| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000731 | 81 | N→G | 100% | intergenic (–/‑151) | – / → repA | –/replication protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP000731 | 81 | 0 | N | G | 100.0% | 290.0 / ‑6.5 | 93 | intergenic (–/‑151) | –/repA | –/replication protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base N (0/0); major base G (54/36); minor base T (1/0); total (57/36) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTANAAACTGTTTATTTATA‑TAATT‑TTCGATACTTGTATTATATA‑ATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGAAAGA > CP000731/1‑220 | tttatcaagggtttataaagccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACt > 1:302163‑M1/56‑141 (MQ=255)tttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATATTCGGAAGGTAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACt < 1:116062‑M1/86‑1 (MQ=255) tcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGttt < 1:315787‑M1/90‑1 (MQ=255) tcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGttt < 1:48761‑M1/90‑1 (MQ=255) agggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGtttatt < 1:398158‑M1/93‑1 (MQ=255) ataaacccgtgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATA‑Taa > 1:104053‑M1/42‑141 (MQ=255) aacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATA‑TAAtt‑t < 2:38795‑M1/103‑1 (MQ=255) aacccttgataaagctatattttaccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATA‑TAAtt‑t > 2:188430‑M1/39‑141 (MQ=255) cccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATA‑TAATT‑TTc > 1:133810‑M1/37‑141 (MQ=255) ccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATA‑TAATT‑TTCg > 1:112166‑M1/36‑141 (MQ=255) ccttgacaaagctatatttacccttttataagtgtATTTAAAGTGCTATAAGAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATA‑TAATT‑TTCg > 2:161815‑M1/36‑141 (MQ=255) ttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAACCCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATA‑TAATT‑TTCGAt > 1:314616‑M1/34‑141 (MQ=255) aagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATA‑TAATT‑TTCGATACTTGt > 1:306561‑M1/28‑141 (MQ=255) agctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATA‑TAATT‑TTCGATACTTGta > 1:353842‑M1/27‑141 (MQ=255) 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> 1:75045/1‑141 (MQ=255) ataaAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATA‑TAATT‑TTCGATACTTGTATTATATA‑ATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTaaa < 2:110832/141‑1 (MQ=255) ataaAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATA‑TAATT‑TTCGATACTTGTATTATATA‑ATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTaaa > 1:11207/1‑141 (MQ=255) gTTTAGAAACTGTTTATTTATA‑TAATT‑TTCGATACTTGTATTATATA‑ATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGa < 2:496838/141‑1 (MQ=255) tttAGAAACTGTTTATTTATA‑TAATT‑TTCGATACTTGTATTATATA‑ATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGaa < 2:408406/141‑1 (MQ=255) tttAGAAACTGTTTATTTATA‑TAATT‑TTCGATACTTGTATTATATA‑ATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGaa < 2:381353/141‑1 (MQ=255) ttAGAAACTGTTTATTTATA‑TAATT‑TTCGATACTTGTATTATATA‑ATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAAATAAAATATGGaaa > 1:75344/1‑141 (MQ=255) tAGAAACTGTTTATTTATA‑TAATT‑TTCGATACTTGTATTATATA‑ATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGAAag > 2:270712/1‑141 (MQ=255) aGAAACTGTTTATTTATA‑TAATT‑TTCGATACTTGTATTATATA‑ATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGAAaga > 2:61208/1‑141 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTANAAACTGTTTATTTATA‑TAATT‑TTCGATACTTGTATTATATA‑ATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGAAAGA > CP000731/1‑220 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |