Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | USA300TCH1516_ALE | 618,636 | 0 | G | A | 6.6% | 843.1 / 3.4 | 381 | S1246S (TCG→TCA) | sdrD | Serine‑aspartate repeat‑containing protein D |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (166/152); new base A (31/12); total (207/174) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.46e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.81e-01 |
Only 100 of 383 total aligned reads displayed.
GCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCA > USA300TCH1516_ALE/618503‑618768 | gCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCg < 1:2452450/134‑1 (MQ=255) aCTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGAc < 1:1764984/134‑1 (MQ=255) tctgATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGGCTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTc < 2:1515714/131‑1 (MQ=255) tCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGTGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTc < 1:539772/134‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |