| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000731 | 25,669 | (A)7→6 | coding (322/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 25,663 | 0 | A | . | 95.2% | 349.9 / 5.5 | 84 | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/3); new base . (53/27); total (54/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAA > CP000731/25527‑25798 | tatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAATaaaaa < 1:199435/141‑1 (MQ=255) tGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAATaaaaaat > 1:124264/1‑140 (MQ=255) tGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAATaaaaaat > 1:36080/1‑140 (MQ=255) aTTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTATATAACTGTAGTAATGAGTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATAATACAAAT‑AAAAAATATAc < 2:294867/141‑1 (MQ=255) ttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACAt > 1:19598/1‑141 (MQ=255) tACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATc > 1:157359/1‑141 (MQ=255) acacTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTATTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTAACAAT‑AAAAAATATACAttt > 2:98192/1‑139 (MQ=255) cTAGTGCTTAAATTTACAGTTTTGTGACCGAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTaaa > 2:264820/1‑141 (MQ=255) cTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTAAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATGTaaa > 2:237949/1‑141 (MQ=255) tAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAg > 1:106379/1‑141 (MQ=255) aGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAgg > 1:271642/1‑141 (MQ=255) aGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAgg > 1:252012/1‑141 (MQ=255) aGTGCTTAAATTTACAGCCTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGATGTTT‑AATTACTATACTCCAAAT‑AAAAAATATACATCGaaacg > 2:265135/1‑139 (MQ=255) gCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAAGATACAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTCTACTACAAAT‑AAAAAATATACATTTAACGGTTa > 1:15776/1‑141 (MQ=255) cTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTCCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaa > 2:19424/1‑141 (MQ=255) ttAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaaa > 1:226345/1‑141 (MQ=255) aTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACGAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTaa < 1:51981/141‑1 (MQ=255) tttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAACT‑AAAAAATATACATCTCAAGGTTAAATTAAt > 1:81364/1‑141 (MQ=255) tttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAt > 1:1420/1‑141 (MQ=255) tttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAt > 1:272131/1‑141 (MQ=255) tttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAt > 1:160610/1‑141 (MQ=255) tttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAt > 1:215460/1‑141 (MQ=255) tttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAt > 1:110177/1‑141 (MQ=255) ttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATg < 1:117552/141‑1 (MQ=255) aGGTTTGTTAAAAAGTATTGAAGTAAATTGGTTTTATCAATATTCAGAAATTTTCTTAATAATTATAGCAATATTACTTAAGCTATTT‑AATTACTATATTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaaa < 2:26940/141‑1 (MQ=255) aGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaaa < 1:16254/141‑1 (MQ=255) aGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATAATAC‑AACAAACCTATATACTTCTAAAGGTTAAATTAATGaaaa < 1:131632/141‑1 (MQ=255) gTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑CAAAAATATACATCTAAAGGTAAAACTCATCAAAAATAGaa > 2:106300/1‑141 (MQ=255) gTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTGTCTCAATATCCAGAAATTATCTTTATAATTGTTGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAACT‑AAAAAATATACATCTACATGTTAAATTAATGaaactaaaaa > 2:89330/1‑134 (MQ=255) tCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAaaaataaaat > 2:163167/1‑141 (MQ=255) tCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGCTTTCCTAATATCCAGAAATTTTCTTGTTAATTGTAGCACTATGTTTTTTTCTGTTT‑ATTTATAATGTTGCCAAT‑AAAAAATATCAATCTAAAGGTTAAATCAATTAAAAATAGGAt > 2:185534/1‑141 (MQ=255) aagaaaGTAGTGAAGGATCTGAGTTTTATCAATATCAAGAAATTTTATATATAAATATAGAAATATTTATTATGCTGTTG‑AATTACTATACTAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAtt < 2:54983/137‑1 (MQ=255) cAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGCTTAAATTAATGAAAAATAGAATTaga > 2:68887/1‑141 (MQ=255) gTATTGAAGGATATTGGTTATCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGaa < 2:168975/141‑1 (MQ=255) gTATTGAAAGATCTTGGTTTTCTCAATATTCAGAAATTTTATTTATAATTGTAGAACTATTTCTTATGATGTTT‑AATAAATATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGaa < 2:302956/141‑1 (MQ=255) aTTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAata > 1:214979/1‑141 (MQ=255) tGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAtata > 1:96635/1‑141 (MQ=255) tGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAtata > 1:49961/1‑141 (MQ=255) tGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaa > 1:29883/1‑141 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaagaa > 1:19231/1‑141 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaaa > 1:258543/1‑141 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaaa < 2:252012/141‑1 (MQ=255) gTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAg > 1:149238/1‑141 (MQ=255) gTTGTCTCAATATCAAGAAATTTTCTTTATAATTATAGAAATATTTCTTATGCTGTAT‑AATTACTATACTAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAg < 2:162511/141‑1 (MQ=255) tttCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGa > 1:88746/1‑141 (MQ=255) tcttAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTATTTCCAAAACCAGA‑TACAAA‑AAAAAAATATAGAGCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAAt < 1:70563/141‑1 (MQ=255) ctatCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtctc > 1:214294/2‑141 (MQ=255) tatCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCa > 1:30065/1‑141 (MQ=255) caaaaaaTTTTCTTTATAATTGTAGAAATATTTATTATGCTGTTT‑AATTACTATACAACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGa < 2:101465/137‑1 (MQ=255) cAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGaa > 1:150863/1‑141 (MQ=255) aaaaTTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAAc < 1:277677/140‑1 (MQ=255) aaaTTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACt < 1:137210/141‑1 (MQ=255) aaTTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAATAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACtt > 2:18456/1‑141 (MQ=255) aaTTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTAAAATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACtt < 2:240542/141‑1 (MQ=255) cTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTa > 2:116089/1‑141 (MQ=255) cTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTa > 2:176576/1‑141 (MQ=255) cTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTa > 2:97438/1‑141 (MQ=255) ttATAATTGTAACACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTaaa < 1:212441/141‑1 (MQ=255) aTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt > 1:36981/1‑141 (MQ=255) aTTGTAGAAATATTTATTATGCTGTTA‑AATTACTATAATACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTaccgcaat < 2:53509/141‑8 (MQ=255) ttGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTa < 1:150355/141‑1 (MQ=255) tAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaaa > 1:100608/1‑141 (MQ=255) aGCACAATTTCTGATGCTGTTT‑AATTACTAGACGACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAg < 1:127841/141‑1 (MQ=255) gCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgt > 1:134383/1‑141 (MQ=255) cTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAACATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTc < 1:237259/141‑1 (MQ=255) tATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaaa > 1:296915/1‑141 (MQ=255) tgatGTTT‑AATTACTATAATAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACt < 2:233108/138‑1 (MQ=255) tGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACt > 1:289979/1‑141 (MQ=255) tccgatt‑AATTATATTAATACAAAT‑AAAAAATATACATCGAAAGGCTAAATTAATGACAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTTTCAAGACACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTa < 2:18987/136‑1 (MQ=255) gCTGTTT‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTa < 1:79394/141‑1 (MQ=255) tt‑AATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTACTGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAAt > 2:4453/1‑141 (MQ=255) aaTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGc > 1:134949/1‑141 (MQ=255) aaTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGc > 1:50301/1‑141 (MQ=255) aaTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGc < 1:181774/141‑1 (MQ=255) aTTACTATACTACAAA‑AAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATACAATAACAGAATAAAGAAAACAAAAAGGAATTGCTCAAGAAACTTTAAGTAAAAAATTAAAAGATTCTAGACAAACTATTatggca > 2:216258/1‑136 (MQ=255) ttACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCaa > 1:83267/1‑141 (MQ=255) ttAATATAATACAAAT‑AAAATATATAAATCTAAAAGTTAAATTAATGAAAAATATAATTAGTTATTATCAAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCaa < 2:148712/141‑1 (MQ=255) actatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATa > 1:203244/1‑141 (MQ=255) actatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATACAGCAAACAACAAGGAACTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTACAAGCGTCCACGCAAACTATTAATGCCATa > 2:229853/1‑141 (MQ=255) aatatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAACCGCGACCAAAGAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATa < 2:214294/139‑1 (MQ=255) tatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACGAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATTCAATAGa > 2:212413/1‑141 (MQ=255) tatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGAGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATaca > 2:282417/1‑139 (MQ=255) aaactacAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaa < 1:126307/139‑1 (MQ=255) ctacAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAATAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAAc < 1:153528/141‑1 (MQ=255) ctacAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAAc > 1:126864/1‑141 (MQ=255) tacAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACa > 2:123599/1‑141 (MQ=255) aaaaaTAAAGAAA‑AGACAGCGAAAGGTAAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaa < 2:236509/139‑1 (MQ=255) | TATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTT‑AATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAA > CP000731/25527‑25798 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |