| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,018,819 | G→T | 5.6% | P34T (CCG→ACG) | mgt ← | Monofunctional glycosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,018,819 | 0 | G | T | 5.6% | 898.2 / 2.9 | 342 | P34T (CCG→ACG) | mgt | Monofunctional glycosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (104/203); new base T (27/5); total (133/209) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.30e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 | |||||||||||
Only 100 of 353 total aligned reads displayed.
CTTTTATTTTCAATTTTTCTTAGTTCATCCACATTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCTTTTAAAACTCACTTAGTATATACCTT > USA300TCH1516_ALE/2018680‑2018959 | ttttTAATTTTTCTTACTTCATCCATATTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTg < 1:4029086/141‑1 (MQ=255) ttttCAATTTTTCTTAGTTCATCCACATTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTg < 1:3069456/141‑1 (MQ=255) tttCAATTTTTCTTAGTTCATCCACATTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGc < 2:145930/141‑1 (MQ=255) ttCAAATTTTCTAAGTTTATCCACATTATCGCGTATAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATACTTTTAATAGTATTCGTGTATATTTTTTCTTCTGCGGCGGTTTGcc < 2:4403888/141‑1 (MQ=255) cAATTTTTCTTAGTTCATCCACATTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCaa < 1:3712507/141‑1 (MQ=255) aaTTTTTCTTAGTTCATCCACATTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAAc < 1:3620447/141‑1 (MQ=255) ttttCTTAGTTCATCCACAGTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTgg < 1:1872384/141‑1 (MQ=255) ttttCTTAGTTCATCCAAATTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTgg < 2:810085/141‑1 (MQ=255) ttCTTAGTTCATCCACATTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGtt < 1:1554265/141‑1 (MQ=255) ttCTTAGTTCATCCACATTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGtt < 1:2596919/141‑1 (MQ=255) tCTTAGTTCATCCACATTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTg > 1:3726287/1‑141 (MQ=255) tttAGTTCATCCACATTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGa < 2:1739915/140‑1 (MQ=255) tttAGTTCATCCACATTATCGCGTGTAAATAAAAAATACTTGATACCAATATACAATGCGATAATGATTAAAATTGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCTTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGa < 2:3647302/140‑1 (MQ=255) cTTAGTTGTACCACATTAACGCGTATAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATATGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGa < 2:1133490/141‑1 (MQ=255) cTTAGTTCATCCACATTAGCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGa < 2:4189946/141‑1 (MQ=255) cTTAGTTCATCAACACTATCGAGTGTAGATTGTTAAAACATGATACCAATAAATAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGa < 2:4251357/141‑1 (MQ=255) ttAGTTCATCCACATTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGat < 2:3552164/141‑1 (MQ=255) ttAGTTCATCCACATTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGat < 2:602385/141‑1 (MQ=255) ttAGTTCATCCACATTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGat < 2:921198/141‑1 (MQ=255) tAGTTCATCCACATTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGata < 1:3794799/141‑1 (MQ=255) aGTTCATCCACATTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGataa > 1:3338768/1‑141 (MQ=255) ttCATCCACATTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGataata < 1:1904126/141‑1 (MQ=255) aTCCACATTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGt < 1:848887/141‑1 (MQ=255) ccACATTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTCGTTGATAATACGtat > 1:125490/1‑141 (MQ=255) caTTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGtattat > 1:4320657/1‑141 (MQ=255) caTTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGtattat > 1:2444164/1‑141 (MQ=255) caTTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCACTGTCGTTGGTTTTCCATCTGGTTGATATTCCCtatttt > 2:4051736/1‑139 (MQ=255) gatggtgtgtAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTAGTAGTCGGGTGTTTGGCGGTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGt < 1:1695142/135‑1 (MQ=255) tCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTTTTTTTTTTCGGTTTTCCAACTGGTTGATAATATGTATTTTAGTgt > 2:2097844/1‑140 (MQ=255) tCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTgg > 1:3532970/1‑140 (MQ=255) cgTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGt > 1:1929441/1‑141 (MQ=255) gtgtAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGtt < 1:2116409/141‑1 (MQ=255) gtAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGAGTTAATGGTTAGAATGGTTATTGTTATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCg < 2:1786665/141‑1 (MQ=255) aaaTAAAAAATACTTGATAGCAATATTTAATTTGTTTTTGGTTAGCTTGGTTAATTATTTTTTTCTTCGTGTTCGTTTTCTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCATGCTGTTTTACCGTTCCAATTATAGTGAGGTTCgtg < 2:2212250/139‑1 (MQ=255) aGATAAAAAATAAATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTGTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCgtg < 2:3587018/141‑1 (MQ=255) gATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTGCCAACTGGTTTATAATACGTACTATAGTGATGTTCgtgt > 2:3006622/1‑141 (MQ=255) gATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATATGTATTATAGTGATGTTCgtgt > 2:2599683/1‑141 (MQ=255) gATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTGTGCCAACTGGTTGATACTACGTATTATAGTGAGGTTCgtgt > 1:2907740/1‑141 (MQ=255) aaaaaaaaaTACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCgtgt < 1:9536/138‑1 (MQ=255) aTAAAAAATACATGATACCAATAAACAACGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAAGAGTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGAGGTCTGCCAACTTGTTGTTGCTACGTATTATGGGGAGTGTCGTGtt > 2:302641/1‑141 (MQ=255) aaaaaaTACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTc > 2:744533/1‑141 (MQ=255) aaaaaaTACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTc > 2:1544640/1‑141 (MQ=255) aaaTACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCata < 1:2009253/141‑1 (MQ=255) aCATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTTTTTTTCTTCGATTTGACAACTAGTTGATAATACGTATTATGGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCt > 2:1263933/1‑141 (MQ=255) aCATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTGTTCTTTTTTGTCTTTTTTCTAATTGTTTTATATTACGTATTATAGTTAGTTTCTTGTTTCTTATTCt > 2:3891131/1‑141 (MQ=255) aTACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTAATCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATATTACGTTTTTTAGTGAGTTTTGTGTTTCATATGCTTaaaa > 2:4344253/1‑141 (MQ=255) aaTAAACAATTCGATAATGATTAGAATAGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCCGTTTGCCAACTGGTTGATATTACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑c < 1:895204/141‑1 (MQ=255) aTAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTTGGCGGTTTGTTAACTGGTTGATAATATTTATTATAGTTAGTTTTGTGTTTTATATTATCAAAATGtttt > 2:380204/1‑139 (MQ=255) aTAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGTTTTGCCAACTGGTTGATAATATGTATTATAGTGAGTTTCGTTTTTCATATGCTCAAAATGttaa > 2:632412/1‑139 (MQ=255) aTAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑Ca < 1:483716/141‑1 (MQ=255) aTAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑Ca < 1:2667042/141‑1 (MQ=255) aaaCATTGCTATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTATTAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CAtt < 2:1228221/141‑1 (MQ=255) aCAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CAtttg > 1:111906/1‑141 (MQ=255) cAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTCCAACTGGTTGATAATACGTATTTTATTTATGTTCGTGTTTCTTATGTTCATAAtttttcttttt > 2:3486827/1‑134 (MQ=255) cAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTTGTTTTTTTTCCAACTGGTTGGTATTATGTATTTTATTGCGTTTCGTGTTTCATATCCTCATATTTTT‑CAtttgt > 2:3270129/1‑140 (MQ=255) aaTGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAGAATGTT‑CAtttggg > 1:2478268/1‑139 (MQ=255) aTGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTTTTTTTTTTCTGTTTGTCAACTGGTTGATAATACGTATTATATTTATGTTCGTGTTTCTTATGCTCATCATTTT‑CCttttagt > 2:3962245/1‑141 (MQ=255) aTGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCCAAATGTT‑CAtttgagt > 1:330904/1‑141 (MQ=255) aTGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CAtttgagt > 1:2231366/1‑141 (MQ=255) tGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CAtttgagtt < 2:3652278/141‑1 (MQ=255) aTAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGTCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCATAATGTT‑CAtttaagtttgag > 2:2321882/1‑141 (MQ=255) tAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATttgagtttgagt > 1:2219638/1‑141 (MQ=255) tAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAAGGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATc > 1:4114528/1‑141 (MQ=255) ttttttatattaTTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGTCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTTGTTTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGATTTTGAGTTCCTATCGcttc < 2:2786710/135‑1 (MQ=255) ttAATAATAGTTTTTAGAGATTTTGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGTGGTTTTCAAACTGTTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCttt < 2:268648/141‑1 (MQ=255) ttaataTTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGGAGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCa < 2:1596233/140‑1 (MQ=255) tttttAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGtt < 1:3593649/141‑1 (MQ=255) tttttAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGtt < 2:507096/141‑1 (MQ=255) ttttAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGttt < 1:2873225/141‑1 (MQ=255) tttAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGTCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTAACTATCGCTTCTTTTCATGCGtttt > 2:3199192/1‑140 (MQ=255) tttAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTTGTTGATATTACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTg > 2:2013856/1‑141 (MQ=255) aGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACTCATCGCTTTTTTTCATGCGTTTGCTCctt < 1:2322530/141‑1 (MQ=255) aGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCctt < 1:2074206/141‑1 (MQ=255) ttCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCttt < 1:3183583/141‑1 (MQ=255) ttCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCttt > 1:658142/1‑141 (MQ=255) tCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCTGCGGTTTTCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTTGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCtttt < 1:1466327/141‑1 (MQ=255) tCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCcttcttct < 2:4333891/141‑3 (MQ=255) tCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCtttt < 2:1688378/141‑1 (MQ=255) tCGTTTACTTTTTGTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCtttt < 1:788153/141‑1 (MQ=255) cGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGATTGATAATACGTATTATGGTGGGGAGCGTATGTGAGATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGTGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCttttt > 2:1349783/1‑140 (MQ=255) gTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCTTTTaa < 1:1013036/141‑1 (MQ=255) tttACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATATGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATTGCTTCTTTTTATTCGTTTGCTCCTTCTTTTaaa > 2:1654406/1‑141 (MQ=255) tttACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGATTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTTCTTCTTTTaca > 2:1430326/1‑139 (MQ=255) tttACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCTTTTaaa < 2:2430160/141‑1 (MQ=255) tttACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCTTTTaaa < 1:3137937/141‑1 (MQ=255) ataattttttcCTTTTCCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCCCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCTTTTGCTCCTTCTTTTaaaa < 1:323205/137‑1 (MQ=255) tACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTAAAGTGAGGTACATAAATAGTATGCTTGAAATGTT‑CATTTGAGTTTGATTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCTTTTAAAAc < 1:614853/141‑1 (MQ=255) aCTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCTTTTAAAACt < 1:742758/141‑1 (MQ=255) aCTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCTTTTAAAACt < 1:519416/141‑1 (MQ=255) aCTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCTTTTAAAACt < 1:1183892/141‑1 (MQ=255) ttttttttCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCTTTTAAAACTc < 1:3894337/140‑1 (MQ=255) cTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGCGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCTTTTAAAACTc > 1:3963749/1‑141 (MQ=255) tttttttCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCTTTTAAAACTCa < 1:405095/141‑1 (MQ=255) tttgctttttcGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCTTTTAAAACTCACtt < 2:2869792/141‑1 (MQ=255) tttctttttcGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCTTTTAAAACTCACTTa < 2:3431659/141‑1 (MQ=255) ttttacTGCGGTTTTCTAAATGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAATATGTTACATTCTGGGTT‑AGTACCTATCGCTTCTTGTCATGCGTTTGCTCCTTCTTTTAAAACTCACTTAGtat < 2:3843042/141‑1 (MQ=255) ttttcGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCTTTTAAAACTCCCTTATtata > 1:1948114/1‑141 (MQ=255) tcGGCCGTTTGCCAACTGTTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCTTTTAAAACTCACTTAGTATATAc < 1:3836234/141‑1 (MQ=255) cggcggTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCTTTTAAAACTCACTTAGTATATAcc < 1:1333244/141‑1 (MQ=255) ggcggTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CTTTTGAGTTTGATTACGTATCGCTGCCGCTCGTTCGTTTGCTCCTTCTTTTAAAACTCACTTAGTATATACCt < 1:2097844/141‑1 (MQ=255) | CTTTTATTTTCAATTTTTCTTAGTTCATCCACATTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTT‑CATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCTTTTAAAACTCACTTAGTATATACCTT > USA300TCH1516_ALE/2018680‑2018959 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |