| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000731 | 25,669 | (A)7→6 | coding (322/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 25,663 | 0 | A | . | 96.1% | 332.9 / 2.8 | 77 | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/3); new base . (42/32); total (42/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.95e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAA > CP000731/25524‑25798 | ttgtatGGTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAATa < 1:103/140‑1 (MQ=255) atGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAATaaaaa < 1:274754/140‑1 (MQ=255) atGTTATTTACAATAGTTCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGTTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAATaaaaa < 2:309536/140‑1 (MQ=255) tATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGAATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATATTAAAAATaaaaaatat > 1:43477/1‑137 (MQ=255) tATTTACAAACGGGCTTAAAGTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAATaaaaaatat > 2:120055/1‑137 (MQ=255) aTTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAATaaaaaatata > 2:258692/1‑136 (MQ=255) tACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACAt < 1:12642/140‑1 (MQ=255) acacTAGTGCTTAAATTGACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATc < 2:43264/140‑1 (MQ=255) tAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATAAACATCTaaa > 1:194200/1‑140 (MQ=255) gTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAgg > 2:282084/1‑140 (MQ=255) ttAAATTTATAGGTTTGTCACGAAGTAATGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaa < 1:51064/140‑1 (MQ=255) ttAAATTTACATGTTTGTCACCAAGTATTTAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaa < 1:215608/140‑1 (MQ=255) aaaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTATTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAAt > 2:16786/1‑140 (MQ=255) aaTTAACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAAtt < 1:268016/140‑1 (MQ=255) aTTTACAGGTTTTTCACCAAGTATTTAATGATCTTGTTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTa < 1:68648/140‑1 (MQ=255) aTTAACAGGTTTGTGTACATGTATTTAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATAATACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTa < 2:195381/140‑1 (MQ=255) aCAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGa < 1:171902/140‑1 (MQ=255) cAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCTAGAAATTATCTTTATACTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaa > 1:311078/1‑140 (MQ=255) cAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTCTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaa > 2:197693/1‑140 (MQ=255) cAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTATCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTAATGATGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTCATGaa > 1:16209/1‑140 (MQ=255) ggTTTGTTACCAAGTATTGAAGGATCGTGGTTTTCTTAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaaa < 2:310616/140‑1 (MQ=255) ggTTTGTCAACAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGAACTATTTCTAATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaaa < 1:64610/140‑1 (MQ=255) ttgcaaCCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATGCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCAATATTTCTTATGCTGT‑TTAATTAGTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATa < 2:62831/135‑1 (MQ=255) ttGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATCATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑CTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATa > 2:234534/1‑140 (MQ=255) gtcaagaaGTATTGAAGGATTTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGa < 2:173600/134‑1 (MQ=255) cACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTTAATATCCAGAAATTTTCTTTATAAGTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAt < 2:86291/140‑1 (MQ=255) cAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTag > 1:212951/1‑140 (MQ=255) cAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTAATA‑CCTCTGTAAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTag > 1:326060/1‑140 (MQ=255) aaGTATTGAAGGATCTTGGTTTTTTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTaga < 2:210121/140‑1 (MQ=255) aaGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTaga < 1:281205/140‑1 (MQ=255) tGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAatat > 2:324998/1‑140 (MQ=255) tGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAatat > 2:58991/1‑140 (MQ=255) aaGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAg > 2:181468/1‑140 (MQ=255) aaGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAg > 1:86114/1‑140 (MQ=255) aagATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTAAAATTGTAGCACTATATCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGa < 1:93588/138‑1 (MQ=255) aGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGa > 1:12724/1‑140 (MQ=255) aGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGa < 1:21661/140‑1 (MQ=255) aGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGa < 1:204091/140‑1 (MQ=255) gATATTGGTTTTCTCAATATGCAGAAAGTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGaaa < 2:101436/140‑1 (MQ=255) tttGTTTTTCTAAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGAAGCACTATTTATTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACa < 1:134667/139‑1 (MQ=255) ttgTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaa < 2:32178/138‑1 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATATAATTAGAGAATATAGATAACaaaa > 1:61545/1‑140 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATATAATTAGAGAATATAGAAAACaaaa > 2:296023/1‑140 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaa > 2:255616/1‑140 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAACAAACaaaa > 2:8077/1‑140 (MQ=255) ttttCTCAATATACAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAg < 1:138728/140‑1 (MQ=255) tttCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAgg > 2:286769/1‑140 (MQ=255) tttCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAgg < 1:99122/140‑1 (MQ=255) tttCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGATTAAATTAATGAAAAATAGAATTACAGAATATAGAAATCAAAAAga > 2:212813/1‑139 (MQ=255) tctcAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTCTACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGaa > 2:46633/1‑140 (MQ=255) tcAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAAtt > 1:247795/1‑140 (MQ=255) cAATATCAAAAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAAttt < 1:218334/140‑1 (MQ=255) aaTATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtc < 1:198146/140‑1 (MQ=255) tatCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTATTGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtctc > 1:309559/1‑140 (MQ=255) tatCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtttc > 1:93799/1‑140 (MQ=255) tatCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtctc > 1:202089/1‑140 (MQ=255) tatCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTAGTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtctc > 1:92718/1‑140 (MQ=255) cAGAAATTTTCTTTATAATTGAAGAACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATATAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGa < 2:214166/140‑1 (MQ=255) aTTTTCTATATAATTGTAGAACTATTTCGTATGCTGT‑TTAATTAATATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACtt < 2:152514/140‑1 (MQ=255) ttttCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATAAGAGAATATAGAAAACAAAAAAGAATTTCTCAAGAAACttt > 2:225066/1‑140 (MQ=255) tttCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGACAAATTGAATTATAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAAATTTa > 1:106341/1‑140 (MQ=255) ttatttATTATTGTAGCACTATTTATTATGCTGT‑TTAATTACAATAATA‑AAAAAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTaa < 2:231665/137‑1 (MQ=255) cTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGt > 1:159014/1‑140 (MQ=255) ttATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAAGAATTTATCAAGAAACTTTAAGTaa > 1:159873/1‑140 (MQ=255) gTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGAAATTTCTCAAAAAACTTTAAGTAAATAATTaa > 2:151687/1‑140 (MQ=255) tAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaa < 1:306725/140‑1 (MQ=255) gCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑ATCACATACACAGCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGACTTAGAGCGTATCGATATCAGAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGCATTAAAAg > 2:132570/1‑140 (MQ=255) gCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAg > 2:45514/1‑140 (MQ=255) aTGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGAGTAAAATAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaaa < 1:189081/140‑1 (MQ=255) tGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAAc > 2:93465/1‑140 (MQ=255) tGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAACTGTCTAGGCAAAc > 2:72561/1‑140 (MQ=255) cTGT‑TTAATTACTATAATACAAA‑AAAAAAATATACATCAAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTa < 1:134301/140‑1 (MQ=255) gT‑TTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTAtt < 1:248023/140‑1 (MQ=255) ttACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATgaa > 1:211871/1‑138 (MQ=255) ttACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCa > 1:130397/1‑140 (MQ=255) tactatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCaa > 2:254513/1‑140 (MQ=255) tactatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGACAAACTATTAATGCaa > 1:120899/1‑140 (MQ=255) actatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAAt > 2:136820/1‑140 (MQ=255) tatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAg > 1:229131/1‑140 (MQ=255) tatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAg > 1:87667/1‑140 (MQ=255) actacAAAT‑AAAAAATATATAAATAAAAGTTAAATTAATGAAAAATAAAAAATATCAACTCAAAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaaa < 1:154112/140‑1 (MQ=255) aatacAAATAAAAAAA‑AAACAAATAAAGGATAAAATAATGAAAAAGAGAATTAGAGAAAATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACGTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaaa < 1:267178/138‑1 (MQ=255) aatacAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaaa < 2:207380/138‑1 (MQ=255) aaaaaaaaTAATATACATCAAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTCATGCAATATAAAACaa < 2:202089/140‑1 (MQ=255) | TTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGT‑TTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAA > CP000731/25524‑25798 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |