Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,472,936 | A→T | 6.4% | A9696A (GCT→GCA) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,472,936 | 0 | A | T | 6.4% | 819.1 / 11.0 | 322 | A9696A (GCT→GCA) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (123/162); new base T (21/4); total (149/173) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.05e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 328 total aligned reads displayed.
TTTGCCTGCTCAATTTCTTCTTTAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGCCGTTATG > USA300TCH1516_ALE/1472796‑1473076 | ttGCCTGCTCAATTTCTTCTTTAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAg > 1:2750757/1‑141 (MQ=255) ttGCCTGCTCAATTTCTTCTTTAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTCTGATCGATTTCGTCAATTAAAg > 2:2108231/1‑141 (MQ=255) tGCCTGCTCAATTTCTTCTTTAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGTTTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGc > 1:1893123/1‑141 (MQ=255) gCCTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCt < 2:260098/141‑1 (MQ=255) gCCTGCTCAATTTCTTCTTTAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCt < 2:3834127/141‑1 (MQ=255) ccTGCTCAATTTCTTCTTTAGTCAGTGTTTTGTCAATCTCGTTGTGACCCCCCATAACAATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCtt < 1:4354560/141‑1 (MQ=17) cTGCTCAATTTCTTCTTTAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTACGCGCTTGGTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTg < 1:3954643/141‑1 (MQ=255) cTGCTCAATTTCTTCTTTAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTg < 1:3104151/141‑1 (MQ=255) ttcttTAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTCAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATc > 2:730367/1‑141 (MQ=255) ttAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAATGCTTGAACT‑TGTTTATCAACa > 2:529324/1‑141 (MQ=255) ttAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACa < 1:1254588/141‑1 (MQ=255) ttAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACa < 1:1334679/141‑1 (MQ=255) tgaggtaGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTAGATATTTGAGTGCTTGTTTTTGCTTATCGGTTGGATTTGTATTTTGATCGATTTTGGTAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATAAACa < 2:2807072/135‑1 (MQ=17) gTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTCGATCAATTTCGTCAATTAATGCTTGAACT‑TGTTTATCAACGTCt > 2:13566/1‑141 (MQ=255) cAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTg < 1:2838057/141‑1 (MQ=255) cAGCGCATTGTTAAGGTCGTTATGACCTTTTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTg < 1:1977668/141‑1 (MQ=255) gcgcATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGtt > 2:2319364/1‑141 (MQ=255) tgcATTGTTAATGTCGTTATGACTTTGTTCAAGTATTTTAGTAATTCGATTTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATTGATTTCGTACATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGttt < 2:2531902/140‑1 (MQ=17) cgcCTTGTTCATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGttt < 1:3402388/141‑1 (MQ=255) cgcATTGTTAATGTCGATATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGttt < 2:2864798/141‑1 (MQ=255) gcATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTc < 2:1694782/141‑1 (MQ=255) aTTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTTGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGc < 2:4195439/141‑1 (MQ=255) ttGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCa > 1:2687523/1‑141 (MQ=255) tGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCAt > 1:980650/1‑141 (MQ=255) ttttaTGTCGTTATGACTTTGTTGAGTTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCAtc < 2:3489152/137‑1 (MQ=255) ttAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCAtct < 1:2328326/141‑1 (MQ=255) tAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCAtctt > 1:4039474/1‑141 (MQ=255) aTGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGTTATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCAtcttc‑‑t < 2:1978123/141‑1 (MQ=255) aTGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATAAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCAtcttc‑‑t > 1:2649848/1‑141 (MQ=255) tGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTACTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATcttc‑‑tt < 1:2957525/141‑1 (MQ=255) gTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCATTATCTGTTATATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑ttt < 2:2426646/141‑1 (MQ=255) gTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGc > 1:3580503/1‑141 (MQ=255) gTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGc > 1:1147524/1‑141 (MQ=255) gTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGc > 1:2491563/1‑141 (MQ=255) gTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGc < 1:2609708/141‑1 (MQ=255) tATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCtt < 2:3703858/141‑1 (MQ=255) aTGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAATGCTTGAACT‑TGTTTATCAACGTCTTTTTTGTCATCTTC‑‑TTTTGCttt > 2:2721197/1‑141 (MQ=14) aTGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAATGCTTGAACT‑TGCTTATCAACATCTTTTTTCGCATCTTT‑‑TTTTGCttt > 2:1414736/1‑141 (MQ=14) aTGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTAGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATATTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTATCttt > 2:577586/1‑141 (MQ=255) ggggtttgttg‑AGTCTTTGATTAATTTGATCTTTAAGTGCGTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGGTCGTTTTCGTCAAGTAAAGCTTGAGCT‑TGTGTGTCAATATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCa < 2:1949721/136‑1 (MQ=18) tccTTGTTGATGTATTTGATTTATTCTATATTTAGGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCAc < 2:1487130/140‑1 (MQ=255) aCCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCAc < 1:3827550/141‑1 (MQ=255) ccTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTTTTTTTTTTTTAAATTTGGATTTGGATCAATTTTGTTAATTAATGCTTTGACT‑TGTTTATCAACGTCTTTTTTCGCATCTTT‑‑TTTTTCttttttt > 2:3510196/1‑137 (MQ=2) ccTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACt < 1:3085025/141‑1 (MQ=255) ttgTAGTGTTTGGTTAATTTGTTATTTTAGTGTTTGTTTTTGCTTATCTGTTAGATTTTGATTTTAATCGATTTTGTGATTCTAAGCATTAACT‑TGTTTATCAACTTCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATc < 2:3583119/141‑1 (MQ=255) ttgAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATc < 1:1115047/141‑1 (MQ=255) ttgAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATc > 2:1894833/1‑141 (MQ=255) ttgAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTGTAGTTATCTGTTACATTTGAGTTTTGATCGTTTTGGTTAATTCACGCTGGACCT‑TGTTTATTTACATATTGTATCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAAtt > 2:3653572/1‑140 (MQ=255) gAAGTCTTTGATCAGTGCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCtt < 1:2253900/141‑1 (MQ=255) gAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCtt > 1:1664570/1‑141 (MQ=255) ttgTATTTGAGTAATGCGATATTTATGTGCTTCTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAGCT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCttt < 2:1533091/139‑1 (MQ=21) aaGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCttt < 1:2132506/141‑1 (MQ=255) aaGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCttt < 1:162320/141‑1 (MQ=255) ggtctttGTTTTATTGGTTATGTCAGTTCTTTTTTTTCCACATTTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTGGTCAACTATAGCTTTATCT‑TGGTTATCAACATCATGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTg < 2:1608699/137‑1 (MQ=19) ttGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTc < 2:3874201/141‑1 (MQ=255) aaTTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATTTGTTAGATTTGTATTTTGATCGATTTCTTAGATTAAAGTTTGTACT‑TGTTTTTCCAGATTCTTTTTAACATCTTC‑‑TTTAGCTTTCTCTTAATCTTTTATTTTTTTTaa > 2:3262798/1‑141 (MQ=16) aaTTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTaa < 1:3512283/141‑1 (MQ=255) ttCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTATTg > 1:1856251/1‑141 (MQ=255) gATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAATGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATTTTTTTTGGCATCTTT‑‑TTTAGCTTTTATTAATTCTTTGATGtgttgtttttatt > 2:841007/1‑134 (MQ=17) gATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTTTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCAATATTTCTTTGATATGTTTTAATTCtt > 2:1085196/1‑141 (MQ=18) gATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCtt > 1:3776791/1‑141 (MQ=255) gATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAAGCTTTGATGCCTAGTACTGCtt > 1:1189445/1‑141 (MQ=255) tttAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTGAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTgcgc < 1:3856817/141‑1 (MQ=255) gTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGTATCTTT‑‑TTAAACAATCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGtt > 2:932830/1‑141 (MQ=25) gTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGtt > 1:1509339/1‑141 (MQ=255) ttGTTTTTGCTTATGTGTTATATGTGGATTTTGATTGATTTCGTCACTTTTCGCTTTAACT‑TGTGTATCTACTGCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGc < 2:356456/141‑1 (MQ=17) ttGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCtt > 1:4274346/1‑56 (MQ=255) ttGTTTTTCCCTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATTGATTTCGTCAATTTATGCTTGAACT‑TGTTTATTAATATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGc < 2:1738368/141‑1 (MQ=37) tttttCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCttt > 1:1703903/1‑141 (MQ=255) tttCCTTATCTTTTACATTTGGATCTTGATCTCTTTCGTCAACTAAAGCTTTAACT‑TATTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTgg < 1:1548964/141‑1 (MQ=25) ttCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTATAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGc < 1:816983/141‑1 (MQ=255) ccTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCCCGTTGTGCTTTGGCtt > 1:2554588/1‑141 (MQ=255) tATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTTAACT‑TGTTTATTAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGtt < 2:395015/141‑1 (MQ=255) aTCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTc < 1:4266069/141‑1 (MQ=255) aTCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTc < 1:730367/141‑1 (MQ=255) ttGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTGGTCAATTATAGCTTTAACT‑TGTTTATCAATTGCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCaa < 2:1233049/140‑1 (MQ=25) aGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATttct > 1:4416957/1‑141 (MQ=255) aGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATttct > 2:680976/1‑141 (MQ=255) aGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATttct > 2:381247/1‑141 (MQ=255) aGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAAATCAGAATA‑AAAGATTTTG‑TTCG‑ATCATCCGTGTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATttct > 1:3248293/1‑141 (MQ=16) tttGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTtcttct > 2:434898/1‑141 (MQ=255) tGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTT‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTTTAATGCTTGCGCAAGTTATACTTTGTCTTGTGCTATttctttgtt > 2:3049196/1‑137 (MQ=37) aTTTTGTTCGATCTGGTCAATTATAGCTTGAGCT‑TGTTTATTAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGt < 2:2544557/141‑1 (MQ=21) aTTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGt < 2:2687523/141‑1 (MQ=255) tttGATCGATTTCGTAAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCa > 1:4202689/1‑141 (MQ=255) ttGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTT‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATTTGTTGTAATTCTTGCGAAAGTTTTGCTTTTTCTTTTTCGATTTCTTCTTTAGTCAt > 2:2842050/1‑141 (MQ=25) ttGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCAt > 2:2134488/1‑141 (MQ=255) gATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCACGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCg > 2:2028707/1‑141 (MQ=255) aTCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGc < 1:4182915/141‑1 (MQ=255) cGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCAt > 1:1831420/1‑141 (MQ=255) aTTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTTTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCAttt > 2:1197016/1‑140 (MQ=255) aTTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTg > 2:4079458/1‑141 (MQ=255) aTTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTATTCTTTAGTCATGGCGTTg > 2:3407239/1‑141 (MQ=255) tttCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGt < 1:891211/141‑1 (MQ=255) tCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTa < 1:3441764/141‑1 (MQ=255) cGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTac > 1:1463873/1‑140 (MQ=255) gTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAAt > 1:3996969/1‑141 (MQ=255) aaTTAAGGCTTGCGCG‑TGTTTATCTACATCTTGTTTTCTTTCTTT‑‑TTTAGCTTTTATTGCGTTTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTTGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGcc < 2:1030478/141‑1 (MQ=9) aTTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGCCg < 1:534743/141‑1 (MQ=255) aGCTTGAACT‑TGATTATCAACATCATGTTCCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGCCTTGTAGTGTTTGAGCAAGTTGTGCTTTGACTTGTTCAATTTCTTCTTTATTCATTGCATTGTTAATGCCGTTCTg > 2:2462082/1‑141 (MQ=18) | TTTGCCTGCTCAATTTCTTCTTTAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGCCGTTATG > USA300TCH1516_ALE/1472796‑1473076 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |