Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA USA300TCH1516_ALE 1,181,141 T→C 7.9% intergenic (‑145/‑104) USA300HOU_RS05880 ← / → USA300HOU_RS05885 hypothetical protein/hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE1,181,1410TC 7.9% 152.7 / 2.3 50intergenic (‑145/‑104)USA300HOU_RS05880/USA300HOU_RS05885hypothetical protein/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (30/16);  new base C (2/2);  total (32/18)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.12e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01

AACCTTTCTTATGTGATTTTCTTCACTAATTATATCATGATAGCTATGGCCAATTAATAAGAAGAGTGTGTACTATTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAATGATGATTGAAGATTTACAAGGGGGTGTACAAAATGAGAAATCAAATTCAAAAACTATTAGACAGTGAT  >  USA300TCH1516_ALE/1181004‑1181280
                                                                                                                                         |                                                                                                                                           
aaCCTTTCTTATGTGATTTTCTTCACTAATTATATCATGATAGCTATGGCCAATTAATAAGAAGAGTGTGTACTATTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTaa                                                                                                                                          <  2:355127/141‑1 (MQ=255)
           tgtgATTTTCTTCACTAATTATATCATGATAGCTATGGCCAATTAATAAGAAGAGTGTGTACTATTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAg                                                                                                                               >  1:111104/1‑141 (MQ=255)
           tgtgATTTTCTTCACTAATTATATCATGATAGCTATGGCCAATTAATAAGAAGAGTGTGTACTATTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAg                                                                                                                               >  1:68194/1‑141 (MQ=255)
             tgATTTTCTTCACTAATTATATCATGATAGCTATGGCCAATTAATAAGAAGAGTGTGTACTATTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGt                                                                                                                             <  1:258843/141‑1 (MQ=255)
             tgATTTTCTTCACTAATTATATCATGATAGCTATGGCCAATTAATAAGAAGAGTGTGTACTATTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGt                                                                                                                             <  1:250239/141‑1 (MQ=255)
              gATTTTCTTCACTAATTATATCATGATAGCTATGGCCAATTAATAAGAAGAGTGTGTACTATTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTa                                                                                                                            <  1:392602/141‑1 (MQ=255)
              gATTTTCTTCACTAATTATATCATGATAGCTATGGCCAATTAATAAGAAGAGTGTGTACTATTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTa                                                                                                                            <  1:427743/141‑1 (MQ=255)
                   tcttcACTAATTATATCATGATAGCTATGGCCAATTAATAAGAAGAGTGTGTACTATTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCtt                                                                                                                       >  2:285102/1‑141 (MQ=255)
                      tcACTAATTATATCATGATAGCTATGGCCAATTAATAAGAAGAGTGTGTACTATTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGc                                                                                                                    >  2:66532/1‑141 (MQ=255)
                              tataTCATGATAGCTATGGCCAATTAATAAGAAGAGTGTGTACTATTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCCCAAAACTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTaaa                                                                                                            >  2:162818/1‑141 (MQ=255)
                              tataTCATGATAGCTATGGCCAATGAATAAGAAGAGTGAGTACTATGACGTTATCAGGGTATGTATAGTGGGTTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCATAACTAATGATATTTGAGATATGCTTTGCAACCTaaa                                                                                                            >  2:216942/1‑141 (MQ=255)
                                           cTATGGCCAATTAATAAGAAGAGTGTGTACTATTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAata                                                                                                  <  1:289480/138‑1 (MQ=255)
                                           cTATGGCCAATTAATAAGAAGAGTGTGTACTATTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAata                                                                                                  >  2:289480/1‑138 (MQ=255)
                                            tATGGCCAATTAATAAGAAGAGTGTGTACTATTACGTTGTTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATAtgtg                                                                                              >  1:244161/1‑141 (MQ=255)
                                            tATGGCCAATTAATAAGAAGAGTGTGTACTATTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATAtgtg                                                                                              >  1:274150/1‑141 (MQ=255)
                                                    aTTAATAAGAAGAGTGTGTACTATTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTa                                                                                      >  2:86703/1‑141 (MQ=255)
                                                    aTTAATAAGAAGAGTGTGTACTATTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTa                                                                                      >  2:208408/1‑141 (MQ=255)
                                                    aTTAATAAGAAGAGTGTGTACTATTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTa                                                                                      >  2:165883/1‑141 (MQ=255)
                                                    aTTAATAAGAAGAGTGTGTACTATTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTa                                                                                      >  2:262265/1‑141 (MQ=255)
                                                    aTTAATAAGAAGAGTGTGTACTATTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTa                                                                                      >  2:430895/1‑141 (MQ=255)
                                                          aagaagAGTGTGTACTATTACGTTATTAGGATATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAattatt                                                                                <  1:260836/141‑1 (MQ=255)
                                                                 gtgtgtACTATTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTatttaattta                                                                         <  2:68194/141‑1 (MQ=255)
                                                                 gtgtgtACTATTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTatttaattta                                                                         <  2:111104/141‑1 (MQ=255)
                                                                    tgtACTATTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAat                                                                      >  2:104138/1‑141 (MQ=255)
                                                                     gtACTATTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAatg                                                                     >  2:176452/1‑141 (MQ=255)
                                                                     gtACTATTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTGTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAatg                                                                     >  2:429595/1‑141 (MQ=255)
                                                                        cTATTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAatgatg                                                                  <  2:391497/141‑1 (MQ=255)
                                                                          aTTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAATgatgat                                                                <  2:259303/141‑1 (MQ=255)
                                                                            tACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAATGATGATTg                                                              <  2:100978/141‑1 (MQ=255)
                                                                            tACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAATGATGATTg                                                              <  1:360678/141‑1 (MQ=255)
                                                                            tACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAATGATGATTg                                                              <  1:314362/141‑1 (MQ=255)
                                                                                        gtatgtatATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAATGATGATTGAAGATTTACAAg                                                  >  2:144889/1‑141 (MQ=255)
                                                                                            gtatATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAATGATGATTGAAGATTTACAAggggg                                              >  2:74520/1‑141 (MQ=255)
                                                                                              atatTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAACTGATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAATGATGATTGAAGATTTACAAGGGGgtg                                            <  1:216942/141‑1 (MQ=255)
                                                                                              atatTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAACTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAATGATGATTGAAGATTTACAAGGGGgtg                                            <  1:162818/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                    gATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAATGATGATTGAAGATTTACAAGGGGGTGTACaaa                                      >  2:97970/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                      ttGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAATGATGATTGAAGATTTACAAGGGGGTGTACAAAAt                                    >  2:219044/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                      ttGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAATGATGATTGAAGATTTACAAGGGGGTGTACAAAAt                                    >  2:130145/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                          tAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAATGATGATTGAAGATTTACAAGGGGGTGTACAAAATgaga                                >  1:103943/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                            gACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAATGATGATTGAAGATTTACAAGGGGGTGTACAAAATGAGaaa                              >  2:51376/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                              cacaTAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAATGATGATTGAAGATTTACAAGGGGGTGTACAAAATGAGAAATc                            <  1:430895/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                caTAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAATGATGATTGAAGATTTACAAGGGGGTGTACAAAATGAGAAATCaa                          >  1:17982/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                    aTTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAATGATGATTGAAGATTTACAAGGGGGTGTACAAAATGAGAAATCAAATTc                      >  2:23160/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                    aTTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAATGATGATTGAAGATTTACAAGGGGGTGTACAAAATGAGAAATCAAATTc                      >  2:306435/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                      tGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAATGATGATTGAAGATTTACAAGGGGGTGTACAAAATGAGAAATCAAATTCaa                    >  1:324317/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                 tctcAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAATGATGATTGAAGATTTACAAGGGGGTGTACAAAATGAGAAATCAAATTCAAAAACTATTAGa         >  1:310561/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                 tctcAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAATGATGATTGAAGATTTACAAGGGGGTGTACAAAATGAGAAATCAAATTCAAAAACTATTAGa         >  1:83030/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                     aaaaTTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAATGATGATTGAAGATTTACAAGGGGGTGTACAAAATGAGAAATCAAATTCAAAAACTATTAGACAGt     <  1:337620/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                     aaaaTTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAATGATGATTGAAGATTTACAAGGGGGTGTACAAAATGAGAAATCAAATTCAAAAACTATTAGACAGt     >  2:14657/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                        aTTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAATGATGATTGAAGATTTACAAGGGGGTGTACAAAATGAGAAATCAAATTCAAAAACTATTAGACAGTGAt  >  2:77156/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                         |                                                                                                                                           
AACCTTTCTTATGTGATTTTCTTCACTAATTATATCATGATAGCTATGGCCAATTAATAAGAAGAGTGTGTACTATTACGTTATTAGAGTATGTATATTGGATTGATAGACACATAATTGACATTTAAATCTCAAAATTAATGATATTTGAGGTATGCTTTGCAACCTAAATATTGGAATATGTGGAAAAGTAATTATTTAATTTAAATGATGATTGAAGATTTACAAGGGGGTGTACAAAATGAGAAATCAAATTCAAAAACTATTAGACAGTGAT  >  USA300TCH1516_ALE/1181004‑1181280

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑