New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | NC_012417 | 2073 = | 651 (0.920) | intergenic (+306/+20) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 699 total aligned reads displayed.
TCACACTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAT > NC_012417/1807‑2087 | tCACACTGTTTTTTTATTGCTATATGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAAGAAAAAATAAATGACGCATTTATGCATAGAAAAt > 2:104425/1‑141 (MQ=255) cacaCTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAAtt < 1:71343/141‑1 (MQ=255) aacacTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTAGACGAGATGGAAGAATAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAAtt < 2:29597/140‑1 (MQ=255) acacTTTTTTTTTATTAATATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTATATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGAAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAAttt < 2:171264/141‑1 (MQ=255) acacTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAAttt < 1:183538/141‑1 (MQ=255) acacTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTAGCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAAttt > 1:89869/1‑141 (MQ=255) cTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTAtt < 1:22613/141‑1 (MQ=255) tGTTTTTTTATTCCTATTTGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTg < 1:145999/141‑1 (MQ=255) gTTTTTGTATACGTATTGTTTTTGTTGATGACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGAGGTTTTTGACGAGATGGAAAAAAAATATGATTATCAAGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGa < 2:123243/141‑1 (MQ=255) ttttAGTCCTATGTGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGtt < 1:34241/141‑1 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2:238968/1‑137 (MQ=255) tttttaAAGATGATGCTTTTGTCGAGATTGAAGAAAAATATGATTATCATTAATATAATAAAAAATAGACGATGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTTATAAGAACTCTTAACTAGACTTGCAGACTAATGtggt > 2:12851/5‑138 (MQ=255) cTATAAAGATGATGATCATGATGAGATTGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGc < 1:253752/141‑1 (MQ=25) tataAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCa < 1:140378/141‑1 (MQ=255) ataAAGATGATGGTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTAGCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGTGAATATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCAt < 2:73311/141‑1 (MQ=255) ataAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCAt < 2:77350/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=38) gacgacGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAAc < 1:137747/141‑1 (MQ=35) gacgacGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGCGATAATTAAGATTTCCGAGGCTCAAc < 2:175971/141‑1 (MQ=11) acgacgCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCGGAGGCGCAACg > 1:28067/1‑141 (MQ=21) cgacgCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAAAGCCGGCGAACCGTCTTCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGt > 1:66979/1‑141 (MQ=11) aTTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATaa > 1:22156/1‑141 (MQ=32) tttATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATaaa > 1:54006/1‑141 (MQ=32) attccGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCa < 2:209744/138‑1 (MQ=17) aTGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCa > 1:50510/1‑141 (MQ=32) aTGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAAGGTTCCTAAGCTCAACGTCAATAAAGCa > 2:273159/1‑141 (MQ=12) tGCCGAGACAATTTATTGATGTTCAGAAGAACCCTTAACCAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCAGTCCAAAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGATGCAGGTCAATAAAGaaa > 1:250326/1‑141 (MQ=11) tGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGGGTGTCGGTGTACTGCAAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCaa < 1:209405/141‑1 (MQ=11) gCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAAt < 1:219619/141‑1 (MQ=32) gCCGAGAAAATTTATTGACGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAAt < 1:92908/141‑1 (MQ=17) gCCGAGAAAATTGATTGATGTAGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAAt < 1:144015/141‑1 (MQ=17) gagaAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTgg > 2:110868/1‑141 (MQ=32) gaAAATTTATTAATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTGGGGATTGCTAAGGGTTCCAAGACACAACGTCAATAAAGCAATTggca > 2:115374/1‑139 (MQ=11) | TCACACTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAT > NC_012417/1807‑2087 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |