| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 895785 = | 30 (1.150) | 9 (0.390) | 9/246 | 1.3 | 27.1% | coding (806/822 nt) | metQ_2 | Methionine‑binding lipoprotein MetQ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 909740 | 22 (0.960) | intergenic (‑663/‑371) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD | |||||
GTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTAC > USA300TCH1516_ALE/909605‑909880 | gttTTCAAGTGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCACTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttatt > 1:202350‑M2/1‑136 (MQ=255) ggCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaa > 2:45126‑M2/1‑127 (MQ=255) aaaaaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataa > 2:21952‑M2/1‑124 (MQ=255) aaaaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCtaaataaa > 2:85275/1‑141 (MQ=255) aaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATc > 1:291157/1‑141 (MQ=255) aaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttatttttgctaaataatacc < 1:112975‑M2/141‑22 (MQ=255) ggCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATAtt < 2:269273/141‑1 (MQ=255) gCATAATTTTGAAACAAAGGACTCCTGCAATAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTa < 1:233763/141‑1 (MQ=255) aaTTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATgg < 1:302361/141‑1 (MQ=255) aaTTATTAAACAAAAGGCAAAGGTATGAATAATAAATTATGTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTTATTGCCCTTGAACTTACTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaata > 2:140343‑M2/1‑111 (MQ=255) ttGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATCAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCa < 2:173545/141‑1 (MQ=255) gAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGt < 2:71429/141‑1 (MQ=255) gCAAGGGTATTAATAATAAATTATCTTGAAAATTGTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGTCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaata > 2:194382‑M2/1‑95 (MQ=255) aGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccttttaataaca < 2:112913‑M2/141‑50 (MQ=255) aataatAAATTATCTTGCAAATGTTAGAAATGCGTATATAACAATGTTTTGATTGCCCATCAACTGACTGAATAAGCGGCCTAATGATTCGTGGTAAATAAATCATATTAGTAGCTCAGGAACCTGATGTTGCTGGGccgt > 2:167059/1‑138 (MQ=255) ttATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaatttaa < 1:122031/141‑1 (MQ=255) aTCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAAc > 1:111329/1‑141 (MQ=255) tCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACa < 1:71186/141‑1 (MQ=255) tCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACa > 1:103169/1‑141 (MQ=255) taaaaTTTTATAAATTTATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAATTCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTa < 2:118691/140‑1 (MQ=255) aaaTTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCGTGGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTAtt < 1:285742/141‑1 (MQ=255) ttATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGGTGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTatat < 1:85275/141‑1 (MQ=255) attattGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATGTGGCTAATTATTTTTGCTAAATAAATCATATTAATTGATCAGTAATGTGATGTTGCTGGGCTTTCTAATTTAAACGGGTATTTATATGATATTTAGGAATgag < 2:192536/136‑1 (MQ=255) aCAATGTTTTGATTGCCTTTGAACTTCCTTGATAATATGGATAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATgaga < 2:25241/141‑1 (MQ=255) cAATGTTTTGTTTGCCCTTGAACTTCCTTGATGATCTGGCTAATTATTCTTTCTAAGTAATTCTTGTTAAGGGCTCTGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGAt < 2:35536/141‑1 (MQ=255) tGTTTTGATTACCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCt > 1:191799/1‑141 (MQ=255) ttGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaa > 1:6188‑M2/1‑26 (MQ=255) gAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctactaaataataccaattaaataagaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagtgcacaaaaggggcagtatatgcaaat < 2:266582‑M2/141‑118 (MQ=255) cTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaatacactttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattat < 1:20702‑M2/141‑121 (MQ=255) tCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggaacaaaacggccagtatatgcaaattatcg < 1:169886‑M2/141‑123 (MQ=255) tGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaatt < 2:218343‑M2/141‑127 (MQ=255) tGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCg > 2:22618/1‑141 (MQ=255) ggCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGt < 2:103169/141‑1 (MQ=255) attattCCTGCTAAATAAAGCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTAc < 1:35142/141‑1 (MQ=255) | GTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTAC > USA300TCH1516_ALE/909605‑909880 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |