 2:258274/141‑1 (MQ=255) 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2:961296/1‑141 (MQ=255) cagcagTAGGATGACTTTCACATTTGAAA‑TCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACtttt < 2:199220/141‑1 (MQ=255) gcagTAGGATGACTTTCACATTTGAAA‑TCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAg > 2:105149/1‑141 (MQ=255) agTAGGATGACTTTCACATTTGAAA‑TCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAggg < 2:1452528/141‑1 (MQ=255) agTAGGATGACTTTCACATTTGAAA‑TCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAggg < 1:363637/141‑1 (MQ=255) gATGACTTTCACATTTGAAA‑TCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATCTTTCGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGcac < 1:29465/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |