Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,416,458 | A→T | I216N (ATT→AAT) | oppD_4 ← | Oligopeptide transport ATP‑binding protein OppD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,416,458 | 0 | A | T | 100.0% | 32.0 / NA | 12 | I216N (ATT→AAT) | oppD_4 | Oligopeptide transport ATP‑binding protein OppD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (9/3); total (9/3) |
TCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAAC > USA300TCH1516_ALE/1416328‑1416588 | tCAATCATAGTAATTCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACa < 1:178517/141‑1 (MQ=255) ccTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATg > 1:149958/1‑141 (MQ=255) aaTTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGCTGCAACTGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATACTTGTACTGACAATATTTCAATACATGCTTTaat > 2:19424/1‑140 (MQ=255) cGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGCCTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTc > 2:182683/1‑141 (MQ=255) cGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATTTGTGCTAATAAATAATGTTTGACCATGTTc > 2:166352/1‑141 (MQ=255) gCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGCCAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTATTa > 2:206441/1‑141 (MQ=255) gCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAatat > 1:163412/1‑141 (MQ=255) tCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTAACCTCAGGTGTGATACAACACCGCCAGTGACCATGTTCTCATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTAcc > 1:271027/1‑141 (MQ=255) aTGATTTCACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTTACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCaaa < 2:144854/141‑1 (MQ=255) tGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAg > 2:160102/1‑141 (MQ=255) tAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAAc > 1:254152/1‑141 (MQ=255) tAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGCAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAAc < 2:147267/141‑1 (MQ=255) | TCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAAC > USA300TCH1516_ALE/1416328‑1416588 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |