| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 187,439 | G→T | 8.0% | A81S (GCA→TCA) | gnu → | N‑acetyl‑alpha‑D‑glucosaminyl‑diphospho‑ditrans, octacis‑undecaprenol 4‑epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 187,439 | 0 | G | T | 8.0% | 202.2 / 2.9 | 57 | A81S (GCA→TCA) | gnu | N‑acetyl‑alpha‑D‑glucosaminyl‑diphospho‑ditrans, octacis‑undecaprenol 4‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/28); new base T (2/3); total (26/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAGGAATCAATTATGGAAGTCGACCTCGTTCAAAGATTATGATGTTTTAATTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGTTTATGGAAAAGAAGGTCATGTTGGTAAATCAGATCAAGTTGATACACAAACACCAATGAACCCTACGACCAACTATGGTATT > USA300TCH1516_ALE/187300‑187579 | tAGGAATCAATTATGGAAGTCGACCTCGTTCAAAGATTATGATGTTTTAATTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGc < 2:36695/141‑1 (MQ=255) aGGAATCAATTATGGAAGTCGACCTCGTTCAAAGATTATGATGTTTTAATTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGca < 2:446824/141‑1 (MQ=255) tATGGAAGTCGACCTCGTTCAAAGATTATGATGTTTTAATTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTa > 1:368195/1‑141 (MQ=255) gAAGTCGACCTCGTTCAAAGATTATGATGTTTTAATTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGc > 1:413208/1‑141 (MQ=255) aaGTCGACCTCGTTCAAAGATTATGATGTTTTAATTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTCAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCt < 1:396172/141‑1 (MQ=255) aaGTCGACCTCGTTCAAAGATTATGATGTTTTAAGTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCt < 1:425397/141‑1 (MQ=255) cTCGTTCAAAGATTATGATGTTTTAATTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGt < 1:117016/141‑1 (MQ=255) cTCGTTCAAAGATTATGATGTTTTAATTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGt < 1:81929/141‑1 (MQ=255) cTCGTTCAAAGATTATGATGTTTTAATTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGt < 1:345509/141‑1 (MQ=255) tCGTTCAAAGATTATGATGTTTTAATTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGtt < 2:62659/141‑1 (MQ=255) gTTCAAAGATTATGATGTTTTAATTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGTCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTaa > 1:335685/1‑141 (MQ=255) gTTCAAAGATTATGATGTTTTAATTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGTCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTaa > 1:157491/1‑141 (MQ=255) tCAAAGATTATGATGTTTTAATTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAAc < 1:15239/141‑1 (MQ=255) aGATTATGATGTTTTAATTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAatt < 2:155256/141‑1 (MQ=255) aGATTATGATGTTTTAATTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAatt < 1:332975/141‑1 (MQ=255) aGATTATGATGTTTTAATTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAatt < 1:214163/141‑1 (MQ=255) aGATTATGATGTTTTAATTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAatt < 1:383428/141‑1 (MQ=255) ttATGATGTTTTAATTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAatttat < 1:343783/141‑1 (MQ=255) tATGATGTTTTAATTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAatttatt < 1:161665/141‑1 (MQ=255) gatgTTTTAATTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTAttttt < 1:98220/141‑1 (MQ=255) gatgTTTTAATTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTAttttt < 1:327007/141‑1 (MQ=255) gTTTTAATTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATg > 2:180742/1‑141 (MQ=255) gTTTTAATTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATg > 1:58073/1‑141 (MQ=255) gTTTTAATTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATg > 1:57473/1‑141 (MQ=255) gTTTTAATTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATg > 1:371375/1‑141 (MQ=255) aTTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACt > 2:401796/1‑141 (MQ=255) aTTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACt > 2:55201/1‑141 (MQ=255) aTTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACt > 2:271213/1‑141 (MQ=255) aTTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACt > 1:300804/1‑141 (MQ=255) aTACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATgg < 1:429198/141‑1 (MQ=255) aTACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATgg < 1:302527/141‑1 (MQ=255) aTACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTCATGAGTACTATgg < 2:113465/141‑1 (MQ=255) aCAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAACTGGCACAAAAGGCTACAGCTGAAGACGATAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCa > 2:123204/1‑141 (MQ=255) gcagcTTTGTTGTACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCGAGTGAATATGTGGCTGACGAAACAATTGTCACAATATGCTAAAGCTGAATACGTTAAACAATTGATGTTTATGAGTACTATGGCAGtt < 2:387710/141‑1 (MQ=255) gcagcTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGtt < 2:264586/141‑1 (MQ=255) gcagcTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGtt < 2:269479/141‑1 (MQ=255) cTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGTTTATg > 1:253888/1‑141 (MQ=255) ttGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGTTTATGGa > 2:432782/1‑141 (MQ=255) tGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGTTTATGGaa > 2:268470/1‑141 (MQ=255) tGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGTTTATGGaa > 2:17337/1‑141 (MQ=255) aTTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGTTTATGGAAAAGAAGGTCATg > 1:219678/1‑141 (MQ=255) aTTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGTTTATGGAAAAGAAGGTCATg > 1:79855/1‑141 (MQ=255) aTTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGTTTATGGAAAAGAAGGTCATg > 2:41652/1‑141 (MQ=255) gcaagGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGTTTATGGAAAAGAAGGTCATGTTGGTAAATCa < 2:275979/141‑1 (MQ=255) ttATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGTTTATGGAAAAGAAGGTCATGTTGGTAAATCAGATCAAGTTGATac > 2:339583/1‑141 (MQ=255) tGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATGTATTTTTATGAGTACTATGGCAGTTTATGGAAAAGAAGGTCCTGTTGGTAAATCAGAACAAGTTGATACACaaa > 2:64035/1‑141 (MQ=255) cAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGTTTATGGAAAAGAAGGTCATGTTGGTAAATCAGATCAAGTTGATACACAAaca < 1:70907/141‑1 (MQ=255) cAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGTTTATGGAAAAGAAGGTCATGTTGGTAAATCAGATCAAGTTGATACACAAaca < 1:112981/141‑1 (MQ=255) tGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGTTTATGGAAAAGAAGGTCATGTTGGTAAATCAGATCAAGTTGATACACAAACACCaa < 1:268470/141‑1 (MQ=255) tGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGTTTATGGAAAAGAAGGTCATGTTGGTAAATCAGATCAAGTTGATACACAAACACCaa < 1:17337/141‑1 (MQ=255) aaTATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGTTTATGGAAAAGAAGGTCATGTTGGTAAATCAGATCAAGTTGATACACAAACACCAATg > 1:218395/1‑141 (MQ=255) ttGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGTTTATGGAAAAGAAGGTCATGTTGGTAAATCAGATCAAGTTGATACACAAACACCAATGAACCCt > 2:277003/1‑141 (MQ=255) tGCTGACGAAACAATTGTCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGTTTATGGAAAAGAAGGTCATGTTGGTAAATCAGATCAAGTTGATACACAAACACCAATGAACCCTa < 2:335685/141‑1 (MQ=255) tGCTGACGAAACAATTGTCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGTTTATGGAAAAGAAGGTCATGTTGGTAAATCAGATCAAGTTGATACACAAACACCAATGAACCCTa < 2:157491/141‑1 (MQ=255) aCGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGTTTATGGAAAAGAAGGTCATGTTGGTAAATCAGATCAAGTTGATACACAAACACCAATGAACCCTACGAcc < 2:368195/141‑1 (MQ=255) aaCAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGTTTATGGAAAAGAAGGTCATGTTGGTAAATCAGATCAAGTTGATACACAAACACCAATGAACCCTACGACCAACt > 1:317451/1‑141 (MQ=255) aaCAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGTTTATGGAAAAGAAGGTCATGTTGGTAAATCAGATCAAGTTGATACACAAACACCAATGAACCCTACGACCAACt > 1:314019/1‑141 (MQ=255) gCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGTTTATGGAAAAGAAGGTCATGTTGGTAAATCAGATCAAGTTGATACACAAACACCAATGAACCCTACGACCAACTATGGTAtt > 2:287191/1‑141 (MQ=255) gCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGTTTATGGAAAAGAAGGTCATGTTGGTAAATCAGATCAAGTTGATACACAAACACCAATGAACCCTACGACCAACTATGGTAtt > 1:423801/1‑141 (MQ=255) gCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGTTTATGGAAAAGAAGGTCATGTTGGTAAATCAGATCAAGTTGATACACAAACACCAATGAACCCTACGACCAACTATGGTAtt > 2:4767/1‑141 (MQ=255) | TAGGAATCAATTATGGAAGTCGACCTCGTTCAAAGATTATGATGTTTTAATTCATACAGCAGCTTTGGTTCACAACAATTCACCTCAAGCAAGGCTATCTGATTATATGCAAGTGAATATGTTGCTGACGAAACAATTGGCACAAAAGGCTAAAGCTGAAGACGTTAAACAATTTATTTTTATGAGTACTATGGCAGTTTATGGAAAAGAAGGTCATGTTGGTAAATCAGATCAAGTTGATACACAAACACCAATGAACCCTACGACCAACTATGGTATT > USA300TCH1516_ALE/187300‑187579 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |