| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,084,916 | C→T | 16.1% | V262I (GTT→ATT) | ykoC_1 ← | Putative HMP/thiamine permease protein YkoC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,084,916 | 0 | C | T | 16.1% | 45.9 / 5.8 | 25 | V262I (GTT→ATT) | ykoC_1 | Putative HMP/thiamine permease protein YkoC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/12); new base T (2/2); total (11/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.58e-01 | |||||||||||
TGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACCAAGACGAACATCATCTATGCCCGTGATGGGTAAGGTGATTGAACAATAATATGCCATAGTAATAATGGCAATTAAAACTATAATAAAGATTATATCTTTATATGAGAAAGGTACGTTGTAATAGTAAGTACGAGGACCAT > USA300TCH1516_ALE/1084782‑1085047 | ttatcAAAATAATATGTTTGTGGCATCTCTTTTGTTTAGTATGTAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACCAAGACGAACatcatc < 2:282077/137‑1 (MQ=255)tGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGTAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACCAAGACGAACatcatc < 2:284682/141‑1 (MQ=255) tGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACCAAGACGAACATCATCTATGCCCGTGATgg > 1:261175/1‑141 (MQ=255) tttGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACCAAGACGAACATCATCTATGCCCGTGATGGGt < 2:66282/141‑1 (MQ=255) tgtgGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACAAGACCAAGACGAACCAAACTTATACCCATGATGGGTaa > 1:274889/1‑141 (MQ=255) tgtgGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACATAGACGACCAAGACGAACATCATCTATGCCCGTGCTGGGGaa > 1:85463/1‑141 (MQ=255) ttttGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACCAAGACGAACATCATCTATGCCCGTGATGGGTAAGGTGATTGAAc < 2:189284/141‑1 (MQ=255) tttAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACCAAGACGAACATCATCTATGCCCGTGATGGGTAAGGTGATTGAACaataa > 1:25690/1‑141 (MQ=255) aaaTAAGTGGTTTTCTTTTTCTATATAATGAATTTCTAATTTAGGATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGCCAAATACGAACATCATATATGCCCGTGATGGGTAAGGTGATTGAACAATAATATGCCATa < 2:146890/140‑1 (MQ=255) aaTGGTTTTCTTTTTCTATACAATGCATTTCTAATTTCGTATCTATACAATTCTGTATAAATTTTAACCCACACGACTAAGACAAACATCATCTATGCCCATGATGTGTACGGTGATTGAACATTACTATGCCATACtact > 2:196922/1‑139 (MQ=255) tGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAAATTACATGACCAAGACGAACATCATATATGTCTGTTATGTGTATGTTTATTGACTAATACTATGCCATATtaaata > 2:75092/1‑138 (MQ=255) gTTTTCTTTTTCGATACAAAGAAGTTCTAATTTAGTATCGAAACAATTATGGATAAAATATAAAATAAAAGACCAAGACGAACAACATCTATGCCCGTGATGGGTAAGGTGATTGAACAATAATATGCCATAGtaataaaa < 2:73580/141‑3 (MQ=255) tttctttttctATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACCAAGACGAACATCATCTATGCCCGTGATGGGTAAGGTGATTGAACAATAATATGCCATAGTAATAATGGc < 2:161680/141‑1 (MQ=255) aCAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACCAAGACGAACATCATCTATGCCCGTGATGGGTAAGGTGATTGAACAATAATATGCCATAGTAATAATGGCAATTAAAACtata < 1:126649/141‑1 (MQ=255) aTTTCTAATGTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACCAAGACGAACATCATCTATGCCCGTGATGGGTAAGGTGATTGAACAATAATATGCCATAGTAATAATGGCAATTAAAACTATAATAAAGa < 1:26996/141‑1 (MQ=255) tttCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACCAAGACGAACATCATCTATGCCCGTGATGGGTAAGGTGATTGAACAATAATATGCCATCGTAATAATGACAATTAAAACTATAATAAAGAt > 1:109345/1‑141 (MQ=255) ttCTAATTTAGTAACTATACAATAATGGATAAAATTTAACCTACACGACCAAGACGAACATCATCTATGCCCGTGATGGGTAAGGTGATTGAACAATAATATGCCATAGTAATAATGGCAATTAAAACTATAATAAAGAtt < 2:14830/141‑1 (MQ=255) cTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACCAAGACGAATATCATCTATGCCCGTGATGGGTAAGGTGATTGAACAATAATATGCCATAGTAATAATGGCAATTAAAACTATAATAAAGATtat > 2:103060/1‑141 (MQ=255) cTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACCAAGACGAATATCATCTATGCCCGTGATGGGTAAGGTGATTGAACAATAATATGCCATAGTAATAATGGCAATTAAAACTATAATAAAGATtat > 2:101997/1‑141 (MQ=255) aTTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACCAAGACGAACATCATCTATGCCCGTGATGGGTAAGGTGATTGAACAATAATATGCCATAGTAATAATGGCAATTAAAACTATAATAAAGATTATATc > 1:223100/1‑141 (MQ=255) gTAGCTATAAAAATATGGAGAAAAGTTAACCTACGAGACCAAGACGAACATCATCTATGCCCGTGATGGGTAAGGTGATTGAACAATAAGATGCCATAGTAATAATGGCAATTAAAACTATAATAAAGATTATATCTTtat < 2:175779/141‑1 (MQ=255) cggATAAAATTTAACCTACACGACCATGACGAACATCATCTATGCCCGTAATCGGTAAGGTGATTGAACAATAATATGCCATAGTAATAATGGCAATTACAACTATAATACAGATTATATCTTTATATGAGAAAGGTACGt < 2:163215/140‑1 (MQ=255) tAACCTACACGACCAAGACGAATATCATCTATGCCCGTGATGGGTAAGGTGATTGAACAATAATATGCCATAGTAATAATGGCAATTAAAACTATAATAAAGATTATATCTTTATATGAGAAAGGTACGTTGTAATagtaa < 1:101997/141‑1 (MQ=255) tAACCTACACGACCAAGACGAATATCATCTATGCCCGTGATGGGTAAGGTGATTGAACAATAATATGCCATAGTAATAATGGCAATTAAAACTATAATAAAGATTATATCTTTATATGAGAAAGGTACGTTGTAATagtaa < 1:103060/141‑1 (MQ=255) cAAGACGAACATCATCTATGCCCGTGATGGGTAAGGTGATTGAACAATAATATGCCATAGTAATAATGGCAATTAAAACTATAATAAAGATTATATCTTTATATGAGAAAGGTACGTTGTAATAGTAAGTACGAGGACCAt > 1:153314/1‑141 (MQ=255) | TGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACCAAGACGAACATCATCTATGCCCGTGATGGGTAAGGTGATTGAACAATAATATGCCATAGTAATAATGGCAATTAAAACTATAATAAAGATTATATCTTTATATGAGAAAGGTACGTTGTAATAGTAAGTACGAGGACCAT > USA300TCH1516_ALE/1084782‑1085047 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |