| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,010,363 | C→T | C146Y (TGT→TAT) | USA300HOU_RS10125 ← | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,010,363 | 0 | C | T | 100.0% | 38.4 / NA | 15 | C146Y (TGT→TAT) | USA300HOU_RS10125 | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (9/6); total (9/6) | |||||||||||
TAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTT > USA300TCH1516_ALE/2010245‑2010486 | tAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTTACATCTAAAAAGTACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCa < 1:77259/129‑1 (MQ=255) aGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTa > 1:187715/1‑129 (MQ=255) aGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTa > 2:108898/1‑129 (MQ=255) aaaCGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAAcc > 2:196019/1‑129 (MQ=255) tACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGtt > 1:171283/1‑129 (MQ=255) ccGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATACACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACAACTAAAAAGAACATTATGAATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTaaaa > 1:39318/1‑129 (MQ=255) aatgtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATc < 1:21291/129‑1 (MQ=255) taaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCtttt < 1:66899/129‑1 (MQ=255) aaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTtttgt > 2:108180/1‑129 (MQ=255) cattgctgcTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCAtt < 2:101058/126‑1 (MQ=255) ctAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTATCCTTGTTAATATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCActc < 1:177725/129‑1 (MQ=255) gTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGATATATAATCTAACAAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGat > 1:207237/1‑129 (MQ=255) aCATTTTGTATTGTGTAATAGTTATTGTTATATAATTTAATCAAAGATGCATGAACTTGGTGAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAAGCACTTTAGATATTACTTGACCTACTTGattat < 2:94720/129‑1 (MQ=255) ttATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCtt > 1:35178/1‑129 (MQ=255) ttATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTATTTGTTCAACATCATTAATCACACTAAATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGTATAAAATCTCGCACTTAAATCtt > 1:119341/1‑129 (MQ=255) | TAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTT > USA300TCH1516_ALE/2010245‑2010486 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |