| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,672,327 | A→G | 16.3% | V222V (GTT→GTC) | sigA ← | RNA polymerase sigma factor SigA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,672,327 | 0 | A | G | 16.3% | 58.0 / 5.3 | 26 | V222V (GTT→GTC) | sigA | RNA polymerase sigma factor SigA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (10/11); new base G (2/2); total (12/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
TTGGTGTTTCTAATGAAACAGGTTCTTGCGCAATTTTTAAAATTTCACGAACTTTTTCTGCTGGTAAATCCATTTCTTCACCAATTTCTTCTGGTGCTGGATCTCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAA > USA300TCH1516_ALE/1672194‑1672452 | ttGGTGTTTCTAATGAAACAGGTTCTTGCGCAATTTTTAAAATTTCACGAACTTTTTCTGCTGGTAAATCCATTTCTTCACCAATTTCTTCTGGTGCTGGATCTCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGaa < 2:155399/141‑1 (MQ=255) tGGTGTTTCTAATGAAACAGGTTCTTGCGCAATTTTTAAAATTTCACGAACTTTTTCTGCTGGTAAATCCATTTCTTCACCAATTTCTTCTGGTGCTGGATCTCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGaat < 2:121178/141‑1 (MQ=255) tGGTGTTTCTAATGAAACAGGTTCTTGCGCAATTTTTAAAATTTCACGAACTTTTTCTGCTGGTAAATCCATTTCTTCACCAATTTCTTCTGGTGCTGGATCTCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGaat < 2:452794/141‑1 (MQ=255) tttCTAATGAAACAGGTTCTTGCGCAATTTTTAAAATTTCACGAACTTTTTCTGCTGGTAAATCCATTTCTTCACCAATTTCTTCTGGTGCTGGATCTCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGGACACGaattaatt > 1:455956/1‑141 (MQ=255) tttCTAATGAAACAGGTTCTTGCGCAATTTTTAAAATTTCACGAACTTTTTCTGCTGGTAAATCCATTTCTTCACCAATTTCTTCTGGTGCTGGATCTCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGGACACGaattaatt > 2:311205/1‑141 (MQ=255) aaTGAAACAGGTTCTTGCGCAATTTTTTTTTTTTTTTTAACTTTTACCGCTGGTAAATCCATTTCTTCTCCAATTTCTTCTGGTGCTGGATCTCGCCCTAAGTCCTGTTATAATTAACGTTGACCACGAATTAATttatta > 2:416473/1‑141 (MQ=255) tGAAACAGGTTCTTGCGCAATTTTTAAAATTTCACGAACTTTTTCTGCTGGTAAATCCATTTCTTCACCAATTTCTTCTGGTGCTGGATCTCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAAt < 1:378393/141‑1 (MQ=255) tGAAACAGGTTCTTGCGCAATTTTTAAAATTTCACGAACTTTTTCTGCTGGTAAATCCATTTCTTCACCAATTTCTTCTGGTGCTGGATCTCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAAt < 1:378328/141‑1 (MQ=255) tGAAACAGGTTCTTGCGCAATTTTTAAAATTTCACGAACTTTTTCAGCTGGTAAATCCATGACTTCGACGATTTCTTCTGGTGCTGGATCTCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAAt < 1:435576/141‑1 (MQ=255) cAGGTTCTTGCGCAATTTTTAAAATTTCACGAACTTTTTCTGCTGGTAAATCCATTTCTTCACCAATTTCTTCTGGTGCTGGATCTAGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGttt > 2:365321/1‑141 (MQ=255) tCTTGCGCAATTTTTAAAATTTCACGAACTTTTTCTGCTGGTAAATCCATTTCTTCACCAATTTCTTCTGGTGCTGGATCTCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTAcc > 1:51077/1‑141 (MQ=255) ttGCGCAATTTTTAAAATTTCACGAACTTTTTCTGCTGGTAAATCCATTTCTTCACCAATTTCTTCTGGTGCTGGATCTCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCat < 1:433322/141‑1 (MQ=255) ttGCGCAATTTTTAAAATTTCACGAACTTTTTCTGCTGGTAAATCCATTTCTTCACCAATTTCTTCTGGTGCTGGATCTCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCat < 1:171745/141‑1 (MQ=255) tAAAATTTCACGAACTTTGTCTGCTGGTAAATCCATTTCTTCACCAATTTCTTCTTGTGCTGGAGCTCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGGTTCTACCATCTGCACAggatt > 1:26503/1‑138 (MQ=255) gAACTTTTTCTGCTGGTAAATCCATTTCTTCACCAATTTCTTCTGGTGCTGGATCTCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTAc < 2:261195/141‑1 (MQ=255) gAACTTTTTCTGCTGGTAAATCCATTTCTTCACCAATTTCTTCTGGTGCTGGATCTCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTAc > 2:239974/1‑141 (MQ=255) tttttCTGCTGGTAAATCCATTTCTTCACCAATTTCTTCTGGTGCTGGATCTCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGc < 2:418977/141‑1 (MQ=255) ttcACCAATTTCTTCTGGTGCTGGATCTCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGAt > 1:349447/1‑141 (MQ=255) ttctGGTGCTGGATCTCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAAt > 1:132313/1‑141 (MQ=255) ctGGTGCTGGATCTCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATcc > 1:200094/1‑141 (MQ=255) ctGGTGCTGGATCTCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATcc > 1:144811/1‑141 (MQ=255) tgttctcGACCCTAGTCCTGTAGTAATTTACGTTGTTCACGAATTAATTTCTCAATTGTTTCTACCATATGCCCGGGGATACGATTCGTACGGGCTTTGTCAGCGATTGCACGAGTGTTTGCATGTCTAATCCTCCATGtt < 2:26503/138‑1 (MQ=255) ctcGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCat > 2:375559/1‑141 (MQ=255) aCCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGt < 1:85638/141‑1 (MQ=255) taataaTTGACGTTGGACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTaaa < 1:311205/141‑1 (MQ=255) taataaTTGACGTTGGACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTaaa < 2:455956/141‑1 (MQ=255) | TTGGTGTTTCTAATGAAACAGGTTCTTGCGCAATTTTTAAAATTTCACGAACTTTTTCTGCTGGTAAATCCATTTCTTCACCAATTTCTTCTGGTGCTGGATCTCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAA > USA300TCH1516_ALE/1672194‑1672452 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |