| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 614,172 | 0 | T | C | 5.1% | 1040.7 / 16.7 | 439 | S828S (AGT→AGC) | sdrC | Serine‑aspartate repeat‑containing protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (211/185); new base C (10/17); total (230/209) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 444 total aligned reads displayed.
CGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGT‑GATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGA > USA300TCH1516_ALE/614033‑614312 | cGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGT‑GATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGAGAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTg > 1:2603850/1‑141 (MQ=255)cGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGT‑GATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTg < 1:367417/141‑1 (MQ=255) gggtAGCGAGTCAGACGCAGATAGCGATTAGGATGCAGATGGCTGTTCGGATTCAGACAGT‑GATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTga < 2:1417221/138‑1 (MQ=21) ggATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGT‑GATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCCGACAGtca > 1:1352207/1‑139 (MQ=255) 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1:3405979/141‑1 (MQ=255) | CGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGT‑GATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGA > USA300TCH1516_ALE/614033‑614312 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |