| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,091,403 | T→C | 12.0% | S378P (TCT→CCT) | rlmI → | Ribosomal RNA large subunit methyltransferase I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,091,403 | 0 | T | C | 12.0% | 83.4 / 3.1 | 35 | S378P (TCT→CCT) | rlmI | Ribosomal RNA large subunit methyltransferase I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/11); new base C (2/2); total (21/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
AGTGTATATCCATTAAAGCAATTTAAAAATACTATTAAAAAGACGCTTGAAGAGAGTGGCGTTGATTATGAATTAACTGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAGACATTAATTTGATAAAAAGGGGTATAGTAACTTATTGAGAAAAAGAAGGGTGATAATATTATGGGATTCAAAAACAATTTAACATCAAATTT > USA300TCH1516_ALE/1091274‑1091529 | aGTGTATATCCATTAAAGCAATTTAAAAATACTATTAAAAAGACGCTTGAAGAGAGTGGCGTTGATTATGAATTAACTGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTa > 2:84079/1‑141 (MQ=255) tatCCATTAAAGCAATTTAAAAATACTATTAAAAAGACGCTTGAAGAGAGTGGCGTTGATTATGAATTAACTGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCt > 2:411001/1‑141 (MQ=255) aaaGCAATTTAAAAATACTATTAAAAAGACGCTTGAAGAGAGTGGCGTTGATTATGAATTAACTGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCACCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGt > 2:93157/1‑141 (MQ=255) aaaGCAATTTAAAAATACCATTAAAAAGACGCTTGAAGAGAGTGGCGAAGAATCTGAATTAACTGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCACCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGt > 2:323502/1‑141 (MQ=255) tatcatttttAAAATACTATTAAACAGACGCTTGAAGAGAGTGGCGTTGATTATGAATTAACTGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCATCTAACTATTTAAAAGCTGTTTTTGTa > 2:214310/7‑141 (MQ=255) aaGCAATTTAAAAATACTATTAAAAAGACGCTTGAAGAGAGTGGCGTTGATTATGAATTAACTGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTa < 1:292767/141‑1 (MQ=255) aaGCAATTTAAAAATACTATTAAAAAGACGCTTGAAGAGAGTGGCGTTGATTATGAATTAACTGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTa < 1:300293/141‑1 (MQ=255) aaGCAATTTAAAAATACTATTAAAAAGACGCTTGAAGAGAGTGGCGTTGATTATGAATTAACTGAAGTTATGGGATGACCAAAAGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTa < 1:292794/141‑1 (MQ=255) tAAAAATACTATTAAAAAGACGCTTGAAGAGAGTGGCGTTGATTATGAATTAACTGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATTTTAAAACTCATCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAg < 1:348430/141‑1 (MQ=255) tAAAAATACTATTAAAAAGACGCTTGAAGAGAGTGGCGTTGATTATGAATTAACTGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAg < 1:90647/141‑1 (MQ=255) tAAAAATACTATTAAAAAGACGCTTGAAGAGAGTGGCGTTGATTATGAATTAACTGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAg < 1:76882/141‑1 (MQ=255) agagagTGGCGTTGATTATGAATTAACTGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAGACATTAATTTGATAAAAAGGGGTATAg > 1:35884/1‑141 (MQ=255) agagagTGGCGTTGATTATGAATTAACTGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAGACATTAATTTGATAAAAAGGGGTATAg < 2:172869/141‑1 (MQ=255) agagagTGGCGTTGATTATGAATTAACTGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAGACATTAATTTGATAAAAAGGGGTATAg < 1:279866/141‑1 (MQ=255) agagagTGGCGTTGATTATGAATTAACTGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAGACATTAATTTGATAAAAAGGGGTATAg > 1:326143/1‑141 (MQ=255) agagagTGGCGTTGATTATGAATTAACTGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATGTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAGACATTAATTTGATAATAAGGGGTATAg > 1:121888/1‑141 (MQ=255) ttATGAATTAACTGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAGACATTAATTTGATAAAAAGGGGAATAGTAACTTATTGAGaaa > 1:139629/1‑141 (MQ=255) tGAATTAACTGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAGACATTAATTTGATAAAAAGGGGTATAGTAACTTATTGAGAAAaag > 1:181484/1‑141 (MQ=255) tGAATTAACTGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAGACATTAATTTGATAAAAAGGGGTATAGTAACTTATTGAGAAAaag > 1:303406/1‑141 (MQ=255) tGAATTAACTGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCATCTAAATAATTATAATGTGTTGTTTTAAATATTTGACATTAATGTGATAAAAAGGGGTATAGTAACTTATTGAGAAAtag > 1:43727/1‑141 (MQ=255) tGAATTAACTGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCAGCTAAATAGGTAAAAGCTGTTATTGTAAATATTAGACATTAATTTGATAAAAAGGGGTATAGTAACTTATTGAGAAAaag > 1:43719/1‑141 (MQ=255) tGAATTAACTGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCACCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAGACATTAATTTGATAAAAAGGGGTATAGTAACTTATTGAGAAAaag < 1:93157/141‑1 (MQ=255) tGAAGTAACTGAAGTTATGGGTGTACCAGAAGTTATTGAAGCGCATCCTCGTTAGAAGCCACCTAAATATTGAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAGACATTAATTTGATAAAAAGGGGTATAGTAACTTATTGAGAAAaag < 1:323502/141‑1 (MQ=255) aaTTAACTGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAGACATTAATTTGATAAAAAGGGGTATAGTAACTTATTGAGAAAaagaa < 1:126403/141‑1 (MQ=255) aaTTAACTGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAGACATTAATTTGATAAAAAGGGGTATAGTAACTTATTGAGAAAaagaa > 1:367069/1‑141 (MQ=255) aaTTAACTGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAGACATTAATTTGATAAAAAGGGGTATAGTAACTTATTGAGAAAaagaa > 1:230255/1‑141 (MQ=255) tGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAGACATTAATTTGATAAAAAGGGGTATAGTAACTTATTGAGAAAAAGAAGGGTGat < 2:210659/141‑1 (MQ=255) aaaGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAGACATTAATTTGATAAAAAGGGGTATAGTAACTTATTGAGAAAAAGAAGGGTGATAATATTATGGGATTCaaaa > 2:459913/1‑141 (MQ=255) aaaGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAGACATTAATTTGATAAAAAGGGGTATAGTAACTTATTGAGAAAAAGAAGGGTGATAATATTATGGGATTCaaaa > 2:93860/1‑141 (MQ=255) aaaCGCATCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAGACATTAATTTGATAAAAAGGGGTATAGTAACTTATTGAGAAAAAGAAGGGTGATAATATTATGGGATTCAAAAACAATTTAAc > 2:372826/1‑141 (MQ=255) aTCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAGACATTAATTTGATAAAAAGGGGTATAGTAACTTATTGAGAAAAAGAAGGGTGATAATATTATGGGATTCAAAAACAATTTAACATCaaa < 1:371616/141‑1 (MQ=255) aTCAACATTATAAGCCAACTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAGACATTAATTTGATAAAAAGGGGTATAGTAACTTATTGAGAAAAAGAAGGGTGATAATATTATGAGATTCAAAAACAATTTAACATCaaa < 2:434520/141‑1 (MQ=255) tCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAGACATTAATTTGATAAAAAGGGGTATAGTAACTTATTGAGAAAAAGAAGGGTGATAATATTATGGGATTCAAAAACAATTTAACATCAAAt > 1:334005/1‑141 (MQ=255) cacaTTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAGACATTAATTTGATAAAAAGGGGTATAGTAACTTATTGAGAAAAAGAAGGGTGATAATATTATGGGATTCAAAAACAATTTAACATCAAAttt > 2:325526/1‑141 (MQ=255) cacaTTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAGACATTAATTTGATAAAAAGGGGTATAGTAACTTATTGAGAAAAAGAAGGGTGATAATATTATGGGATTCAAAAACAATTTAACATCAAAttt > 2:339103/1‑141 (MQ=255) | AGTGTATATCCATTAAAGCAATTTAAAAATACTATTAAAAAGACGCTTGAAGAGAGTGGCGTTGATTATGAATTAACTGAAGTTATGGGATTACCAAAAGATTTTAAAACGCATCCACATTATAAGCCATCTAAATATTTAAAAGCTGTTTTTGTAAATATTAGACATTAATTTGATAAAAAGGGGTATAGTAACTTATTGAGAAAAAGAAGGGTGATAATATTATGGGATTCAAAAACAATTTAACATCAAATTT > USA300TCH1516_ALE/1091274‑1091529 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |