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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | USA300TCH1516_ALE | 622,533 | 0 | T | C | 6.0% | 1265.8 / 15.8 | 507 | D1032D (GAT→GAC) | sdrE | Serine‑aspartate repeat‑containing protein E |
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Only 100 of 518 total aligned reads displayed.
GACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAG‑‑‑CGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGACTCTGATAG > USA300TCH1516_ALE/622393‑622673 | aCTCAGATAGCGAGTCAGATTCAGAGAGCGATACAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAG‑‑‑CGAtt < 2:1416767/141‑1 (MQ=14) aGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAG‑‑‑CGATTCGGACTCa < 1:2317296/141‑1 (MQ=255) gCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAG‑‑‑CGATTCGGACTCAg > 1:1618450/1‑141 (MQ=255) gCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCGGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACCGCAACAGCGACCCAAAATCAGATAG‑‑‑CGACACGGACtgca > 2:1525178/1‑138 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attcagatAG‑‑‑CGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAgagaga > 2:1235140/1‑139 (MQ=255) ttcagatAG‑‑‑CGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTc < 1:3218664/141‑1 (MQ=255) tAG‑‑‑CGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGActc < 1:1267876/141‑1 (MQ=255) tAG‑‑‑CCATTCAGACACAGATAGCGACTCAGAGACAGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGCCTCAGACAGACATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGActc < 2:3457092/141‑1 (MQ=14) gaG‑‑‑CGAGTCGGACTCAGATAGCGTCTCTGAGTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGActc < 2:53455/140‑1 (MQ=255) aG‑‑‑CGATTCGGACTCAGATAGCGACTAAGCTTCACAGCGCCATTCAGCCTCAGATAGCGACCCAGACTCAGACATCGAATCAGATACACACAGCAACTCAGACGCACATAGCGACCCAGACGAAGACAGAGACTCAGActct > 2:2907369/1‑141 (MQ=9) g‑‑‑CGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGGTTCGGACAGCGACTCAGACTCTg > 1:279334/1‑141 (MQ=255) g‑‑‑CGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGACTCTg < 1:1339919/141‑1 (MQ=255) g‑‑‑CGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGAAGCAGACATTTGTTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGACTCTg > 1:3451932/1‑141 (MQ=17) g‑‑‑CGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTAAGAATCAGACAGTGAATCAGATTCAAACAGCGACTCAGACTCAGATAGAGAACCAGAATGTGACAACGACTCAGAcaatg > 2:388477/1‑137 (MQ=14) cGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGACTCTGa < 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |