Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 618,567 | T→C | 5.3% | D1223D (GAT→GAC) | sdrD → | Serine‑aspartate repeat‑containing protein D |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | USA300TCH1516_ALE | 618,567 | 0 | T | C | 5.3% | 930.2 / 8.3 | 398 | D1223D (GAT→GAC) | sdrD | Serine‑aspartate repeat‑containing protein D |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (172/181); new base C (25/4); total (207/191) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.11e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 439 total aligned reads displayed.
GATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTC > USA300TCH1516_ALE/618427‑618707 | gattccgacgccgattcagaccgcgactcagattcagacagCGACTCAGCCTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACtcagat < 1:893017/136‑1 (MQ=17) agcgactcagataccgacagtgacgcagattcagacAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACtcagattca < 2:2924484/141‑1 (MQ=255) cgattcagactcagatagcgactcagactcagacagCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACtcagattcaga < 1:3998246/141‑1 (MQ=255) gactcagattcagacagcgactcagattcagacagcGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACGGCGACTCAGACTCAGAGAGCGACTCAGACACAGAAAGAGAAtcagagtcagaa > 2:2687674/1‑140 (MQ=14) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |