| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 45 (1.110) | 33 (1.250) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAAC |
26/170 | NT | 51.6% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2176447 = | 50 (1.230) | intergenic (+209/+5086) | ilvA/USA300TCH1516_02069 | L‑threonine dehydratase biosynthetic IlvA/tRNA‑Gly | |||||
ATTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAATTATACATT > USA300TCH1516_ALE/2176314‑2176585 | aTTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGc > 1:169048/1‑141 (MQ=39) tttCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAATGAGACTTTGTGGTCTCAATGCTGCTCATTGTATCCACTTTTTGTCTgtta > 2:211905/1‑138 (MQ=14) atattgtcattcagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCa > 1:154580‑M2/133‑141 (MQ=255) atattgtcattcagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattataaattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCa > 1:191965‑M2/133‑141 (MQ=255) tctcGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAAc < 2:223015/141‑1 (MQ=39) tctcGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAAc < 1:208003/141‑1 (MQ=40) tctcGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGATCTCAATGCGGATCATCGCATCCACTTTTTGCGTTGCAAc > 2:396961/1‑141 (MQ=255) tctcGTTTCGTCAGATTAAAACGGTGTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAAc < 1:441049/141‑1 (MQ=255) attgtcattcagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAAc < 1:452060‑M2/11‑1 (MQ=255) aatgtcattcagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAAc < 2:448727‑M2/11‑1 (MQ=255) ttgtcattcagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACg > 1:153570‑M2/130‑141 (MQ=255) ttgtcattcagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTAGCAACg > 1:157388‑M2/130‑141 (MQ=255) tcGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAATAGACCTTGCTGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCATTTTTTTGCTGCCACCGt > 2:295404/1‑141 (MQ=11) gTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTc > 1:63190/1‑141 (MQ=39) gTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCCAGAAACCGTCTTTCTTTGTGTTTGCATTTTTTTTAACGTTTTATAATTAAAAAAGTAGACCTTAGGGTCTCATTTCTGCTATGTGCATGTAGTTTTTGCATGCCAACGTTc > 2:379194/1‑141 (MQ=2) tttCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAATGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCt > 2:125780/1‑141 (MQ=255) tttCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCt < 1:421266/141‑1 (MQ=40) attcagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTa < 1:198835‑M2/17‑1 (MQ=255) agttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTActct > 1:170998‑M2/121‑141 (MQ=255) agttgtcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTActct < 1:24899‑M2/21‑1 (MQ=255) cAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTa < 1:324887/141‑1 (MQ=40) 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1:472498/141‑1 (MQ=38) aaCGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTCACATAGAGGACATTACAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTTCTCGCATCCACTTTTTCCCTGGCCACCTTCTACTCTAGCGGAAcc > 2:84304/1‑140 (MQ=14) tttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGt < 1:241981‑M2/31‑1 (MQ=255) aggtgttCACTTCGCTAAGCATTCTTTCTTTGTGTTTGTTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGt < 2:369650/136‑1 (MQ=11) actttCCCTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTaa < 1:210230/139‑1 (MQ=255) ttttcttacagacatgaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaactaaaatttgtttaaaaaacTGCTTGTCTACGTTCTACTTTATCAGAACTTATGTTc > 2:436844‑M2/105‑141 (MQ=255) 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1:62310‑M2/60‑1 (MQ=255) tgtgTTTGCTTTTATTTTGAAGTTTTAGACATAAAAAAAGATACTTTGAGGTCTAAATGCGGCTCATCGCATTAACTTTTTTCCTGGCAACATTCTACTCTCGCGGACACTAAGTTCGACTAACATGGAAGTTAAGAAGCt > 2:177106/1‑141 (MQ=2) gtTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTAATCGCATACACTTTTTTCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTAGACTAACATCCACCCTAAGGATCCTaa > 2:58713/1‑141 (MQ=11) gCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTc > 1:290317/1‑141 (MQ=34) gCTTTTATTTTGACGTTTTAGAAATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTc < 1:36889/141‑1 (MQ=18) ttATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTTTCAATGCGGTTTATCGGATCTACTTTTTGCCTGGCAATGTTCTACTTTAACGCAACATAATTTCGACTACCATCTACGCTCAGGTGCTTAACTTCtttg > 2:266669/1‑141 (MQ=11) ttATGTTGTGGTTTTAGTTATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTGTGAATGTGGCTCATTGGATCGTCTTTTTGCCTGTCAACGTTCTACTCTAGTGGAATGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCtgtg < 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tAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGTAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgtgt < 2:228021/141‑1 (MQ=17) ttatatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGa < 2:318853‑M2/94‑1 (MQ=255) aaaaaaGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGATGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGa < 2:208611/141‑1 (MQ=17) aaaaaaGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGa < 1:47020/141‑1 (MQ=32) ttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcc < 1:481016‑M2/96‑1 (MQ=255) ttatcttgtccatcttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcc < 1:31563‑M2/96‑1 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2:34413‑M2/103‑1 (MQ=255) aCCTTGCGGTCTCAATGCCGCTCCTCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGc < 1:490781/141‑1 (MQ=17) cattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCgat > 1:388164‑M2/36‑141 (MQ=255) ttttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGTAACAGGTGTGACCTACTTgctatcg > 2:257859‑M2/34‑139 (MQ=255) tcGGTCGCAAAGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAg < 1:169750/140‑1 (MQ=17) cGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGt < 1:143723/141‑1 (MQ=32) cGGTCTCAATGCGGCTCATCGCAGCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGt < 1:131867/141‑1 (MQ=17) ttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTCACAGATCCGCTGGTGAGCTTAAATACGGTGTTCAGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATGGTc > 1:364458‑M2/32‑141 (MQ=255) gggctcAATGCGGCTCATCGTATCCACTTGTTGCCTGGCAACGTTATGCTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCGAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTc < 2:169048/138‑1 (MQ=11) aaTGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 1:57238/141‑1 (MQ=32) tCGCATCCACTTTTTGCCTGGCACCGTTCTACTCTCGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTCTAGTCACCAGACATATGACTGt > 2:474699/1‑141 (MQ=255) agagatgaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTCGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGt < 1:38951‑M2/127‑1 (MQ=255) ttaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAAtgtaattt < 2:154580‑M2/132‑4 (MQ=255) ttaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAAtgtaattt < 2:191965‑M2/132‑4 (MQ=255) aaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGACTGTAAGTTATAc > 1:167806‑M2/6‑141 (MQ=255) tttGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAATTATACAtt < 2:206784/141‑1 (MQ=32) tttGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAATTATACAtt < 2:10033/141‑1 (MQ=32) | ATTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAATTATACATT > USA300TCH1516_ALE/2176314‑2176585 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |