| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,211,305 | A→G | 5.5% | intergenic (+298/+515) | USA300HOU_RS11275 → / ← yidC | hypothetical protein/Membrane protein insertase YidC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,211,305 | 0 | A | G | 5.5% | 840.2 / 2.7 | 383 | intergenic (+298/+515) | USA300HOU_RS11275/yidC | hypothetical protein/Membrane protein insertase YidC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (212/133); new base G (13/17); total (229/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.87e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 445 total aligned reads displayed.
GATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTTG > USA300TCH1516_ALE/2211165‑2211445 | gatgTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttga > 1:2444417/1‑141 (MQ=255) tgtgGCATTGCGGTGTTATGGTGTTGTAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatg > 1:2034778/1‑141 (MQ=255) tgtgGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCCACGATGCGGCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttggtg > 2:2604075/1‑141 (MQ=11) gCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGAACGGTttggtgttga > 2:1623929/1‑141 (MQ=255) aTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTCTGGTGTTATAGCCCGGTttggtgttgatt > 2:1517950/1‑140 (MQ=11) ttGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGc > 1:674648/1‑141 (MQ=255) gCGGTGTTTTTGTGTGTTTGTCGGGTTTGGGGTTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCa < 2:1239151/141‑1 (MQ=17) ggtgttatggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATg > 1:1469943/1‑141 (MQ=255) tgttattgtgttatAGACAGGGTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGtt < 1:3109802/141‑1 (MQ=255) ttatggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTAACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTAc > 1:2682462/1‑141 (MQ=255) tatggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACt > 1:1294556/1‑141 (MQ=255) ggtgttatAGACAGGTTTGGGGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTg < 1:3542979/141‑1 (MQ=255) ggtgtgatCGAGAGGTTTGGCGTTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGGCTGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTg < 1:1618079/141‑1 (MQ=17) gtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGa > 2:3182248/1‑141 (MQ=255) tgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTgct > 1:385752/1‑139 (MQ=255) tataGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGAtgtg > 1:2640561/1‑141 (MQ=255) tataGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGAtgtg > 1:2797019/1‑141 (MQ=255) ataGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGc > 1:1443882/1‑141 (MQ=255) aGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTg > 1:4021096/1‑141 (MQ=255) cAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTg > 1:2527911/1‑141 (MQ=255) ggTGTGGGGTTGTTGCCATGTTACTTTGATGTGTTGGTACTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTGTGATGTGGCATTGCGGTGTTATAGTGTTATAGACCGGTTTATTGTTGATGCCATGTTACTTTCATGTGCTGGTGCt < 1:1813151/141‑1 (MQ=17) tttGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTTCTGATGCAAc > 2:1175238/1‑141 (MQ=255) tttGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTAc > 1:4389594/1‑141 (MQ=255) tttGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTACGGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCttt > 2:2150158/1‑139 (MQ=255) tGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCGATGTTCTTTCGATGTGCTGGTGCGACgg > 2:1958640/1‑140 (MQ=17) tGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGa > 1:2860379/1‑141 (MQ=255) ggCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGCCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATGGACCGGTTTGATGTAGCTGCCAGTTGACTTTGATTTGCTGGTGCTACgtt > 2:25002/1‑139 (MQ=17) ggCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGAt > 1:3989197/1‑141 (MQ=255) ggCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCAATCTTACTTTGATGTTCTGGTGCtttgat > 2:3679161/1‑136 (MQ=255) gCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGTCCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTAATTTGATGTGCTGGTGCTACGATg > 1:836687/1‑141 (MQ=255) gCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATg > 2:4036123/1‑141 (MQ=255) ggggggtGCCATGGTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGc < 2:1568321/135‑1 (MQ=255) gTTGATGCCATGCTACTTTCATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCg < 1:2379427/141‑1 (MQ=255) tttgttGTTACTTTGATGGGGTGGTGCCACGTTGTGTTTTGGTGTAGTGCTATGATGTGGCATTGGGGTGTTATGGTGTTATTGACCGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTg < 2:503332/136‑1 (MQ=14) tgacgtGTTACTTTGATGTGCTGGTAGCACGATGTGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTg < 2:2081373/136‑1 (MQ=255) ccATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGAt > 1:1849774/1‑141 (MQ=255) cATGTTAGTTTGATGGGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATg < 1:3898114/141‑1 (MQ=255) aTGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGGTgg > 1:4138868/1‑140 (MQ=255) ttACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACTATGCGACTTGATGTAGt > 1:314944/1‑141 (MQ=255) ttACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTGGt > 1:337795/1‑141 (MQ=255) tgcTTTGATGTGCTGGTAGCACGATGCGTTTGGATGTAGTGCTGTTTTTTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGCTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTg < 2:1331233/139‑1 (MQ=11) aCTTTGATTTCCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGc < 1:2560536/141‑1 (MQ=255) aCTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGc > 1:560835/1‑141 (MQ=255) cTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTCGATTCATTGGTGCTGCGTTGCGACTTGATGTAGTGCt > 2:2888191/1‑141 (MQ=14) gATGTTCTAGTGCTACGACGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTatga < 1:121667/141‑1 (MQ=14) gATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGCCCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACGTGATGTAGTGCtgtgt > 2:106776/1‑140 (MQ=255) aTGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGGCACATCGTGTCGTGCTatgat > 2:13966/1‑141 (MQ=14) tgCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGTCCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGAtg‑tg > 2:788941/1‑141 (MQ=255) cTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGc > 1:100025/1‑141 (MQ=255) cTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGc > 1:3353616/1‑141 (MQ=255) cTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGGTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑Tggg > 1:3704639/1‑140 (MQ=255) gTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACGTGCCGTAGTGCTATGATG‑TGGCGtt > 2:144694/1‑141 (MQ=255) aCCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTgc < 1:3761421/141‑1 (MQ=255) caggATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTgcgc < 1:452706/138‑1 (MQ=255) cACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTgcgc < 1:3805480/141‑1 (MQ=255) cACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTgcgc < 1:2209034/141‑1 (MQ=255) gaggCGATTTGATGTAGTGCTATCATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTCTAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGt < 1:534756/138‑1 (MQ=255) gggtgttttGATGTAGGGGTATGATGTGGTATTGTTGTGTTATGGTGTTGTTGTCGGGTTTGGCGTTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGtt < 2:612346/134‑1 (MQ=11) tgggACTTGGTGTTGTGGTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATTGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTCATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTa < 2:3919488/138‑1 (MQ=17) tGCGACTTGATGTAGTGCTATGATATGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTa > 2:1874978/1‑141 (MQ=255) gACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGGTGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATgg > 1:212196/1‑141 (MQ=255) aCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGgt > 1:4164490/1‑141 (MQ=255) cTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCGTGGTTGCGACTTGGGGACGTGTTATAATG‑TGGCGTGGCGCTGTTAttgcg > 2:3965981/1‑137 (MQ=11) cTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGGTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGGCTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGGTGCGCTGTTATGgtg > 1:274008/1‑141 (MQ=255) tAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTTATGTAGTGCTTTGATG‑TGGCGTTGCGATGTTATTGTGTTATGGc > 2:3419599/1‑141 (MQ=14) tAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAAAACGGTTTGATATTGATGTCATGTTACTATGATATGCTGATACTACAATAAGACGTTATAAAGTACTATGATG‑TAGCGTTGAGCTATTATAGtattattga > 2:3271998/1‑138 (MQ=9) tAGTGCGATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTCTAGc > 1:104790/1‑141 (MQ=255) tAGGGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTTCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGc > 2:2226545/1‑141 (MQ=255) acttgtgtgatgTGGTATTGAGGTCGTATTGTGTTATGGTCCGGTTTGGTGGTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGcc < 2:3328476/134‑1 (MQ=14) aGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGcc < 1:1541083/141‑1 (MQ=255) gTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGcta > 1:2976805/1‑139 (MQ=255) tagggtttgGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATTGTGCGGTTTGATGTTTGTGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGtt < 2:1761169/134‑1 (MQ=17) tATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGtt > 1:738033/1‑141 (MQ=255) tATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTAATTTGAGGCGCTGGAGATAATCATTTACGTGATATTGTGCTATGATG‑TGTCGTTGCGCTGTTATGGTGTTCTAGCAAGttt > 2:4289971/1‑141 (MQ=12) attgtgtgGCCGTGCGGTGTTGTGGTGTTGTAGTGGGGTTTGAGGTTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGCCAGGttt < 2:3509087/137‑1 (MQ=14) tgatgTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTg > 2:2423565/1‑141 (MQ=255) gatgTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTgg < 1:1358485/141‑1 (MQ=255) gatgTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTgg > 1:872137/1‑141 (MQ=255) gCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCTATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGATTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGa < 2:661166/141‑1 (MQ=255) ttggtgtgttatggtgttgtAGGCGGGGTTGGTGTTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGt < 2:4113532/136‑1 (MQ=17) tGCGGTGTTATGGTGTTGTAGACGGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTc < 2:3733872/141‑1 (MQ=255) tGCGGTGTTATGGTGTTATAAACGGTGTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGTTGTTATAGCCAGGTTtggtgttggtgtt > 2:3859712/1‑140 (MQ=17) cagtgttatggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCCGCTTTGGGGTTGATGTCAt > 2:4347751/3‑141 (MQ=255) gtgttgtggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGc < 1:1712934/141‑1 (MQ=255) gttatggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCg < 1:3295936/141‑1 (MQ=255) gttagggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCg < 1:3039276/141‑1 (MQ=255) tatggtgttatAGACGGTTTTGATGTTGAGGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGTGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGtt < 2:2797019/141‑1 (MQ=255) atggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTa < 1:3182248/141‑1 (MQ=255) ggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGAGTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCTGTGTTTTGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGTGGTTCTGCGGTTACg > 2:2353535/1‑141 (MQ=17) gtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGa > 1:4265773/1‑141 (MQ=255) tgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTG‑TTTGACGTTGACGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGAt > 1:3229103/1‑141 (MQ=21) ccGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTGTATGata > 1:1770739/1‑141 (MQ=255) ccGGTTTGATGTTGAGGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGata < 1:2284167/141‑1 (MQ=255) gTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATAtgt < 1:3597861/141‑1 (MQ=255) ttgatgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATCGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGCTCAGATTCTATGATCggttg > 2:2751455/1‑141 (MQ=18) gatgttgattCCATGTTACTTTTATGTGCTGGTGCTAAGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATgttgtt < 1:967435/141‑1 (MQ=255) gatgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGACTCGCTGATCTgttgtt > 2:907595/1‑141 (MQ=255) gatgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGAGGGTACTACGATGCTACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATgttgtt > 1:1916510/1‑141 (MQ=255) atgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTCCGATAGGACGTGTTGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATATCATGCCGTTACGATTCTATGATAtgttgtag > 2:4305702/1‑139 (MQ=21) atgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGttgttg > 2:3091920/1‑141 (MQ=255) | GATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTTG > USA300TCH1516_ALE/2211165‑2211445 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |