New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | NC_012417 | 2073 = | 719 (0.890) | intergenic (+306/+20) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 881 total aligned reads displayed.
TCACACTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAT > NC_012417/1807‑2087 | tcagtGTTTTTTTATTTCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAAttt < 2:241750/137‑1 (MQ=255) acacTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAAttt > 1:208415/1‑141 (MQ=255) acacTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAAttt > 2:70889/1‑141 (MQ=255) cacTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTa > 1:179468/1‑141 (MQ=255) gTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAGGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGa < 1:16080/141‑1 (MQ=255) tttttttATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGTAAAGAAAATTTATTGAt > 1:5092/1‑141 (MQ=255) ttttATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGtt < 1:111286/141‑1 (MQ=255) tttATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTg < 1:29352/141‑1 (MQ=255) ttatttatATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTATCTATAAAGATGATGCTTTTGAAGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTga < 2:266220/141‑1 (MQ=255) ttATTCCTAGCGTGGTTGTTGGATACTTTTTGTTTTTGTATAAAGATGATGCTTTTGAAGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTga < 2:102543/141‑1 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tttttGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGCTTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAAGTTATTGATGTTGAGAAGAACGCTTAACTGAACTTGCAGa > 1:8265/1‑141 (MQ=255) tttttGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGa > 1:274701/1‑141 (MQ=255) ttttGTTTTAGTATAAAGATGATGGTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGAc < 2:14050/141‑1 (MQ=255) ttGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGGAAAATATGATTACCATACTGCCGCCGAGAAGGAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGa > 1:222910/1‑141 (MQ=18) ttGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGa > 1:47453/1‑141 (MQ=255) ttCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCGTTAAGATAATACAACATAGTCGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCGTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCg > 1:101182/1‑141 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1:211896/1‑141 (MQ=255) tataAAGATGATGCTTGTGACGAGATGAAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCa < 2:302505/141‑1 (MQ=255) ataAAGATTATGCTTTTGACTATATGGAAGAAAAATATGATTATCATAAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCAt < 2:286567/141‑1 (MQ=255) ataAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCAt < 1:256052/141‑1 (MQ=255) ataAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCAt < 1:270236/141‑1 (MQ=255) ataAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCAt > 1:245700/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=11) tttATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATaaa < 1:303113/141‑1 (MQ=32) ttATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACACGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATaacg > 2:56813/1‑139 (MQ=17) ttATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCAGAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAg < 2:273622/141‑1 (MQ=17) tATGCCGAGAAACTTTATTGATGTTGAGAAGAAGACATCGCTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCCTCGGGTGAGCGATTAAGACGACCATTCGACAAGTTTTGGGCTTGATAACGAGCCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGc < 2:151497/141‑1 (MQ=11) gCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAAt < 1:204077/141‑1 (MQ=32) tgagagaATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGTAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGTGTTCCGAGGCTCAGCGTCAATAAAGCAATTg < 2:1890/140‑1 (MQ=255) cGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTg < 2:280553/141‑1 (MQ=32) gagaAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTgg > 1:88731/1‑141 (MQ=32) tttATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaataaat > 1:126375/1‑141 (MQ=11) tttATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaataaat > 1:9365/1‑141 (MQ=11) | TCACACTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAT > NC_012417/1807‑2087 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |