New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 895785 = | 25 (1.010) | 7 (0.320) | 5/246 | 2.1 | 27.0% | coding (806/822 nt) | metQ_2 | Methionine‑binding lipoprotein MetQ |
? | USA300TCH1516_ALE | = 909740 | 16 (0.730) | intergenic (‑663/‑371) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD |
GGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCT > USA300TCH1516_ALE/909601‑909878 | ggTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAt > 1:196949‑M2/1‑140 (MQ=255) ttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCGTAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTTCTCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtta < 2:20494‑M2/141‑4 (MQ=255) ttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtta < 2:126891‑M2/141‑4 (MQ=255) gttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttatt < 2:171622‑M2/141‑6 (MQ=255) aaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCa < 1:151533/141‑1 (MQ=255) aaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTGTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCTTGCTAAATAAATCa > 1:116138/1‑141 (MQ=255) aaaGGGCATAATTTTGAAAAAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCa < 1:89092/141‑1 (MQ=255) aagtatgaaacAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaata > 2:194218‑M2/6‑111 (MQ=255) aaTTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaata > 1:70462‑M2/1‑111 (MQ=255) aaTGTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaata > 2:88585‑M2/1‑111 (MQ=255) aCAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccc > 1:171622‑M2/1‑102 (MQ=255) aaaGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGt < 2:113954/141‑1 (MQ=255) gAATAATAAATTATCTTGAGAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCtt < 2:137727/141‑1 (MQ=255) ataataACTTATCTTTAAAATTTTATAAATGCATATATAACAACGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCCTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATACTAATTGCTCAGTAACGTGATTTTGCTGGGCtttt < 1:70296/141‑1 (MQ=255) ttATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaatttaa < 1:210517/141‑1 (MQ=255) ttGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGTCCTTTAACTTCCTTGATAATCTGGCTGTTTGTTGGCCCGAAACAACAACTAGAAACATGTCAGTAACTGGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAgg < 1:135966/141‑1 (MQ=255) ttATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaa > 1:126891‑M2/1‑61 (MQ=255) atataATAATGTTTTTATTGCTCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCGTGTTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGaa < 2:181625/141‑1 (MQ=255) atataACAATGTTTTGATTGCCCTTGCACTACCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGaa < 2:70699/141‑1 (MQ=255) aaTGTTTTGATTGTCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaa > 1:146375‑M2/1‑42 (MQ=255) gATTGCCCTTGAACTTCCTTGATGATATGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATCGCACGGGAACGTGAGGTTCCTGGGCTTTTTCATTTATACAGGTATTTATATTATATTTAGGATTGAGTTGCAAttctt > 2:157843/1‑138 (MQ=255) gATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACg > 1:105087/1‑141 (MQ=255) ttGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGa > 1:119119/1‑141 (MQ=255) cTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcccaaaaggggcagtatatgcaacttat < 1:35006‑M2/141‑121 (MQ=255) tCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATAGCTAAATAACGTGATGTTACTAATCTTTTTAATTTAAACATTTATTTATATAATATTTAGAAATGAAATATTATTAATTATAAAGTAAAAtat > 2:112521/1‑139 (MQ=255) tGGATAATTATTCATGATAAGTAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGCATTTAGATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAAACCTATATGCATGCg < 2:282126/141‑1 (MQ=255) tAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCt > 2:70135/1‑141 (MQ=255) | GGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCT > USA300TCH1516_ALE/909601‑909878 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |