| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,744,362 | G→A | 12.1% | H104Y (CAC→TAC) | apt ← | Adenine phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,744,362 | 0 | G | A | 12.1% | 478.4 / 29.5 | 207 | H104Y (CAC→TAC) | apt | Adenine phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (95/78); new base A (17/11); total (117/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
TTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAA > USA300TCH1516_ALE/1744230‑1744494 | aaaTGCAATACCTACTACTATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACGAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTTGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTg < 2:742180/134‑1 (MQ=255) aaaTGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTCGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTAGACCTGATATAATTACATCTTTGTACATTg > 1:2251029/1‑134 (MQ=255) aTGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACTACTATAACCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGtt > 1:1361772/1‑134 (MQ=255) aTGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGtt < 1:537798/134‑1 (MQ=255) aaTACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTaaaa < 1:2298211/134‑1 (MQ=255) aTACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACAAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGATTTAATTACATCTTTGTGCATTGTCAAAAc > 2:2310073/1‑134 (MQ=255) ccTACTACGATACCGCCTAATTTTACAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACAAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACAtt > 2:2070044/1‑134 (MQ=255) tacGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTAc > 2:2697076/1‑134 (MQ=255) tacGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTCAACAATTTGTAc > 2:1105234/1‑134 (MQ=255) acGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACAAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTAcc < 2:2808631/134‑1 (MQ=255) cGATACCGCCTATTTTTTTAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCa < 1:2543796/134‑1 (MQ=255) cGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACTAGTAGCTAATAAATCTTCTGTAATTAACACACGTTGCCCTGGTTTAATTGAATCTTTGTGCATTGTTAAAAAATTTGTActa > 1:96130/1‑132 (MQ=255) gATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCCCCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATGGTTAAAGCATTTGTACCat > 1:326300/1‑134 (MQ=255) gATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCat > 1:759331/1‑134 (MQ=255) aTACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTACATCTTTTAGCATTATTAAAACAATTGTACCata > 1:1625804/1‑134 (MQ=255) tACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCatat < 1:2312191/134‑1 (MQ=255) ccGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTTTGCATTGTTAAAACATTTGTACTATATTc > 1:1148424/1‑134 (MQ=255) ccGCCTAATTTTTCAACTAATTGTATTGCTGCTTCAATGGTACTACCAGGAGGTAATAAAACATCTGTAATTTACACACGTTGACCTGGATTAATTCAATATTTCTGCATGGATTAAACTTTTGTACAATTTTc > 2:1157875/1‑134 (MQ=255) cGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTTCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCt > 1:1510823/1‑134 (MQ=255) gCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGATGACCTGGTTTAATTCAATTTTTGTGCATTCTTAAAACATTTGTACCATCTTCTa > 2:599063/1‑134 (MQ=255) ccTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACAAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAg > 2:1965970/1‑134 (MQ=255) aTTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCa < 2:403048/134‑1 (MQ=255) tttttCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCAt < 1:986917/134‑1 (MQ=255) tttttCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCAt > 1:353033/1‑134 (MQ=255) tttttCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCAt < 1:1329366/134‑1 (MQ=255) tttttCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTTTATCATTTGTACATTATTCTAGGTTAt > 1:2481466/1‑134 (MQ=255) ttCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACt > 1:924480/1‑134 (MQ=255) ttCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTCCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACt > 2:1062294/1‑134 (MQ=255) tCAACTATTTTTATTTCTGCTTCATTCGTATCACCAGTTGATAATAAATCATCAGTAAGTAACACACGTGGACCTGGTTTAATGGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTc < 1:596890/134‑1 (MQ=255) tCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACGCCCGTTAACCTAGATTCATTTCATCCTTGTTCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTc < 1:2111963/134‑1 (MQ=255) tAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAAc > 2:1759833/1‑134 (MQ=255) tAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAAc > 1:2566260/1‑134 (MQ=255) tAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATATTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAAc > 1:575708/1‑134 (MQ=255) aaTTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACg < 2:288763/134‑1 (MQ=255) ttATTGCTGCTTTAATCGTACCACAAGTAGCTAATAAATCATCTGTAAGGAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATg < 1:1082229/134‑1 (MQ=255) ttATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATg < 2:504784/134‑1 (MQ=255) tATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTTCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAAGTCATACTCATAACGAATGa > 1:282621/1‑134 (MQ=255) tATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGa > 1:614195/1‑134 (MQ=255) aTTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAGTAAAGCAGCAGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGAc > 1:1245902/1‑134 (MQ=255) tgctgcTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTTCATTGTTAAAACATTTGTACCATTTTCTAGGTCATATTCATAACGAATGACtt > 1:2433557/1‑134 (MQ=255) ctTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGa < 2:2738967/134‑1 (MQ=255) ttCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAg > 2:1068100/1‑134 (MQ=255) ttCAATCATACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTATTAAAACATTTGTACCATATTCTAAATCATACTCATAACGAATGACTTCAagag > 2:143441/1‑134 (MQ=255) tCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTACATCTTTTTGCATTGTTAAAACATTTATACCATATTATAGGTCATACTCATACCGAATGACTTCaagcgg > 1:866251/1‑129 (MQ=255) cAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGt > 2:2257295/1‑134 (MQ=255) cAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACAAGGt > 2:2165427/1‑134 (MQ=255) cAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTACATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTATGTCATACTCATAACGAATTACTTCACTAGGt > 2:561603/1‑134 (MQ=255) aTCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGATCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTaa < 1:2283520/134‑1 (MQ=255) tCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACCCGTTGACCTGGTTTAATTCCATCTTTTTTCATTGTTAAAACAATTGTACAATAATATATGTAATACTCATAACGAATGTCTTCATGCGATAAt > 1:2855216/1‑134 (MQ=255) tCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTTACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATCACTTCACGAGCTaaa > 2:1532488/1‑133 (MQ=255) tCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAAt > 2:2204112/1‑134 (MQ=255) tCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATATTTGTGCATTGTTAAGACATTCGTACCACAATCTAGCTCATACTCTTAACGAATGACTTCCCGAAGTAAt > 2:2636267/1‑134 (MQ=255) cGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAAtt > 2:652365/1‑134 (MQ=255) gTACCACCAGTAGCTAATAAATCTTCGTTTATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGATAAttt > 1:690924/1‑134 (MQ=255) gTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGCCTTCACGAGGTAAttt > 2:472424/1‑134 (MQ=255) ccaccaGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGAACTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATCCTCATAACGCATGACTTCCCGAGGTAATTTccc > 1:1012298/1‑134 (MQ=255) taccaTTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACAGACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTACGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCct < 2:1446408/133‑1 (MQ=255) tAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCtttt < 2:1822708/134‑1 (MQ=255) gCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCt < 1:1566668/134‑1 (MQ=255) aataaATGATCTGTTATTAACACACGTTGACCTTGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAAc < 2:1615488/134‑1 (MQ=255) ataaATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACa < 2:2505984/134‑1 (MQ=255) ataaATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGTTAATTTCCCTTATTTTATAACa > 1:2006060/1‑134 (MQ=255) tcatcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGATGTAATTTCCCTTCTTTTCTAAAAGGTGc > 2:1717176/1‑134 (MQ=255) catcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCa > 1:2326926/1‑134 (MQ=255) tGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGCCTTCTCGAGGTAATTTCCCTTCTTTTATAATAGTTGCaaaac > 1:514194/1‑132 (MQ=255) tGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGc < 2:1361772/134‑1 (MQ=255) gTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGcc < 2:2106370/134‑1 (MQ=255) tAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTCCTGTTCTAACAGGTGCAAAGCCa > 2:1872711/1‑134 (MQ=255) aaTTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCCTAACGAATAACTTCACTAGGTAATTCTCCTTCTTTTCTATCCGGTGCAAAGCCaa > 1:2592430/1‑134 (MQ=255) aaTTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCaa > 2:1219885/1‑134 (MQ=255) aaTTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGACGTTATTTCCCTTTTTTTCTATCTCGTTCAAAACCaa > 1:1954366/1‑134 (MQ=255) aaTTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATAACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCaa > 1:1446335/1‑134 (MQ=255) tAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTACCAGGTGCAAAGCCAATcc > 1:2070081/1‑134 (MQ=255) acacacGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATTACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATcccc < 2:924480/134‑1 (MQ=255) acacGTTGACCTGGTTCAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCAt < 1:2534437/134‑1 (MQ=255) cacGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCAtt < 2:373669/134‑1 (MQ=255) cacGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCAtt < 1:1759833/134‑1 (MQ=255) acGTTGACCTGGTATAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCCTTTCCTACAGGTGCAAAGCCAATCCACATTg > 2:1885187/1‑134 (MQ=255) gTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATCTTCTAGCTCATACTCATAACGGATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCATTTCTAACAAGAGCAAAACCAATCCCCATTGaa > 1:1500487/1‑134 (MQ=255) ttGACCTGGTTTAATTGGATCTTTGTGCAGTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAAt < 1:1137294/134‑1 (MQ=255) ttGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAAt < 2:2525572/134‑1 (MQ=255) gACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATaa > 2:1697555/1‑134 (MQ=255) gACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATaa > 2:2675227/1‑134 (MQ=255) ccTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGc > 1:1879103/1‑134 (MQ=255) ccTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGc > 2:767029/1‑134 (MQ=255) tGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGCGGTTATTTCCCTTCTTTTCTAACATTTTCATAACCTATCACTATTGAATAAACTa > 1:309261/1‑134 (MQ=255) tGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAATCCAACTCCCATTGAATAAGCTa > 1:1261067/1‑134 (MQ=255) tGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCTACTCCTCATTGAATAAGCTa > 1:1690781/1‑134 (MQ=255) tGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTAACGAGGTAATTTACTTTCTTTTTTAATAGATGTAAAGTCAATACGCATTGTATAAGATa > 1:658036/1‑134 (MQ=255) gttttAATTGAATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTCCCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTAc < 2:856682/132‑1 (MQ=255) aaTTGGATTTTTGTATATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATATCGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGATTAAGCTACAGGAc < 2:2479568/134‑1 (MQ=255) aaTTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGAc > 1:2168887/1‑134 (MQ=255) aTTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACa < 2:2844925/134‑1 (MQ=255) ggaTCTTTGTGTATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGcc < 1:1789826/132‑1 (MQ=255) cATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCa < 1:2757656/134‑1 (MQ=255) cATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATAGGCTAAGTCAGACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCa < 2:2028291/134‑1 (MQ=255) tgtgCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACATGACAGCCAATGATa > 1:2064800/1‑134 (MQ=255) gtgCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTTCAAAGCCAATCCCCCTTTCATCAGCTACAGGTCAGCCAATgctca > 1:1948690/1‑130 (MQ=255) tgCATTGTTAAAACATTTGTTCCATATTCTATTTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATaaa < 1:447254/134‑1 (MQ=255) tgCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGTTGCTAAGCCAATCCCCATTGAATACGCTACAGCACAGCCAATGATaaa > 1:1842813/1‑134 (MQ=255) | TTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAA > USA300TCH1516_ALE/1744230‑1744494 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |