| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 456,608 | A→T | 6.7% | E55D (GAA→GAT) | tst_4 → | Toxic shock syndrome toxin‑1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 456,608 | 0 | A | T | 6.7% | 1062.7 / 51.1 | 356 | E55D (GAA→GAT) | tst_4 | Toxic shock syndrome toxin‑1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (188/142); new base T (14/10); total (202/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 365 total aligned reads displayed.
GCGACATTAGCTTTAGGAATTTTAACAACAGGAACTTTAACAACAGAAGTTCATTCAGGTCATGCAAAACAAAATCAAAAGTCAGTAAATAAACATGACAAGGAAGCATTATACCGATACTACACTGGAAAGACTATGGAAATGAAAAATATTAGTGCTTTGAAACATGGTAAAA‑ACAACTTACGTTTTAAGTTTAGAGGTATTAAGATTCAAGTTTTACTGCCTGGAAATGATAAAAGTAAATTTCAACAGCGTAGTTATGAGGGGTTAGATGTTTTCTT > USA300TCH1516_ALE/456468‑456748 | gCGACATTAGCTTTAGGAATTTTAACAACAGGAACTTTAACAACAGAAGTTCATTCAGGTCATGCAAAACAAAATCAAAAGTCAGTAAATAAACATGACAAGGAAGCATTATACCGATACTACACTGGAAAGACTATGGaa > 1:2008687/1‑141 (MQ=255) aTTAGCTTTAGGAATTTTAACAACAGGAACTTTAACAACAGAAGTTCATTCAGGTCATGCAAAACAAAATCAAAAGTCAGTAAATAAACATGACAAGGAAGCATTATACCGATACTACACTGGAAAGACTATGGAAATGaa > 1:19241/1‑141 (MQ=255) gCTTTAGGAATTTTAACAACAGGAACTTTAACAACAGAAGTTCATTCAGGTCATGCAAAACAAAATCAAAAGTCAGTAAATAAACATGACAAGGAAGCATTATACCGATACTACACTGGAAAGACTATGGAAATGaaaaaa > 1:3270242/1‑140 (MQ=255) cTTTAGGAATTTTAACAACAGGAACTTTAACAACAGAGGTTCATTCAGGTCATGCAAAACAAAATCAAAAGTCAGTAAATAAACATGACAAGGAAGCATTATACCGATACTACACTGGAAAGACTATGGAAATGAAAAata < 2:1877250/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |