| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 111,512 | 0 | A | G | 38.5% | 17.3 / 16.5 | 28 | S194S (TCA→TCG) | USA300HOU_RS00520 | putative lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/9); new base G (2/8); total (10/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCA > USA300TCH1516_ALE/111386‑111635 | tAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGc < 2:61108/129‑1 (MQ=255) aagaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAat < 2:215005/129‑1 (MQ=255) aagaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAat < 1:99119/129‑1 (MQ=255) gaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATTATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAatat < 1:122142/129‑1 (MQ=255) aaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCACAATATAGCAATTTTATAGGTATAATTTATTATAAAAATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCaa > 1:77165/1‑129 (MQ=17) aaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTATTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCACAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCACTATCAATTAACTa > 2:99592/1‑129 (MQ=255) aaaaaGAAATCGAAAACTTGAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTa < 2:217128/129‑1 (MQ=255) aaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTAAGCTCAATATCAATTAACTACtgatga > 2:182416/1‑129 (MQ=255) gAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGTAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATtat < 2:11072/129‑1 (MQ=255) gAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATtat < 1:44334/129‑1 (MQ=255) aCTTTAAGTTTTTTTTTCAATATAGTAATTTTAAAGATTTAATGAATTACAAATACAAAGACATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGTTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATg < 2:177111/129‑1 (MQ=11) aCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATAGATCATATAATTCAGAGGTGTCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATg < 1:134594/129‑1 (MQ=18) tAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAAAGGTGACGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaa < 1:76947/129‑1 (MQ=17) gTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATTATATAATCCAGATGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACa < 1:136057/129‑1 (MQ=17) tttttGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAt < 1:129156/129‑1 (MQ=255) tttGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATAAAAACCAGAGGTGCCGAGTTATTATAGTGAGGAGCAAATTACTAATGCGGATAATAATGTAAAACAATTa > 1:232856/1‑129 (MQ=18) tttGCGCAATAGAGCAATTTTAAATATTTAATGATTTATAAAGATGGTTATATATTATATAATCCAGAGGTGACGAGTTATTCTGCTAAATATCGATTAACAAATGATGATTATAATGTAAAACAATTa < 1:224116/129‑1 (MQ=17) ttGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTAc > 2:113395/1‑129 (MQ=255) tGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTTCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACg < 1:161783/129‑1 (MQ=255) gcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATAACGTaa > 2:95504/1‑129 (MQ=255) gcAATATAGAAATTTTAAAGATTTAATGAATTAAAAAAATGTAGATATATCGTATAATCTAAAGGTGATGAGTTATTCGACTAAATATAAATTAACTAAAGAGGATTATAATGTAAAAAAATTACgcat > 2:171659/1‑126 (MQ=255) ttAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCATAGATAACGAGTTATACAACTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATATAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATAc > 1:54495/1‑129 (MQ=14) ttAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAAt < 2:54485/129‑1 (MQ=255) aGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCt < 1:160351/129‑1 (MQ=255) tGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgtt > 1:69974/1‑129 (MQ=255) tCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAATATATGATATACCATTATATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGaa < 1:132466/129‑1 (MQ=17) gacGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAgg < 2:232856/127‑1 (MQ=255) tATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAAAAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtcatca > 1:84330/1‑129 (MQ=255) | TAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCA > USA300TCH1516_ALE/111386‑111635 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |