| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,416,458 | A→T | 100% | I216N (ATT→AAT) | oppD_4 ← | Oligopeptide transport ATP‑binding protein OppD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,416,458 | 0 | A | T | 100.0% | 947.2 / ‑6.5 | 284 | I216N (ATT→AAT) | oppD_4 | Oligopeptide transport ATP‑binding protein OppD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (134/147); minor base G (0/1); total (136/148) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
TTTTAACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGTTC > USA300TCH1516_ALE/1416321‑1416594 | ttAACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑Ac < 1:948046/141‑1 (MQ=255) aaCTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTCAAACATAATTGT‑ACtt > 2:2836986/1‑140 (MQ=255) aaCTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTg < 1:4279632/141‑1 (MQ=255) aCTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAGTGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑TCtca > 2:2603182/1‑139 (MQ=255) aCTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGAAGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGa < 1:3933036/141‑1 (MQ=255) cATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATAtt < 1:2642345/141‑1 (MQ=255) cATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATAtt < 1:1793047/141‑1 (MQ=255) aGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTGTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCa < 2:3459364/141‑1 (MQ=255) aGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGCCCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCa > 1:333293/1‑141 (MQ=255) aGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCa < 2:163567/141‑1 (MQ=255) aGTAATCCCTCTTTAATCGTGTTCTATATTTAATTAGACTTTCAGTATACGGCTGCAACTGCTCATACTTTAAATTATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTCATTTTTAAACCTAATCCT‑ACTTACAATATTTCa > 2:4102416/1‑141 (MQ=255) gTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATTATGGATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCaa > 1:3697543/1‑141 (MQ=255) gTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTCAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCaa > 1:4330461/1‑141 (MQ=255) gTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGATCATTCTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCaa > 1:4095068/1‑141 (MQ=255) tAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATATGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAAt < 2:2202163/141‑1 (MQ=255) tCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACa > 2:1081909/1‑141 (MQ=255) tCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATGTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACa < 1:3860842/141‑1 (MQ=255) ccTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATg < 2:4386635/141‑1 (MQ=255) ccTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATg < 2:2255388/141‑1 (MQ=255) tAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCCGTATACGGATGCAAAAGCTCTTACAGGAAATGATTAATATTACCTCGTCGAATTATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTaa < 2:494500/141‑1 (MQ=255) tAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTaa > 1:2413183/1‑141 (MQ=255) aaTTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATGATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAg < 2:2038736/141‑1 (MQ=255) aaTTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTatg > 1:4168442/1‑139 (MQ=255) aaTTGTGTTCTATATTTAATTAGACATTCAGTATACTGATTCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTTACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAg < 2:1972657/141‑1 (MQ=255) agtgtgTTCTAACTCTAATTAGACGTGCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTAGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGt < 2:3184534/139‑1 (MQ=255) aTTGTGTTCTATATTTAATTAGTCATTCAGTATACCGAAGCAAATGTTCATACTTGAAATAATTAATATTTCCTCGTTCAATTATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGG‑ACTGACAATATTTCAATACATGATTTAAGt < 2:1759737/141‑1 (MQ=255) aTTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGt < 2:1508034/141‑1 (MQ=255) ttGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGtt < 2:1262526/141‑1 (MQ=255) tgtgTTATATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATTCTCATACTTGAAATTATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTa < 2:2415705/141‑1 (MQ=255) gtgtTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTACGTTAt > 1:634353/1‑141 (MQ=255) tgtTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTAtg < 2:21742/141‑1 (MQ=255) gtTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTAtgt < 1:2564298/141‑1 (MQ=255) gtTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTAtgt > 1:3629511/1‑141 (MQ=255) tCTAGATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTAtgtgt < 2:4165409/141‑1 (MQ=255) ttAATTAGACGTTCAGTATACGGCTGCCAATTCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTACGTTATATATCataata > 2:1823009/1‑141 (MQ=255) tAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGataatga > 1:1557844/1‑139 (MQ=255) tAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGAtaataa > 1:3593619/1‑141 (MQ=255) aTTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATaataaat < 2:588429/141‑1 (MQ=255) aTTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATaataaat < 1:40144/141‑1 (MQ=255) aTTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATaataaat < 1:3752621/141‑1 (MQ=255) aTTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATaataaat < 1:1585443/141‑1 (MQ=255) ttAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATaataaata > 1:326412/1‑141 (MQ=255) ttAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATaataaata < 1:981024/141‑1 (MQ=255) aGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAaataat > 1:2924095/1‑141 (MQ=255) aGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGAGTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTAAATAGATGACTTACGGTATGTATGATGATAaataat > 1:1716639/1‑141 (MQ=255) tCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGa < 2:333293/141‑1 (MQ=255) tCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGa < 1:1968603/141‑1 (MQ=255) cAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATACTTAT‑ACTGACAGTATTTCAATATTAGACCAAAGTAATGTTTTATATTAAATAATGTTTGAc > 2:4251608/1‑141 (MQ=255) cAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGAc > 1:2157757/1‑141 (MQ=255) aGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGAcc < 1:2484985/141‑1 (MQ=255) taCGGATGCGAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTAACTTGTTCAATGATTTGTCCTTCATTTATAACATTATAGG‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGt < 2:290570/141‑1 (MQ=255) cGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACAT‑CATGTGTCTTGCAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTTTGATAATAAATAATGTTTAACCATGttt > 2:1578663/1‑140 (MQ=255) aTGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGTTAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTaa < 2:326412/141‑1 (MQ=255) gCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATCCATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATa < 1:2304968/141‑1 (MQ=255) aTGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACATTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCACTACATGACTTAAGTTATGTGTGATATTAAATAATCTTTCCCAATGCTATAATACaaa > 2:1343286/1‑140 (MQ=255) tGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAata > 1:1184508/1‑141 (MQ=255) tGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAata > 1:1852435/1‑141 (MQ=255) aCTTGAACTGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACACTATTCCAATACATCACCTCAGATATATGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATTCAATATGCCGta > 2:3562389/1‑141 (MQ=255) aCTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGta > 2:2466864/1‑141 (MQ=255) cTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGtaa < 1:2842497/141‑1 (MQ=255) cTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGtaa < 1:2955968/141‑1 (MQ=255) cTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTGCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAAGGGTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGtaa < 1:3365397/141‑1 (MQ=255) ttGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACTTGACTTAAGTTATTTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTATTACAATATGCTGtaat > 2:192661/1‑141 (MQ=255) tGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGtaata < 1:2428126/141‑1 (MQ=255) aaaTGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATaaa > 1:3790145/1‑141 (MQ=255) tatTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACtt < 1:3393910/141‑1 (MQ=255) tatTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAAGGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACtt < 1:1823009/141‑1 (MQ=255) atTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTg < 1:140313/141‑1 (MQ=255) aCCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGAtt > 1:2411524/1‑141 (MQ=255) aCCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGAtt > 1:745213/1‑141 (MQ=255) ccTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGCttt > 1:1615941/1‑140 (MQ=255) ccTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTa < 1:2141693/141‑1 (MQ=255) cGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACCTGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCg > 1:4233100/1‑141 (MQ=255) gTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGt > 1:856013/1‑141 (MQ=255) ttaaaTGACTTCACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGtt < 2:2983271/138‑1 (MQ=255) ttCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGtt < 2:4046650/141‑1 (MQ=255) tgaaTGATTTTACCTACTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTTTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTc < 2:2930121/139‑1 (MQ=255) tCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTc < 1:698784/141‑1 (MQ=255) tCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTAT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTTATTACCGttt > 2:3895095/1‑140 (MQ=255) cAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCa > 2:2643323/1‑141 (MQ=255) aTGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAGTAAATCCATCACTTGATTAGCGTTCaaa > 1:443520/1‑141 (MQ=255) tGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTATCGTTCAAAg > 1:549220/1‑141 (MQ=255) tGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAg < 1:2695941/141‑1 (MQ=255) tGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAg > 1:3095805/1‑141 (MQ=255) gATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGc > 2:2078910/1‑141 (MQ=255) aTTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGATATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCTCTTTATTACCGTTCAAAGCa > 2:3591908/1‑141 (MQ=255) tttGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATACATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCAt > 2:3686716/1‑141 (MQ=255) tttGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCAt > 1:1486969/1‑141 (MQ=255) ttGACCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATc < 1:2836986/141‑1 (MQ=255) taCCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCa < 2:2556990/140‑1 (MQ=255) aCCTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCaa > 2:121047/1‑141 (MQ=255) ccTTCTTTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCCTTCAAAGCATCCaaa > 2:3937701/1‑140 (MQ=255) cttTTAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAatgatg < 1:2188544/141‑1 (MQ=255) ttAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCaa > 2:701268/1‑141 (MQ=255) ttAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATCTCCTAAAACAATATTCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCaa > 1:3224031/1‑141 (MQ=255) tAAAACATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAAc < 1:1112536/141‑1 (MQ=255) aaaaCATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACt < 1:1281804/141‑1 (MQ=255) aaaaCATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACt < 2:878322/141‑1 (MQ=255) aaCATAATTGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTgg > 1:2026869/1‑141 (MQ=255) aaTAATTGT‑ACTGATAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGtt < 2:4302023/140‑1 (MQ=255) | TTTTAACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATGT‑ACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGTTC > USA300TCH1516_ALE/1416321‑1416594 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |