| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,281,993 | A→T | 7.4% | N180K (AAT→AAA) | ebh_3 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,281,993 | 0 | A | T | 7.4% | 1026.7 / 13.2 | 400 | N180K (AAT→AAA) | ebh_3 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (183/172); new base T (2/37); total (188/212) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.00e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 435 total aligned reads displayed.
AAATCTTTTGCTGCATTTTTCTCTTCAGTTGTAGCACCAGTTGTATTATCAATTGCTTGATTTTGAGTTGTCACAGCTTGATCAACATCATTTTTAGCATTTGATTTAACCGCTGTTGCTGGTTGCGTGCTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCC‑TGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTA‑ATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATT > USA300TCH1516_ALE/2281853‑2282133 | aaaTCTTTTGCTGCATTTTTCTCTTCAGTTGTAGCACCAGTTGTATTATCAATTGCTTGATTTTGAGTTGTCACAGCTTGATCAACATCATTTTTAGCATTTGATTTAACCGCTGTTGCTGGTTGCGTGCTttgaattgaa < 2:3713114/141‑1 (MQ=255) aTCTTTTGCTGCATTTTTCTCTTCAGTTGTAGCACCAGTTGTATTATCAATTGCTTGATTTTGAGTTGTCACAGCTTGATCAACATCATTTTTAGCATTTGATTTAACCGCTGTTGCTGGTTGCGTGCTTTgaattgaatt < 1:864415/141‑1 (MQ=255) tCTTTTGCTGCATTTTTCTCTTCAGTTGTAGCACCAGTTGTATTATCAATTGCTTGATTTTGAGTTGTCACAGCTTGATCAACATCATTTTTAGCATTTGATTTAACCGCTGTTGCTGGTTGCGTGCTTTGAATTGAATTc > 1:162627/1‑141 (MQ=255) ttttGCTGTATTTTTCTCTTCAGTTGTAGCACCAGTTGTATTATCAATTGCTTGATTTTGAGTTGTCACAGCTTGATCAACATCATTTTTAGCATTTGATTTAACCGCTGTTGCTGGTTGCGTGCTTTGAATTGAATTCtt < 2:1872452/141‑1 (MQ=255) 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tctTCAGTTGTAGCACCAGTTGTATTATCAATTGCTTGATTTTGAGTTGTCACAGCTTGATCAACATCATTTTTAGCATTTGATTTAACCGCTGTTGCTGGTTGCGTGCTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGcc > 1:1718557/1‑141 (MQ=255) ttCAGTTGTAGCACCAGTTGTATTATCAATTGCTTGATTTTGAGTTGTCACAGCTTGATCAACATCATTTTTAGCATTTGATTTAACCGCTGTTGCTGGTTGCGTGCTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCC‑Tg < 1:2157577/141‑1 (MQ=255) tCAGTTGTAGCACCAGTTGTATTATCAATTGCTAGATCTTGAGTAGTCACAGCTTGATCAACATCATTTTTAGCATTTGATTTAACCGCTGTTGCTGGTTGCGTGCTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCC‑Tgc > 1:2821753/1‑140 (MQ=255) cAGTTGTAGCACCAGTTGTATTATCAATTGCTTGATTTTGAGTTGTCACAGCTTGATCAACATCATTTTTAGCATTTGATTTAACCGCTGTTGCTGGTTGCGTGCTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCC‑TGAt < 2:2575346/141‑1 (MQ=255) gTAGCACCAGTTGTATTATCAATTGCTTGATTTTGAGTTGTCACAGCTTGATCAACATCATTTTTAGCATTTGATTTAACCGCTGTTGCTGGTTGCGTGCTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCC‑TGATCTaca < 1:3984762/141‑1 (MQ=255) tAGCACCAGTTGTATTATCAATTGCTTGATTTTGAGTTGTCACAGCTTGATCAACATCATTTTTAGCATTTGATTTAACCGCTGTTGCTGGTTGCGTGCTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCC‑TGATCTacac < 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1:1034449/1‑141 (MQ=255) gCGTGCTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCC‑TGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTA‑ATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAg < 1:2031290/141‑1 (MQ=255) gTGCTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCC‑TGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTA‑ATATTATTTTTCGCTTCTGTAACTGCTGTTGCCAATTTTTGAATATCTGCTTCTTTTTCTTCTTTTGTAGCg > 2:367881/1‑141 (MQ=255) tGCTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCC‑TGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTA‑ATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGt < 1:1409302/141‑1 (MQ=255) tGCTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCC‑AGAGCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTA‑ATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGt < 1:816364/141‑1 (MQ=255) ttgaattgaaTTCTTTCCAGCGTCTTTCGCC‑TGATCTACGCCATTATTATCTGTTGACGC‑GTACATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTg < 1:4370991/141‑1 (MQ=255) 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1:3809689/140‑1 (MQ=255) aattCTTTCCAGCGTCTTTCGCC‑TGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTA‑ATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGCAGCTTTCTGATCattat > 2:2419452/1‑141 (MQ=255) attCTTTCCAGCGTCTTTCGCC‑TGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTA‑ATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCattatt > 2:1346192/1‑141 (MQ=255) | AAATCTTTTGCTGCATTTTTCTCTTCAGTTGTAGCACCAGTTGTATTATCAATTGCTTGATTTTGAGTTGTCACAGCTTGATCAACATCATTTTTAGCATTTGATTTAACCGCTGTTGCTGGTTGCGTGCTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCC‑TGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTA‑ATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATT > USA300TCH1516_ALE/2281853‑2282133 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |