| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,358,670 | T→C | 10.0% | K83R (AAA→AGA) | rpoA_1 ← | DNA‑directed RNA polymerase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,358,670 | 0 | T | C | 10.0% | 171.0 / 11.2 | 60 | K83R (AAA→AGA) | rpoA_1 | DNA‑directed RNA polymerase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/31); new base C (3/3); total (26/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.75e-01 | |||||||||||
TGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAAGATAGTAGGATACGACGTAAGGA > USA300TCH1516_ALE/2358531‑2358803 | tGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGttt < 1:87117/141‑1 (MQ=255)tGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGttt < 1:294791/141‑1 (MQ=255) ttAAGCTNTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTCTAATGTTCata < 2:345686/141‑1 (MQ=255) ttAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCata < 2:46644/141‑1 (MQ=255) ttAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTCTAATGTTCata < 1:61848/141‑1 (MQ=255) ttAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTCTAATGTTCata < 1:188197/141‑1 (MQ=255) aGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCGATGCTAATTGTTTAATGTTCataata > 2:364097/1‑141 (MQ=255) aGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCataata > 2:51808/1‑141 (MQ=255) aGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCataata > 2:356647/1‑141 (MQ=255) ctctGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCTGAGTCTATTTTCACTGCTAATTGTTTAATGTTCATaataat > 1:319816/1‑141 (MQ=255) tttAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGaa > 2:271579/1‑141 (MQ=255) tttAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGaa > 2:454239/1‑141 (MQ=255) tttAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGaa > 2:155535/1‑141 (MQ=255) aaaaTTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACa < 1:257134/141‑1 (MQ=255) aaTTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGCAGAAACATc < 1:405598/141‑1 (MQ=255) cATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTa < 2:190502/141‑1 (MQ=255) cATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTa < 2:190517/141‑1 (MQ=255) cATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTa < 2:297233/141‑1 (MQ=255) tATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGt < 2:385975/141‑1 (MQ=255) tATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGt < 2:332274/141‑1 (MQ=255) tgtAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTAAATGCTAATTGTTTAACGTTCATAATAATTGTAAAAACAACTTCACCTACATTGTCTActgc > 1:71731/1‑141 (MQ=255) aTGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCTATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTgag > 1:243552/1‑141 (MQ=255) tGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTgaga > 2:112328/1‑141 (MQ=255) tGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTgaga > 2:253485/1‑141 (MQ=255) tGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTgaga > 2:48091/1‑141 (MQ=255) tCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAAt < 2:276939/141‑1 (MQ=255) tCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAAt < 2:84993/141‑1 (MQ=255) tCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAAt < 2:205922/141‑1 (MQ=255) tGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGTATTCATg < 1:364097/141‑1 (MQ=255) tGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATg < 1:51808/141‑1 (MQ=255) tGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATg < 1:356647/141‑1 (MQ=255) cTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTc > 2:453125/1‑141 (MQ=255) cTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTc > 2:16222/1‑141 (MQ=255) ttCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTcc < 1:102597/141‑1 (MQ=255) ccTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCa > 1:93253/1‑141 (MQ=255) ccTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCa > 1:125616/1‑141 (MQ=255) tcatcaCGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAAtt > 2:280557/1‑141 (MQ=255) tcatcaCGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAAtt > 2:93902/1‑141 (MQ=255) tcatcaCGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAAtt < 2:133871/141‑1 (MQ=255) tcatcaCGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAAtt > 1:236973/1‑141 (MQ=255) tcatcaCGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAAtt > 1:344289/1‑141 (MQ=255) tcaCGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCa > 1:63769/1‑141 (MQ=255) gTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAatat < 2:437005/141‑1 (MQ=255) tttCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACgg < 2:319816/141‑1 (MQ=255) tCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCt < 1:260718/141‑1 (MQ=255) aaGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCAc > 1:359105/1‑141 (MQ=255) aGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTCTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCAcc > 1:287824/1‑141 (MQ=255) aGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTCTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCAcc > 1:287835/1‑141 (MQ=255) tttATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTgg < 2:243552/141‑1 (MQ=255) tttATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTgg < 2:297497/141‑1 (MQ=255) tttATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACGCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTgg < 2:269076/141‑1 (MQ=255) ttATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGt < 2:63769/141‑1 (MQ=255) cttcttCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATg > 2:48544/1‑141 (MQ=255) agagTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAAGAtag < 1:52874/141‑1 (MQ=255) agagTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAAGAtag < 1:104602/141‑1 (MQ=255) aaaTTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAAGATAGTAGGa < 2:313759/141‑1 (MQ=255) aaaTTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAAGATAGTAGGa < 1:268503/141‑1 (MQ=255) tGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAAGATAGTAGGATACGACGTaa < 1:48091/141‑1 (MQ=255) tGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAAGATAGTAGGATACGACGTaa < 1:253485/141‑1 (MQ=255) tGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAAGATAGTAGGATACGACGTaa < 1:182233/141‑1 (MQ=255) tGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAAGATAGTAGGATACGACGTaa < 1:112328/141‑1 (MQ=255) tAATTGTCTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAAGATAGTAGGATACGACGTAAGGa > 1:257613/1‑141 (MQ=255) | TGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAAGATAGTAGGATACGACGTAAGGA > USA300TCH1516_ALE/2358531‑2358803 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |