| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,010,363 | C→T | 100% | C146Y (TGT→TAT) | USA300HOU_RS10125 ← | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,010,363 | 0 | C | T | 100.0% | 70.5 / NA | 24 | C146Y (TGT→TAT) | USA300HOU_RS10125 | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (9/15); total (9/15) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGAT‑ATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATG > USA300TCH1516_ALE/2010233‑2010493 | tgtCAATTATCTTAATCTTCAAAAGAAAACGTAAACCGTTAAAATGTAAAAAGGGCAGATAAAAAGTGCCGCTAAAGTCAATTGCACATCTAAAAAGAACATTATGTAGAGTGCAATAATAAGTGTTATATAATCTAACCa < 2:155305/141‑1 (MQ=255) cAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAat > 2:297094/1‑141 (MQ=255) tttAATCTTCAAAAGAAATCGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGAAAGATAAACAGAGCTGGTAAAGTCAATTTCATATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATTTAACCAAATATTCAtt < 2:152208/140‑1 (MQ=255) gTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATc < 1:250495/141‑1 (MQ=255) gTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGCGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATc < 1:94595/141‑1 (MQ=255) gacacCGTTAAAATGTAAAATGGTAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTCTGGATAGGTCAATAATAAATGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGCTTAAAATGAAATCt < 2:112385/140‑1 (MQ=255) ccGTTAAAATGTCAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACCTCTAAAAAGAACATTATGCTTAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTCACCCAATATGCTTTAATCTGGTTAAAATGAAATCTtttg < 2:206920/141‑1 (MQ=255) aagaatgtaagatgGGAAGATAAACAGTGCTGGTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTtttgtttg < 2:98884/138‑1 (MQ=255) gtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCCAc > 2:290293/1‑141 (MQ=255) taaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAca > 1:204525/1‑141 (MQ=255) atgGGAAGATAAACAGTTCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGTATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTATCCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatcat < 2:24057/141‑1 (MQ=255) gAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTAAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAAt < 2:85858/141‑1 (MQ=255) aCAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTGAACATCATTAATCACTCTAg > 1:142228/1‑141 (MQ=255) ggctAAAGTGAATTTCACATCTAAAAATAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGAT‑ATTAc < 2:173830/140‑1 (MQ=255) gctAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGAT‑ATTACt > 1:303251/1‑141 (MQ=255) tCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGAT‑ATTACTTGACCTa < 1:46847/141‑1 (MQ=255) caTCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATCTTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTCATCACTCTAGAT‑ATTACTTGACCTACTTtattat > 1:200556/1‑141 (MQ=255) aaaaaGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGAT‑ATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCa < 1:297094/141‑1 (MQ=255) gAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGAT‑ATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATaaaa < 1:233837/141‑1 (MQ=255) tATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACACGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGAT‑ATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATATCGc > 2:292687/1‑141 (MQ=255) tGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGAT‑ATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCAc < 1:256222/141‑1 (MQ=255) aggATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGAT‑ATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCAc < 1:262988/140‑1 (MQ=255) ggATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTATCCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTCGTTCAACATCATTAATCACTCTAGAT‑ATTACTTGACCTCCTTGATTATTAGCATAAAATCTCCCACt > 2:274785/1‑141 (MQ=255) aatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAAT‑ATTATTAATAAGGACTTTACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATg > 1:72198/1‑141 (MQ=255) | TGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGAT‑ATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATG > USA300TCH1516_ALE/2010233‑2010493 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |