Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,366,219 | G→A | 11.7% | A46V (GCA→GTA) | rplN ← | 50S ribosomal protein L14 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,366,219 | 0 | G | A | 11.7% | 95.0 / 3.7 | 34 | A46V (GCA→GTA) | rplN | 50S ribosomal protein L14 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/24); new base A (2/2); total (8/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.29e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 |
CCTTTGTCATCACGGATGATAACACATGCATTTTCATCAAATTTGATGTATGAACCGTCATTACGACGAACACCTGACTTAGTACGTACGATTACAGCTTTGACAACGTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTGCATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGTTTTACGACCAGATCCACCTAATACTTTGATTGTAAGAACTTCACGAGCACCAGAGTTGTCTGCTACTTTCAAGCGTGTTTCTTGTTGGATCA > USA300TCH1516_ALE/2366081‑2366354 | ccTTTGTCATCACGGATGATAACACATGCATTTTCATCAAATTTGATGTATGAACCGTCATTACGACGAACACCTGACTTAGTACGTACGATTACAGCTTTGACAACGTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTGCa > 1:105850/1‑141 (MQ=255) ccTTTGTCATCACGGATGATAACACATGCATTTTCATCAAATTTGATGTATGAACCGTCATTACGACGAACACCTGACTTAGTACGTACGATTACAGCTTTGACAACGTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTGCa < 2:252748/141‑1 (MQ=255) cTTTGTCATCACGGATGATAACACATGCATTTTCATCAAATTTGATGTATGAACCGTCATTACGACGAACACCTGACTTAGTACGTACGATTACAGCTTTGACAACGTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTGCAt < 1:258367/141‑1 (MQ=255) catcaCGGATGATAACACATGCATTTTCATCAAATTTGATGTATGAACCGTCATTACGACGAACACCTGACTTAGTACGTACGATTACAGCTTTGACAACGTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTGCATTTTTaa > 1:153350/1‑141 (MQ=255) catcaCGGATGATAACACATGCATTTTCATCAAATTTGATGTATGAACCGTCATTACGACGAACACCTGACTTAGTACGTACGATTACAGCTTTGACAACGTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTACATTTTTaa > 1:172751/1‑141 (MQ=255) catcaCGGATGATAACACATGCATTTTCATCAAATTTGATGTATGAACCGTCATTACGACGAACAACTGACTTAGTTCGTACGATTAGAGCTTTGACAACGTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTACATTTTTaa > 1:155916/1‑141 (MQ=255) tcaCGGATGATAACACATGCATTTTCATCAAATTTGATGTATGAACCGTCATTACGACGAACACCTGACTTAGTACGTACGATTACAGCTTTGACAACGTCACCTTTTTTAACACCGCCACCTGGTGTTGCATTTTTAACa < 2:54125/141‑1 (MQ=255) tcaCGGATGATAACACATGCATTTTCATCAAATTTGATGTATGAACCGTCATTACGACGAACACCTGACTTAGTACGTACGATTACAGCTTTGACAACGTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTGCATTTTTAACa < 2:54102/141‑1 (MQ=255) tgatAACACATGCATTTTCATCCAATTTGATGTATGAACCGTCATTACGACGAACACCTGACTTAGTACGTACGATTACAGCTTTGACCACGCCACCTTTTTTAACAACGCCCCCGGGTGTTGCATTTTTAACAGTACATa > 1:139666/1‑141 (MQ=255) tttGATGTATGAACCGTCATTACGACGAACACCTGACTTAGTACGTACGATTACAGCTTTGACAACGTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTGCATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGt < 2:145333/141‑1 (MQ=255) gATGTATGAACCGTCATTACGACGAACACCTGACTTAGTACGTACGATTACAGCTTTGACAACGTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTGCATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGtttt < 2:105850/141‑1 (MQ=255) tGTATGCACCGTCATTACGACGAACACCTGACTTAGTACGTACGATTACAGCTTTGACAACGTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTGCATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGTTTTAc < 2:209778/141‑1 (MQ=255) gAACCGTCATTACGACGAACACCTGACTTAGTACGTACGATTACAGCTTTGACAACGTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTGCATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGTTTTACGACCa < 2:75582/141‑1 (MQ=255) gAACCGTCAGTACGACGAACACCTGACTTAGTACGTACGATTACAGCTTTGACAACGTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTGCATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGTTTTACGACCa < 2:15276/141‑1 (MQ=255) aaCCGTCATTACGACGAACACCTGACTTAGTACGTACGATTACAGCTTTGACAACGTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTGCATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGTTTTACGACCAg < 2:190223/141‑1 (MQ=255) aaCCGTCATTACGACGAACACCGGACGTAGTACGTACGAATACAGCTTTGACAACGTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTGCATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGTTTTACGACCAg < 2:12164/141‑1 (MQ=255) tACGACGAACACCTGACTTAGTACGTACGATTACAGCTTTGACAACGTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTGCATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGTTTTACGACCAGATCCACCTa < 2:181797/141‑1 (MQ=255) acgaACACCTGACTTAGTACGTACGATTACAGCTTTGACAACGTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTGCATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGTTTTACGACCAGATCCACCTAATAc < 2:226354/141‑1 (MQ=255) gaACACCTGACTTAGTACGTACGATTACAGCTTTGACAACGTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTGCATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGTTTTACGACCAGATCCACCTAATACtt < 2:153350/141‑1 (MQ=255) gaACACCTGACTTAGTACGTACGATTACAGCTTTGACAACGTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTACATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGTTTTACGACCAGATCCACCTAATACtt < 2:155916/141‑1 (MQ=255) gaACACCTGACTTAGTACGTACGATTACAGCTTTGACAACGTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTACATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGTTTTACGACCAGATCCACCTAATACtt < 2:172751/141‑1 (MQ=255) gACTTAGTACGTACGATTACAGCTTTGACAACGTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTGCATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGTTTTACGACCAGATCCACCTAATACTTTGATTGTa < 1:1340/141‑1 (MQ=255) aCTTAGTACGTACGATTACAGCTTTGACAACGTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTGCATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGTTTTACGACCAGATCCACCTAATACTTTGATTGTaa > 2:87871/1‑141 (MQ=255) aTTACAGCTTTGACAACGTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTGCATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGTTTTACGACCAGATCCACCTAATACTTTGATTGTAAGAACTTCACGAGCa > 1:137250/1‑141 (MQ=255) tACAGCTTTGACAACGTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTGCATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGTTTTACGACCAGATCCACCTAATACTTTGATTGTAAGAACTTCACGAGCAcc < 1:194369/141‑1 (MQ=255) aCAACGTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTGCATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGTTTTACGACCAGATCCACCTAATACTTTGATTGTAAGAACTTCACGAGCACCAGAGTTGTCt < 2:240675/141‑1 (MQ=255) gTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTGCATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGTTTTACGACCAGATCCACCTAATACTTTGATTGTAAGAACTTCACGAGCACCAGAGTTGTCTGCTAc < 2:139666/141‑1 (MQ=255) ccTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTGCATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGTTTTACGACCAGATCCACCTAATACTTTGATTGTAAGAACTTCACGAGCACCAGAGTTGTCTGCTACTTTc < 2:175162/141‑1 (MQ=255) cTTTTTTAACACCGCCACCTGGTGTTGCATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGTTTTACGACCAGATCCCCCTAATACTTTGATTGTAAGAACTTCACGAGCACCAGAGTTGTCTGCTACTTTCa < 1:79506/141‑1 (MQ=255) gcGCCACCTGGTGTTGCATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGTTTTACGACCAGATCCACCTAATACTTTGATTGTAAGAACTTCACGAGCACCAGAGTTGTCTGCTACTTTCAAGCGTGTTTCt < 1:127690/140‑1 (MQ=255) acGCCACCTGGTGTTGCATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGTTTTACGACCAGATCCTCCTAAGACTTTGATTGTAAGAACTTCACGAGCACCAGAGTTGTCTGCTACTTTCAAGCGTGTTTCt < 1:189259/141‑1 (MQ=255) gCCACCTGGTGTTGCATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGTTTTACGACCAGATCCACCTAATACTTTGATTGTAAGAACTTCACGAGCACCAGAGTTGTCTGCTACTTTCAAGCGTGTTTCttg < 1:228923/141‑1 (MQ=255) ggTGTTGCATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGTTTTACGACCAGATCCACCTAATACTTTGATTGTAAGAACTTCACGAGCACCAGAGTTGTCTGCTACTTTCAAGCGTGTTTCTTGTTGGATc < 2:124053/141‑1 (MQ=255) gtgtTGCATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGTTTTACGACCAGATCCACCTAATACTTTGATTGTAAGAACTTCACGAGCACCAGAGTTGTCTGCTACTTTCAAGCGTGTTTCTTGTTGGATCa > 1:168298/1‑141 (MQ=255) | CCTTTGTCATCACGGATGATAACACATGCATTTTCATCAAATTTGATGTATGAACCGTCATTACGACGAACACCTGACTTAGTACGTACGATTACAGCTTTGACAACGTCACCTTTTTTAACAACGCCACCTGGTGTTGCATTTTTAACAGTACATACGATAACATCGCCGATGTTTGCTGTTTTACGACCAGATCCACCTAATACTTTGATTGTAAGAACTTCACGAGCACCAGAGTTGTCTGCTACTTTCAAGCGTGTTTCTTGTTGGATCA > USA300TCH1516_ALE/2366081‑2366354 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |