| Predicted mutation | |||||||
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,586,327 | G→T | 5.6% | I133I (ATC→ATA) | ysdC_2 ← | Putative aminopeptidase YsdC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,586,327 | 0 | G | T | 5.6% | 806.7 / 5.0 | 239 | I133I (ATC→ATA) | ysdC_2 | Putative aminopeptidase YsdC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (100/119); new base T (16/2); total (117/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.70e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
TCAAATGCTTTCGCAGTTAAATATTTATCATTTGCAAGCACTTCAAATTCACTATATGGCGTAACCATATTGCCTACTTCAACGCCAGCTTCTTCAGCTTCTTCCTTGCTACTAACACCAATATCTATAAACATATTTTTGATTTCCATTGGCTTTTTACGTTCTTCAGGCGTTAAGACATGTGGCGGTTTAGAACCGATGATACCTCTAATTTCTTTGCCCGAATCTGTTGTAATCGTTACTTTTTGAGATAGCATGACTTGATTCCACCATCCACCAAC > USA300TCH1516_ALE/2586187‑2586467 | tCAAATGCCTTCGCAGTTAAATATTTATCATTTGCAAGCACTTCAAATTCACTGTATGGCGTAACCATATTGCCTACTTCAACGCCAGCTTCTTCAGCTTCTTCCTTGCTACTAACACCAATATCTATAAACATATTTTTg < 2:1069755/141‑1 (MQ=255) aTGCTTTCGCAGTTAAATATTTATCATTTGCAAGCACTTCAAATTCACTATATGGCGTAACCATATTGCCTACTTCAACGCCAGCTTCTTCAGCTTCTTCCTTGCTACTAACACCAATATCTATAAACATATTTTTGAttt < 2:459701/141‑1 (MQ=255) aTGCTTTCGCAGTTAAATATTTATCATTTGCAAGCACTTCAAATTCACTATATGGCGTAACCATATTGCCTACTTCAACGCCAGCTTCTTCAGCTTCTTCCTTGCTACTAACACCAATATCTATAAACATATTTTTGAttt > 2:54387/1‑141 (MQ=255) cTTTCGCAGTTAAATATTTATCATTTGCAAGCACTTCAAATTCACTATATGGCGTAACCATATTGCCTACTTCAACGCCAGCTTCTTCAGCTTCTTCCTTGCTACTAACACCAATATCTATAAACATATTTTTGATTTCCa < 1:1163266/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tttttGATTTCCATTGGCTTTTTACGTTCTTCAGGCGTTAAGACATGTGGCGGTTTAGAACCGATGATACCTCTAATTTCTTTGCCCGAATCTGTTGTAATCGTTACTTTTTGAGATAGCATGACTTGATtccaccatcca < 1:45941/141‑1 (MQ=255) tttGATTTTTATTGGCTTTTAAAGTTCTTCAGCCGTTAAGACATGTGGCGGTTTAGAACCGCTGATTCCTCTAATTTCTTTGCCCGAATCTGTTGTAATCGTTACTTTTTGAGATAGCATGACTTGATtctaccatccacc > 4:240223/1‑141 (MQ=255) tGATTTCCATTGGCTTTTTACGTTCTTCAGGCGTTAAGACATGTGGCGGTTTAGAACCGATGATACCTCTAATTTCTTTGCCCGAATCTGTTGTAATCGTTACTTTTTGAGATAGCCTGAATTCATTCCACCATCCACCaa > 1:1262781/1‑141 (MQ=255) | TCAAATGCTTTCGCAGTTAAATATTTATCATTTGCAAGCACTTCAAATTCACTATATGGCGTAACCATATTGCCTACTTCAACGCCAGCTTCTTCAGCTTCTTCCTTGCTACTAACACCAATATCTATAAACATATTTTTGATTTCCATTGGCTTTTTACGTTCTTCAGGCGTTAAGACATGTGGCGGTTTAGAACCGATGATACCTCTAATTTCTTTGCCCGAATCTGTTGTAATCGTTACTTTTTGAGATAGCATGACTTGATTCCACCATCCACCAAC > USA300TCH1516_ALE/2586187‑2586467 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |