| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,373,714 | C→T | 5.7% | G21D (GGT→GAT) | pbuG ← | Guanine/hypoxanthine permease PbuG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,373,714 | 0 | C | T | 5.7% | 1117.9 / 34.6 | 385 | G21D (GGT→GAT) | pbuG | Guanine/hypoxanthine permease PbuG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (191/166); new base T (11/12); total (203/182) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 397 total aligned reads displayed.
CAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACTTT > USA300TCH1516_ALE/2373574‑2373854 | cAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATAc > 2:2280173/1‑141 (MQ=255)cAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATAc > 1:581865/1‑141 (MQ=255) aaaTGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACATCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATAcc < 1:2807131/141‑1 (MQ=255) aaaTGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATAcc < 1:2880812/141‑1 (MQ=255) aaaTGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATAcc < 1:3848376/141‑1 (MQ=255) aaTGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGAGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATCAGAAAGTTGTGATACCg > 2:1072431/1‑141 (MQ=255) gtgctgcTAATGCAGTCGCTACAAAAGTGGGACCTTTGTCAATTTTCATATCTTCTGATAGTACTTTAACAACTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGc < 2:339030/140‑1 (MQ=255) ctgctAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTa > 1:1256178/1‑141 (MQ=255) cgctAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTaa < 1:2270501/140‑1 (MQ=255) gctAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAg > 1:1849436/1‑141 (MQ=255) gctAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAg < 2:2814241/141‑1 (MQ=255) tGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTtc < 2:3235674/141‑1 (MQ=255) cgCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCGTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTtc < 1:2722601/140‑1 (MQ=255) gCAGTCGCTACAAAAATGGCACATTGGTTCATATTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTtct < 2:700717/141‑1 (MQ=255) cAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTtctc < 2:760297/141‑1 (MQ=255) aGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTctct < 2:4256832/141‑1 (MQ=255) aGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTctct > 1:2450160/1‑141 (MQ=255) tCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCttt < 1:627596/141‑1 (MQ=255) cGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCtttt < 2:3472354/141‑1 (MQ=255) cGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGGTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAGGCTTTCTCtttt > 1:466510/1‑141 (MQ=255) cTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGCAAGTTGTTATATCGCCTAAGATTTCTCCTTTaa > 2:827898/1‑141 (MQ=255) tACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATCAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTCCTCTTTTaaa > 2:2988321/1‑141 (MQ=255) tACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTaaa > 2:501044/1‑141 (MQ=255) ggCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTcc > 1:1579416/1‑141 (MQ=255) gccACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTCCGGGTTAACTGCTAAAATATCCGCCANACATAAGAAAGTTGTGTTACCCCCTCACATTTCTCTTTTTGACTTTGtttc > 2:904941/3‑139 (MQ=255) ccTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCatat < 1:712019/141‑1 (MQ=255) tGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTa < 2:2071911/141‑1 (MQ=255) gctcATTTTCACATCTTGTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGGAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATc < 2:1128597/138‑1 (MQ=255) gTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATAACGCCTAATATTTCTTTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATc > 2:3115517/1‑141 (MQ=255) tCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCg < 1:422859/141‑1 (MQ=255) ccATTTTAATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGa < 2:4143899/141‑1 (MQ=255) tttCATATCTTCTGATACGCATTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATATCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTg < 2:4014599/141‑1 (MQ=255) ttatatCTTCTGATACGCCTTTAACACATGCTGAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGa < 2:1773543/139‑1 (MQ=255) cATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGaa > 1:3707014/1‑141 (MQ=255) cATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGaa > 2:620466/1‑141 (MQ=255) atatCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTCTCGAACTTGaaa > 2:1883264/1‑141 (MQ=255) atatCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGaaa > 1:1057918/1‑141 (MQ=255) tatCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTTGATGGTTCGGGTTAACTGCGATAATATAGGCCATAGATAAGATAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAAt < 2:2168105/141‑1 (MQ=255) tcttctGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATAAGACTGTAAATAg > 2:2629122/1‑141 (MQ=255) tcttctGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAAATTACTCTTTTATTGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAg > 1:3429029/1‑141 (MQ=255) tGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGttttt > 1:11790/1‑141 (MQ=255) tGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGttttt > 1:1541202/1‑141 (MQ=255) gATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTc > 1:2003471/1‑141 (MQ=255) aTACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCa < 1:2626801/141‑1 (MQ=255) aCGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATATCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACg > 2:2959185/1‑141 (MQ=255) aCGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCAATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGACTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCCTATTTATCTAACTGGAAATAGTTTTTTACg > 2:3557819/1‑141 (MQ=255) ccTTTAACATCTGCTAAACTTAAAACTGGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAAt < 1:4079851/141‑1 (MQ=255) cTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACACCCTGAAAATTCCAGTTTAACATTCCTGCCAGACTTATCAGACTGACAATATTTTTTCActgatg > 2:3318471/1‑136 (MQ=255) ttAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGTGTGATAACTACTAAAATATAGGCCATAGATAAGTAAGTTGTGAGACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCTTATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATggt > 2:4091912/1‑140 (MQ=255) ttAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGa > 1:3274982/1‑141 (MQ=255) ttAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGa < 1:2358080/141‑1 (MQ=255) cacCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAATTCGAAATAGTTTTTCACGAATggctaat > 2:1101684/1‑136 (MQ=255) caaatgatAAACTTAAAACTTACACTGGAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCt > 2:2032342/8‑141 (MQ=255) aagcttatAAACTTAAAACTTGCTGGTTAACTGCTAAAATATAGGTCATAGATAAGGAAGTTGTGATACTGCCTAAGATTGCTTTTTTAAAGTTTGTTCCATTTTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCt < 2:2452780/134‑1 (MQ=255) acCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTc > 1:251008/1‑141 (MQ=255) acCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTc > 1:3644978/1‑141 (MQ=255) tGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACAGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCtt > 1:2095085/1‑141 (MQ=255) cTAAACTTAAAGCTTGCGGGTTAACTGCTCAAATATAGGCGATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCGTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCtttt < 2:3357914/141‑1 (MQ=255) tAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATCTTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATAGATGCTCGttttt > 2:2753946/1‑141 (MQ=255) tAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGTAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCttttt > 1:1926555/1‑141 (MQ=255) aaaCTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATATCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCtttttt < 1:85241/141‑1 (MQ=255) aaaCTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCtttttt < 2:169289/141‑1 (MQ=255) aaCTTAAAACTGGCGGGTTAACGGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATATCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCttttttt < 2:4361204/141‑1 (MQ=255) cattAAAACTTGCGGGTGAACTGCTAAAATATAGGTCATAGATAAGAGAGTTGTCATTCCGTCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCAGATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTa < 2:2364444/139‑1 (MQ=255) aaaaCTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAAt < 1:792717/141‑1 (MQ=255) aaaCTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATACGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACTAATGAATGCTCCtttttttccacta > 2:1302317/1‑135 (MQ=255) cTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGACTGCATGCTCGTTGTTTTAAAATACCt > 1:3908823/1‑141 (MQ=255) cTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGAGGCTCCTTTTTTTAAACTAcgt > 1:936945/1‑139 (MQ=255) gCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCtgca > 1:352096/1‑138 (MQ=255) gTTAACTGTTAAAATATAGGTCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTGTCTTGTTAAGTTTGTTCCATATTTATCTATCTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGt < 2:1571885/141‑1 (MQ=255) tAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAACGTTGTGATATCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGttt < 1:3214341/141‑1 (MQ=255) atttcTAAAGTATAGGTTAGAGATAATAATGTTGTGATACTGTCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTTACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTaa < 2:1543863/137‑1 (MQ=255) gCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTATTTTCGATTGACTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAatat < 1:1022904/141‑1 (MQ=255) cTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATc < 1:2186118/141‑1 (MQ=255) atatAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGATCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGACGCTCCTTTTTTAAAAATTATTTAATAGTTTACTATCATTCt > 2:3724897/1‑141 (MQ=255) tataGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGGTACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCtt < 1:3053327/141‑1 (MQ=255) tataGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATATCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCtt < 1:2959185/141‑1 (MQ=255) tataGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTCTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCtt < 1:1464971/141‑1 (MQ=255) ataGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTta > 2:3049801/1‑141 (MQ=255) ataGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTta > 1:99017/1‑141 (MQ=255) aGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTtaat > 1:3818868/1‑141 (MQ=255) ggCCATAGATAAGAATGGTTTGTTACTGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTtaata > 2:3863481/1‑141 (MQ=255) ggCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTtaata > 1:1344162/1‑141 (MQ=255) cATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATaaaa < 1:501044/141‑1 (MQ=255) tAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATaaaaaa < 1:2042321/141‑1 (MQ=255) gATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTATTAAAAAACa > 1:3143014/1‑141 (MQ=255) aaTAAGAAAGTTGTGATAACGCCTAAGATTGCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGAACCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACa < 2:2933190/140‑1 (MQ=255) aTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAacaaacaa > 2:1379890/1‑141 (MQ=255) gAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATAcc < 1:1364507/141‑1 (MQ=255) gAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATAcc < 1:4007147/141‑1 (MQ=255) gTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTTATTTACTTTAATATTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCaaaa > 2:2515842/1‑141 (MQ=255) gTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTTTTAATAAAAAACAATACCaaaa > 1:4364446/1‑141 (MQ=255) gTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCaaaa > 2:2415702/1‑141 (MQ=255) gTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACAAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCaaaa > 2:1336190/1‑141 (MQ=255) ttGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTATTAAAAAACAATACCAAAAg > 1:1719023/1‑141 (MQ=255) tgtgATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGc < 1:4264557/141‑1 (MQ=255) gtgATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTCACATATCTTATTCATTAACCATCCTCCTTATTAACAAACATTACCGAAAGcc > 2:1957723/1‑140 (MQ=255) gtgATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCg < 2:1057918/141‑1 (MQ=255) aTACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAAc < 2:581865/141‑1 (MQ=255) ccGCCTAAGATTTCTCTGTTAACTTTCTCTCGATATTTATCGATCTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACttt < 2:2872304/141‑1 (MQ=255) | CAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACTTT > USA300TCH1516_ALE/2373574‑2373854 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |