| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 265,956 | T→C | 11.4% | I51M (ATA→ATG) | scn_1 ← | Staphylococcal complement inhibitor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 265,956 | 0 | T | C | 11.4% | 87.7 / 5.6 | 35 | I51M (ATA→ATG) | scn_1 | Staphylococcal complement inhibitor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/20); new base C (2/2); total (13/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.97e-01 | |||||||||||
AATCTTTGTTTCGCTTTAGTCATTTGATCCAAATTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTAGTTTCAGATTTGCTTGCTAATTTAATACCAGTCGTATCAAGGAGCGCCGCTTTAATACCAGCAACT > USA300TCH1516_ALE/265816‑266076 | aaTCTTTGTTTCGCTTTAGTCATTTGATCCAAATTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCt < 1:269317/141‑1 (MQ=255) tCTTTGTTTCGCTTTAGTCATTTGATCCAAATTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTAt < 1:207712/141‑1 (MQ=255) tCTTTGTTTCGCTTTAGTCATTTGATCCAAATTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTAt < 1:99336/141‑1 (MQ=255) tCTTTGTTTCGCTTTAGTCATTTGATCCAAATTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTCATTTAAGTCAGTGTTTGCTAt < 1:373682/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttGATCCACATTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAAAATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAAGGCATCTGCATTAAGGTACGATAATTGATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTGTTTTAATTGATCTAc > 2:182305/1‑141 (MQ=255) ttGATCCAAATTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTAc > 2:274016/1‑141 (MQ=255) aTTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTg > 2:299897/1‑141 (MQ=255) aTTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTg > 1:439908/1‑141 (MQ=255) aTTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTg > 2:450514/1‑141 (MQ=255) tttAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAACATATCGCGTTTTTGCACCGAATCTACCTTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATg < 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(MQ=255) aCGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTAGTTTCAGATTTGCTTGCTAATTTAATACCAGTCGTATCaa > 2:88810/1‑141 (MQ=255) tCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCCATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTAGTTTCAGATTTGCTTGCTAATTTAATACCAGTCGTATCAAGGAgc < 1:397583/141‑1 (MQ=255) tCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCCATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTAGTTTCAGATTTGCTTGCTAATTTAATACCAGTCGTATCAAGGAgc < 1:397529/141‑1 (MQ=255) ggTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGCTGTAGTTTCAGATTTGCTTGCTAATTTAATACCAGTCGTATCAAGGAGCGCCGCTTTaa < 1:355039/141‑1 (MQ=255) ggTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTAGTTTCAGATTTGCTTGCTAATTTAATACCAGTCGTATCAAGGAGCGCCGCTTTaa < 2:259212/141‑1 (MQ=255) ggTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTAGTTTCAGATTTGCTTGCTAATTTAATACCAGTCGTATCAAGGAGCGCCGCTTTaa < 2:45310/141‑1 (MQ=255) ttatttaAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTAGTTTCAGATTTGCTTGCTAATTTAATACCAGTCGTATCAAGGAGCGCCGCTTTAATACCAGCAACt < 1:4764/141‑1 (MQ=255) ttatttaAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTAGTTTCAGATTTGCTTGCTAATTTAATACCAGTCGTATCAAGGAGCGCCGCTTTAATACCAGCAACt < 1:248136/141‑1 (MQ=255) ttatttaAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTAGTTTCAGATTTGCTTGCTAATTTAATACCAGTCGTATCAAGGAGCGCCGCTTTAATACCAGCAACt < 1:448116/141‑1 (MQ=255) | AATCTTTGTTTCGCTTTAGTCATTTGATCCAAATTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTAGTTTCAGATTTGCTTGCTAATTTAATACCAGTCGTATCAAGGAGCGCCGCTTTAATACCAGCAACT > USA300TCH1516_ALE/265816‑266076 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |