| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,373,546 | G→T | 27.0% | A77D (GCT→GAT) | pbuG ← | Guanine/hypoxanthine permease PbuG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,373,546 | 0 | G | T | 27.0% | 321.8 / 122.3 | 217 | A77D (GCT→GAT) | pbuG | Guanine/hypoxanthine permease PbuG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (61/94); new base T (20/38); total (84/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.41e-01 | |||||||||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
TATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGC > USA300TCH1516_ALE/2373413‑2373679 | tatCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAg > 1:2498137/1‑134 (MQ=255) cGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTa < 1:2335129/134‑1 (MQ=255) cGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATACAAAAAATACATTTAATACCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTa > 1:1324771/1‑134 (MQ=255) aGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCACTTAATCCCATACCTGGCGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGc > 2:1726889/1‑134 (MQ=255) atatACCTGAGAATAAATCGATTTTTCTACCAACGAACCAAGGTATTGCTATGTTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGcccc < 1:2555854/134‑1 (MQ=255) atatACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGcccc > 1:2111200/1‑134 (MQ=255) atatACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGcccc > 1:1839847/1‑134 (MQ=255) atatACATGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCTAGCACTCACCACGCTGAATACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCTCATACCTGGTGCTACCGCAATTGGATATTTAGCTATTAGcccc < 2:1019891/134‑1 (MQ=255) ataCCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGCCCCAt < 2:594288/134‑1 (MQ=255) taCCTGATAATAAAACGGCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGAAAATGTTTGATTTACTCCCTTACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATg < 2:2500002/134‑1 (MQ=255) taCCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGCCCCATg > 1:2825805/1‑134 (MQ=255) taCCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATAACTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATg > 2:2402157/1‑134 (MQ=255) atcTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGa < 2:2831231/132‑1 (MQ=255) gagaATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGCCCCATGAATAg > 1:1705654/1‑134 (MQ=255) gagaATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAAAGAAATTAAATAAAAAACAATTAACCCCATGACTAg > 1:527545/1‑134 (MQ=255) aTAAAACGCCTTTTAAAACAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGCCCCATGAATAACGAg < 2:2110805/134‑1 (MQ=255) 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aaaCGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCt > 1:1591327/1‑134 (MQ=255) aaCGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGCTGAAACATCAAGCATAGATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTa > 2:604757/1‑134 (MQ=255) ccGCCTGTTAAACCATCTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATTAATAGCGAGCCTAc < 2:2549766/133‑1 (MQ=255) aCGCCTGTTAAACGAACTTGCCAAGGAATTCCTATGGTTAACACAACAGTAAATGCGAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTAc < 1:1184220/134‑1 (MQ=255) aCGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTAc < 1:1358175/134‑1 (MQ=255) aCGCCTGTTAAACCAACTGGCCAAGGAATAACCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATTAATAGCGAGCCTAc < 2:2553450/134‑1 (MQ=255) 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aCCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATATAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTa > 1:753225/1‑134 (MQ=255) ccAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTaa < 1:150450/134‑1 (MQ=255) tGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAATAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGt < 2:2723524/134‑1 (MQ=255) gCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTc > 2:175641/1‑134 (MQ=255) gCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTATCTATTAGACACATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTc > 1:2007833/1‑134 (MQ=255) gCCAAGGAATACCCATCGCTACAGCTAAAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCAGACCCGGTGCTAACGCAATTGGATATTAAGCTATTAACCTCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTACTAAtcaaatc > 2:1607104/1‑128 (MQ=255) 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aaCGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTaa < 2:2262725/134‑1 (MQ=255) cGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATAACTTCTAATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTaaaa > 1:1618621/1‑134 (MQ=255) aTTGGATATTTAGCTATTCGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTg < 2:454513/134‑1 (MQ=255) aTTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTCCAAAATTGGCACCTTAGTCCATTTTAATATATTCTGATACGCATTTAAAAACTGCTAAACTTAAAACTTg > 1:346534/1‑134 (MQ=255) aTTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAATATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCGTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTg < 1:2035876/134‑1 (MQ=255) ttGTATATGTAGCTATTAGCGCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGTTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGc < 2:1692136/134‑1 (MQ=255) tGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCATACAAATGCTGCTAATGCAATCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTACATTTGCATATCTTCTGATAAGCCTTTAACACCTGCAAAACCTCAAAcattcg > 2:47669/1‑129 (MQ=255) ggATATTTATCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATTCTGCTAATGCATTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCgg < 1:500767/134‑1 (MQ=255) ggATATTTAGGTGTTAGGCTGATGAGTAGCGAGCCTACAAATGCTGTTAATGCAGTCGGTACAAAAAGGGCTCCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAGCACCTGCTAAACTTAGGACGTGCgg < 2:2190642/134‑1 (MQ=255) ggATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTCAAACAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCgg < 2:1408976/134‑1 (MQ=255) gATATTTATCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCggg < 2:225310/134‑1 (MQ=255) tatTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAAAGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTCAAAATTgtgcgtc > 2:377735/1‑128 (MQ=255) tttATCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTaa > 2:2593295/1‑134 (MQ=255) ttAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAAc < 1:2145800/134‑1 (MQ=255) tAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACt < 1:2809590/134‑1 (MQ=255) gCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGTCTACTTTTTCTGCTAATGTAGTCGCTACAAAAATGGCACCGTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGc < 1:2317007/134‑1 (MQ=255) gCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAATATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGc < 1:1918010/134‑1 (MQ=255) gCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTAATACGCCTTTAACAACTGCTAAAATTAAAACTTGCGGGTTAACTGc > 1:705225/1‑134 (MQ=255) | TATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGC > USA300TCH1516_ALE/2373413‑2373679 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |