| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 776,295 | G→T | 5.2% | intergenic (+97/‑124) | nagA → / → corC | N‑acetylglucosamine‑6‑phosphate deacetylase/Magnesium and cobalt efflux protein CorC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 776,295 | 0 | G | T | 5.2% | 811.0 / 6.3 | 322 | intergenic (+97/‑124) | nagA/corC | N‑acetylglucosamine‑6‑phosphate deacetylase/Magnesium and cobalt efflux protein CorC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (161/130); new base T (22/4); total (186/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.41e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 331 total aligned reads displayed.
TAAAATCTACAATAAAACAAGGCAAGGTTCACACATTTAGCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGAGGTGAATCCCTAGAAATAGGGAATTAATTGGAAACTTCGACCAT > USA300TCH1516_ALE/776155‑776435 | aaaaTCTACAATAAAACAAGGCAAGGTTCACACATTTAGCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGAAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTggggg > 1:1233449/1‑141 (MQ=255) aaaTCTACAATAAAACAAGGCAAGGTTCACACATTTAGCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGgt > 1:3906553/1‑141 (MQ=255) aaaTCTACAATAAAACAAGGCAAGGTTCACACATTTAGCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGgt > 1:579125/1‑141 (MQ=255) aaaTCTACAATAAAACAAGGCAAGGTTCACACATTTAGCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTCATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGgt > 1:4228571/1‑141 (MQ=255) aaacTACAATAAAACAAGGAAAGGTTCACACATTTAGCTAATAAATAATAATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGgtg < 2:3565594/138‑1 (MQ=255) aaTCTACAATAAAACAAGGCAAGGTTCACACATTTAGCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGgtg < 1:3104478/141‑1 (MQ=255) aaTCTACAATAAAACAAGGCAAGGTTAACAGATTTAGCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGgtg < 1:137605/141‑1 (MQ=255) aacatgaaaaCAAGGCAAGGTTCACACATTTAGCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTa > 2:4323961/7‑141 (MQ=255) aCAATAAAACAAGGCAAGGTTCACACATTTAGCTAATAAATAATCATGATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCCCTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTaa < 1:410499/141‑1 (MQ=255) aCAATAAAACAAGGCAAGGTCAACACCTATATCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGCTTTAAGCGGTTAACATAATCACTTTATATTATGATAAAATATAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTTGTGGTGTCTaa > 2:3363414/1‑141 (MQ=255) cAATAAAACAAGGCAAGGTTCACACATTTAGCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGTGTGTCTaca > 2:3646204/1‑139 (MQ=255) cAATAAAACAAGGCAAGGTTCACACATTTAGCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTaaa > 1:2151612/1‑141 (MQ=255) aTAAAACAAGGCAAGGTTCACACATTTAGCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATg < 2:2493574/141‑1 (MQ=255) aaCAAGGCAAGGTTCACACATTTAGCTGATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGaa < 2:3943373/141‑1 (MQ=255) aaggcaaggTTCACACATTTAGCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGc < 1:655112/141‑1 (MQ=255) aaggcaaggTTCACACATTTAGCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATACAAGAGATGTAATCTGCTAACACAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGc < 1:2298414/141‑1 (MQ=255) gcaaggTTCACACATTTAGCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGAt > 1:2195051/1‑141 (MQ=255) gcaaggTTCACACATTTAGCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGAt > 1:2117357/1‑141 (MQ=255) aaggTTCACACATTTAGCTAATAAATAATGATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATaa < 2:240027/141‑1 (MQ=255) aaggTTCACACATTTAGCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATaa < 1:3724197/141‑1 (MQ=255) aggTTCACACATTTAGCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAAc < 2:2081400/141‑1 (MQ=255) aggTTCACACATTTAGCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGCGTCTGTCTAAATGGGAAGGCGATAAc < 2:1390244/141‑1 (MQ=255) cacacaTTTAGCTAATAAATAATTATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATACAATAGAACAAACTACA‑ATTTTTTCTGTGTGCGTCAAAATTGGAAGCCAAAAACAtata > 2:3128333/1‑141 (MQ=255) acacaTTTAGCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAg > 1:2498391/1‑141 (MQ=255) acacaTTTAGCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAg > 2:1153251/1‑141 (MQ=255) acaTTTAGCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGGTAGCATGTAGtt > 1:4345693/1‑141 (MQ=255) acaTTTAGCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGtt < 2:1344845/141‑1 (MQ=255) caTTTAGCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGTGTGTCTAAATGTGAAAACGATAACATGTAGttt > 2:2175974/1‑140 (MQ=255) caTTTAGCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTATTAACATAAGCACTTTATATTATAATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGTGATGTCTAAATAGAAAGACGATAACATTTAGttt > 2:2538185/1‑140 (MQ=255) ttttAGCTAATATATAAATATAAGTAATTTTATGCTATCGATTTAATCTGTTAACATAATCATTTTTTATTATGATAAAAAAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGTTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGt < 2:295962/140‑1 (MQ=255) tttAGCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATCGCAGCAATAACA‑TTTTTTTCCGGGGGTGTCTAAATGTGAAGGCGATAACATGTAGTTGTa < 1:2456103/141‑1 (MQ=255) gCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAAttt < 1:1485350/141‑1 (MQ=255) gCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAAttt < 1:1104693/141‑1 (MQ=255) taataaATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTATGCGGGTGTATAAATGGCAACGCGATAACATGTACTTGTAAtttca > 2:4227673/1‑139 (MQ=255) ataaataaTCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGATAACATAAGCACTTTATATGATGATAAAATAAAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGt < 2:3064800/141‑1 (MQ=255) taatCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAg < 1:1776851/141‑1 (MQ=255) tCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATTGTTAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTgt > 1:1210897/1‑140 (MQ=255) aTAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACAGAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATa < 2:603448/141‑1 (MQ=255) tAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATaa > 1:2643411/1‑141 (MQ=255) ttAAATGTATGCAGTAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGGTAAAtt > 1:1274567/1‑141 (MQ=255) ttAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAAtt < 1:3957313/141‑1 (MQ=255) ttAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAAtt < 1:3363172/141‑1 (MQ=255) ttAAATGTATGCAATAGAATTAATCTGTTAACATAAGCATTTTATATTATGATAAAATAGAAGAAATAATA‑TTTTTTTCTGGGGTTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAAtt < 2:717123/141‑1 (MQ=255) tAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGTGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAAttt > 2:343454/1‑141 (MQ=255) aaTGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGa > 2:1924995/1‑141 (MQ=255) aTGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGaa < 2:3906553/141‑1 (MQ=255) aTGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGaa > 1:954279/1‑141 (MQ=255) gTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATg > 1:3625144/1‑141 (MQ=255) aTGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCg > 1:2214984/1‑141 (MQ=255) tGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGAgt > 1:725282/1‑141 (MQ=255) tGCAACAGATTCATTTTGTTAACTTAAGCACTTTTTATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATTTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCgt < 2:3219570/141‑1 (MQ=255) tAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTAc > 1:171259/1‑141 (MQ=255) aGATTTAATCTGTTAACATAATGACTGTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGATCGCGGGTGAcc < 2:3872522/141‑1 (MQ=255) tttAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCAt < 2:4155292/141‑1 (MQ=255) aTCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGTGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGt > 2:2995024/1‑141 (MQ=255) aTCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTCTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGt < 1:2774775/141‑1 (MQ=255) tGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAGAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGac < 2:3692588/141‑1 (MQ=255) tGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGac > 1:3258789/1‑141 (MQ=255) ttAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAATTCATAGTGATAAATTTGAATGAGTGTTACTCATGAGTGacac > 2:2127604/1‑141 (MQ=255) ttAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGacac > 1:2731465/1‑141 (MQ=255) tAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGAcaca < 1:1856762/141‑1 (MQ=255) tAAAATAAGCGCTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTGTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGAcaca < 1:3381016/141‑1 (MQ=255) aCATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACata > 2:1646381/1‑141 (MQ=255) aCATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TCTTTTTCTGGGAGTGTCTAAATGAGATGTCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATCGTGATAAATTTGAATTCGTATTACCCATGCGTCTCACatt > 2:892718/1‑140 (MQ=255) aaTAAGCACTTGATAATATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TGTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACatat < 2:2276320/140‑1 (MQ=255) aTAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGTGTGTCAAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAATCATAGTGATAAATATGAATGCGTGTTACCCATCAGTGACACAtata > 2:1756642/1‑141 (MQ=255) aCTTTATATTATGATAAAATCGAAGTTTTATCA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATCGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACCTATAACATgg > 1:3053169/1‑141 (MQ=255) tttATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTTTTTTTTTTTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTTTTTTTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGTCACATATAACATGTAg > 2:4020895/1‑141 (MQ=255) tttATATTATGATAAAATAGAAGCAATAAAA‑TTTTTTTCTGGTGGTTTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGAg < 2:2822228/141‑1 (MQ=255) ttATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGAgg > 1:3856151/1‑141 (MQ=255) tataTTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCTTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATgcacgt > 2:2608358/1‑136 (MQ=255) atatTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGAGGTg > 1:4185354/1‑141 (MQ=255) atatTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGAGGTg > 2:1685673/1‑141 (MQ=255) tattatGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGCGTGACACATATAACATGGAGGGGa > 1:401208/1‑141 (MQ=255) attatGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGAGGTGaa > 1:2608927/1‑141 (MQ=255) attatGATAAAATAGAAGCAATAACA‑GTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAAGGGGCAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAATCATAGAGATAAATTTGAATGCGTGTAACCCATCAGTGAGACATATAAACTTGAGGTGaa > 2:4102898/1‑141 (MQ=255) ttattaTAAAATAGAATCTATATCA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGAGGTGAAt < 2:478796/141‑1 (MQ=255) ttatGATAAAATGGACGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGAGGTGAAt < 1:592601/141‑1 (MQ=255) ttatGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGAGGTGAAt < 1:884248/141‑1 (MQ=255) tatGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGAGGTGAATc < 2:3746054/141‑1 (MQ=255) atGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGAGATGAATcc > 2:2894821/1‑141 (MQ=255) tGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGAGGTGAATccc > 1:1952092/1‑141 (MQ=255) tGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGAGGTGAATccc > 1:993926/1‑141 (MQ=255) tAAAATAGAAGCAATAACATTTTTTTTCTGGGGGTTTCTAAATGGGAAGGCAATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACTCATTAGTGATAAATATAACATGAAGGTGAATCCCTa > 2:4200437/1‑141 (MQ=255) aaaaTAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGAGGTGAATCCCTAGa < 1:155860/141‑1 (MQ=255) aaaTAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGAGGTGAATCCCTAGaa > 1:3153963/1‑141 (MQ=255) aaGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGAGGTGAATCCCTAGAAATa < 2:3789859/140‑1 (MQ=255) aTAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATACCACGCAGGTGAATCCCTAGAAATAGGGaatta < 2:546333/141‑1 (MQ=255) aCA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACCTTTAGTTGTAATTTAAGTCCTAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGAGGTGAATCCCTATAAATCGGGaattactt > 2:4413423/1‑141 (MQ=255) a‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGAGGTGAATCCCTAGAAATAGGGAATTAATTgg < 2:1593782/141‑1 (MQ=255) a‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGAGGTGAATCCCTAGAAATAGGGAATTAATTgg < 1:2966141/141‑1 (MQ=255) a‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGAGGTGAATCCCTAGAAATAGGGAATTAATTgg < 1:2371646/141‑1 (MQ=255) tttttttATGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGAGGTGAATCCCTAGAAATAGGGAATTAATTGGa < 2:2752999/141‑1 (MQ=255) ttttCTGTGGGTGTATAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATATCATGGAGGTGAATCCCTAGAAATAGGGAATTAATTGGAAAc < 2:1853120/141‑1 (MQ=255) tttCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGAGGTGAATCCCTAGAAATAAGGAATTAAATCGaaaag > 2:3496242/1‑139 (MQ=255) ttCTGGGGGTGTCTATATTGGAATGCGATAACATGTAGTTGTAGTTTACGTCATAGTGATAGATTTGACTTGGTGTTACCTATGAGTAACAGATAGAATTGGGAATTTTTTACCTACAAGTAGGCAATTAGTTGGACACtt > 2:1991524/1‑141 (MQ=255) cTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGAGGTGAATCCCTAGAAATAGGGAATTAATTGGAAACTTCg > 1:2266148/1‑141 (MQ=255) tGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGAGGTGAATTCCTAGAAATAGGGAATTAATTGGAAACTTCGa > 2:2244628/1‑141 (MQ=255) tGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGAGGTGAATCCCTAGAAATAGGTAATTAATTGGAAACTTCGa > 1:2883125/1‑141 (MQ=255) ggTGTTTAGATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGCGGTGAATCCCTAGAAATAGGGAATTAATTGGAAACTTCGCCCaa < 2:4112009/141‑2 (MQ=255) | TAAAATCTACAATAAAACAAGGCAAGGTTCACACATTTAGCTAATAAATAATCATAATTAAATGTATGCAATAGATTTAATCTGTTAACATAAGCACTTTATATTATGATAAAATAGAAGCAATAACA‑TTTTTTTCTGGGGGTGTCTAAATGGGAAGGCGATAACATGTAGTTGTAATTTAAGTCATAGTGATAAATTTGAATGCGTGTTACCCATGAGTGACACATATAACATGGAGGTGAATCCCTAGAAATAGGGAATTAATTGGAAACTTCGACCAT > USA300TCH1516_ALE/776155‑776435 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |