| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,416,458 | A→T | 100% | I216N (ATT→AAT) | oppD_4 ← | Oligopeptide transport ATP‑binding protein OppD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,416,458 | 0 | A | T | 100.0% | 84.5 / NA | 26 | I216N (ATT→AAT) | oppD_4 | Oligopeptide transport ATP‑binding protein OppD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (12/14); total (12/14) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGG > USA300TCH1516_ALE/1416330‑1416591 | aaTCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTCCTATATTTAATTAGGCGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAat < 1:15623/141‑1 (MQ=255) gTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTTTTGTTGTGGTGTACTGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCaa < 1:92488/141‑1 (MQ=255) tCCCTCTTTAATTGAGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACa > 1:137848/1‑141 (MQ=255) ccTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAACGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATg < 2:311322/141‑1 (MQ=255) tttAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACtt < 1:356102/141‑1 (MQ=255) aTTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGt < 1:155012/141‑1 (MQ=255) aTTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATCCCTCCGTCCACTGCTTTGAGTAACTCTATAAAGATAATTGTACTGCCAATAATTTAATACATGACTTAAGt < 2:485099/141‑1 (MQ=255) gtgtTGGATATTTAATTAGAGGTGGATTATACGGATGCAAATGCTCATACATGAAATGAGTAAGATTACCTCGTTCAATGAGTTTACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTAt < 2:274460/141‑1 (MQ=255) atatTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGat < 1:209623/141‑1 (MQ=255) aGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATCTGTGATAATAaataat > 2:401007/1‑141 (MQ=255) ttCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTg < 1:225665/141‑1 (MQ=255) gtgaGTAGACGGATGCAAAGGCTGGTATTGGAAATGAGTAATAGTACGTCTTTGAATGATTTGACCGTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTGAAGTTATGGGTGATAATAAATAATGTTTg < 2:375916/138‑1 (MQ=255) cAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGAc < 2:57114/141‑1 (MQ=255) ataCTGATGCTTGTGCTTGTACTTGAAATGATTTGTTGTAGCTCATTCATTGACGTTACCTTCTGTTAAAACATAATTGTTCTGACAATATTTCAATACATGACTTCAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATg < 2:374323/141‑1 (MQ=255) ggATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCt < 1:464004/141‑1 (MQ=255) aaTGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGGCAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATATTTGACCATGTTCTAATACaa > 2:75142/1‑141 (MQ=255) tttGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGtaa < 2:449952/140‑1 (MQ=255) ttGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGtaat > 1:10278/1‑141 (MQ=255) aCCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGAtt > 1:428233/1‑141 (MQ=255) aTGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCaaa > 1:270798/1‑141 (MQ=255) tGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATTAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTATAATAAATCCATCACTTAATTACCTTTCAAAg > 2:439286/1‑141 (MQ=255) tttGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGGGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAATACCATTACTTGCTTACAGTTAAACGCAt > 2:29429/1‑141 (MQ=255) ccTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAat > 2:272686/1‑141 (MQ=255) ttAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCaa > 1:227261/1‑141 (MQ=255) aaaCATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATACATCACTTGATTACCATTCAAAGCATCAAATCAAGCAACTg > 2:315936/1‑141 (MQ=255) aaCATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACtcg > 1:449667/1‑139 (MQ=255) | AATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGG > USA300TCH1516_ALE/1416330‑1416591 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |