| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 895785 = | 28 (0.930) | 9 (0.340) | 9/246 | 1.7 | 29.7% | coding (806/822 nt) | metQ_2 | Methionine‑binding lipoprotein MetQ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 909740 | 18 (0.680) | intergenic (‑663/‑371) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD | |||||
GTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTA‑ATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGT > USA300TCH1516_ALE/909602‑909875 | gttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCACTTGAACTTCCTTGATAATCTGTCTAAtt < 2:169085‑M2/141‑3 (MQ=255) ttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtta < 2:98257‑M2/141‑4 (MQ=255) tggttttCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttt < 2:144759‑M2/139‑4 (MQ=255) ttttCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATGATCTGGCTAAttattc < 2:329842‑M2/141‑7 (MQ=255) ggaaaaaaaggGCATAATTTTGAAACAAAGTGCAAGGGTATGGGTAGAAAATTAGCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaat > 2:73057‑M2/3‑126 (MQ=255) gCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaat > 1:38568‑M2/1‑126 (MQ=255) gCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaat > 1:91864‑M2/1‑126 (MQ=255) aaaaaaGGGGATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGAGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCtaaataaa < 2:255572/141‑1 (MQ=255) gCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaata > 1:2383‑M2/1‑95 (MQ=255) gAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTA‑ATGGCTCAGTAACCTGATGTTGCTGGGCtt > 2:245853/1‑141 (MQ=255) ataataAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTA‑ATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCtttt < 2:27225/141‑1 (MQ=255) taataaATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTA‑ATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCttttt > 1:203260/1‑141 (MQ=255) aaaTTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTA‑ATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaatt < 1:263442/141‑1 (MQ=255) aaaTTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATAGATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTGAATAAATCATATTA‑ATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaatt < 2:132504/141‑1 (MQ=255) aaaaTTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTA‑ATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTAt < 1:141367/141‑1 (MQ=255) 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1:112165‑M2/1‑44 (MQ=255) aCAATGTTTTGATTGACCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTA‑ATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATgaga < 1:26804/141‑1 (MQ=255) aaTGTTTTGATTGCCCTTTAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaa > 2:67449‑M2/1‑42 (MQ=255) tGATTGCCCTTGAACTTGCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAGATCATATTA‑ATGGGTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTAc < 2:253736/141‑1 (MQ=255) tGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTA‑ATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTACTTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTCTTAc > 2:20895/1‑141 (MQ=255) aTTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTA‑ATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGATATGCTATTACgg > 2:12697/1‑141 (MQ=255) tGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTA‑ATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGAt < 2:323953/141‑1 (MQ=255) cccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTA‑ATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATaa > 1:224698/1‑141 (MQ=255) ccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTA‑ATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATaaa < 1:92185/141‑1 (MQ=255) ttCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatc > 1:170627‑M2/1‑20 (MQ=255) tCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcg > 1:41179‑M2/1‑19 (MQ=255) tGATAATCTGGCTAATTATTCCTACTTATACAGTCAGATTACAAGCCTAATCAAAGT‑AGGTTGCTGGGCTTTTTGACCTCATCGTTTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCtata < 1:161809/141‑1 (MQ=255) aTAATGTGGGTAATTATTCCGGCTAAATAAATCATATTA‑ATGGGTGAGTAACGTGATGTTGCTGGGGTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatg < 2:141289/141‑1 (MQ=255) gCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttactacccacgagtaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaacggtcagtatgtcacaattctcaacttctaaacaaaa < 2:58650‑M2/141‑137 (MQ=255) | GTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTA‑ATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGT > USA300TCH1516_ALE/909602‑909875 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |