| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | USA300TCH1516_ALE | 2,608,825 | 0 | A | T | 10.1% | 569.5 / 41.6 | 177 | intergenic (+106/+154) | USA300TCH1516_02485/USA300HOU_RS13450 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (69/90); new base T (11/7); total (80/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
GTAATTTTAAACAAGTTGAAAATGAAGGATTCTAATATCATTTCGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCACCAACGAGGGCAAGTTACATCAATCACACTTCAATTGCCGCCGACTAGGGGTAGTAATCA > USA300TCH1516_ALE/2608685‑2608965 | gTAATTTTAAACAAGTTGAAAATGAAGGATTCTAATATCATTTCGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACT‑AAAGCAACATCCAAtata > 4:456098/1‑141 (MQ=255) tAAATTTAAACAAGTTGAAAATGAAGGATTCTAATATCATTTCGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAg < 4:703472/141‑1 (MQ=255) tAAACAAGTTGAAAATGAAGGATTCTAATATCATTTCGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAAGCCACGTCCTATATTGGatgt < 2:636932/141‑4 (MQ=255) aaCAAGTTGAAAATGAAGGATTCTAATATCATTTCGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGc > 2:236031/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tatcGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGAGGGGAGTTCGGGTTTACTTAAGTAAAGGGGTCTGCCCCCAATTGCTCCCCAAGGCGGGCAAGTTACATCAATCACACTTCAATTGCCGGCGACTAGGGGTAGTaa > 2:870767/1‑141 (MQ=255) ataGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCCGATTTGTGGGGCGTTCGGGTTTCCTTAATTAAAGGGGTCTTCCCTCAATTGCTCTCCGCCGCGGGCAAGTTACATCTATCGCACTTATATTGCCGCCGACTAGGGgtagttag < 2:600960/141‑4 (MQ=255) ataGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCTATTGCTCACCAACGAGGGCAAGTTACATCAATCACACTTCAATTGCCGCCGACTAGGGGTAGTAAt < 1:976245/141‑1 (MQ=255) ataGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCTATTGCTCACCAACGAGGGCAAGTTACATCAATCACACTTCAATTGCCGCCGACTAGGGGTAGTAAt < 1:976291/141‑1 (MQ=255) aGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCACCAACGAGGGCAAg < 1:235804/95‑1 (MQ=255) | GTAATTTTAAACAAGTTGAAAATGAAGGATTCTAATATCATTTCGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCACCAACGAGGGCAAGTTACATCAATCACACTTCAATTGCCGCCGACTAGGGGTAGTAATCA > USA300TCH1516_ALE/2608685‑2608965 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |