| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2085296 = | 15 (0.810) | 9 (0.550) | 9/240 | 0.7 | 37.2% | coding (173/201 nt) | hlb_1 | Phospholipase C |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2128343 | 17 (1.030) | coding (1/825 nt) | hlb_2 | Phospholipase C | |||||
TAAATTTAAAGTCCCTAAAAAGTCCCTAAAATTTTATTTTATATGAGGTATTATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2085441‑2085296‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccagtttggatacaTAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAGAATACACG < USA300TCH1516_ALE/2128343‑2128211 TAAATTTAAAGTCCCTAAAAAGTCCCTAAAATTTTATTTTATATGAGGTATTATTGATAATGATACAGTTATAAACATTGATACTATACTGTTTTACTTTTTGAATGATAACTAATTTTATCTTAAAGGTCTCtc > 2:220036/1‑133TAAATTTAAAGTCCCTAAAAAGTCCCTAAAATTTTATTTTATATGAGGTATTATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCA < 2:102035/135‑1 TTTAAAGTCGCTAAAAAGTCCCTAAAATTTTATTTTATATGAGGTATTATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTT < 2:41415/135‑1 AGTCCGTAAAGAGTCGCTAAAATTTTAGTTTAGATGAGGTATTATTGATAATGATAGAGTTATAAACCTTGATATTATGCGGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATA < 2:26001/135‑1 CCTAAAAAGTCCCTAAAATTTTATTTTATATGAGGTATTATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACATA < 1:124459/135‑1 ATTTTATTTTATATGAGGTATTATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACg > 2:185475/1‑134 TTTTATATGAGGTATTATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGCTACATAGGAAACTTGTAACAACAGTATTT > 1:79003/1‑135 TATTATTGATAATGATAAAGGTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTAATTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGA < 2:68409/135‑1 TATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACATTATTTATTGGGTTTGGAGTC < 2:102036/135‑1 GTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTA > 1:177722/1‑135 ACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGT > 2:145983/1‑135 AAAAGTCTCCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATAAATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTT > 1:187217/1‑135 TCTCCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTGCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAAC > 2:145592/1‑135 CCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCATAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAACTATAGGTGTCTTTTTCTCTTCTTCATTACATTTCTCTTCTAACAca > 2:185382/1‑133 CCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGACACTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAA > 1:210412/1‑135 aacTTGGATACTTAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGTGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATG < 2:141945/132‑1 AGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATG < 2:146410/135‑1 TTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGAGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAG > 1:134118/1‑135 TGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAATTTTTAGTTTTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAGAA < 1:15939/135‑1 GGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAGAAT > 2:173007/1‑135 GGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAGAAT < 1:145983/135‑1 CATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAGAATACACG < 1:32896/135‑1 TAAATTTAAAGTCCCTAAAAAGTCCCTAAAATTTTATTTTATATGAGGTATTATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2085441‑2085296‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccagtttggatacaTAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAGAATACACG < USA300TCH1516_ALE/2128343‑2128211 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |