New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	USA300TCH1516_ALE	895785 =	27 (0.830)	8 (0.280)	8/226	NT	24.8%	coding (806/822 nt)	metQ_2	Methionine‑binding lipoprotein MetQ
	?	USA300TCH1516_ALE	= 909740	25 (0.890)					intergenic (‑663/‑371)	USA300HOU_RS04500/csbD_1	hypothetical protein/Stress response protein CsbD

TGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCG  >  USA300TCH1516_ALE/909600‑909874                                                                                                                                             |                                                                                                                                       tgGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAAATTCCTTGCTAATCTGGCTaa                                                                                                                                        >  2:231338/1‑141 (MQ=255)                 gaaaaaaagGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATATTGACAATTTTATGAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaata                                                                                                                        >  2:141271‑M2/2‑125 (MQ=255)                    aaacaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTaaataaat                                                                                                                     <  1:145890/141‑1 (MQ=255)                      aaaGGGCATAATTTTGAAAAAAAGGGCAAGAGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCa                                                                                                                   <  2:362479/141‑1 (MQ=255)                       aaGGGCATAATTTTGAAACAAACGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCat                                                                                                                  <  1:247789/141‑1 (MQ=255)                        aGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCata                                                                                                                 >  1:211156/1‑141 (MQ=255)                                  tttGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattactgctaaataataccaattaaataaca                                                                                                       <  2:361274‑M2/141‑34 (MQ=255)                                           aaGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGTACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaatacccttt                                                                                              >  2:247714‑M2/1‑99 (MQ=255)                                               gCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACCTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaata                                                                                          >  2:38699‑M2/1‑95 (MQ=255)                                                 aaGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTg                                                                                        >  1:160655/1‑141 (MQ=255)                                                   gggTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTATTGTCTAAGTAATGTGATTTTGCt                                                                                      >  2:392477/1‑141 (MQ=255)                                                   gggAATCAATAATAAACTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAAGCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCt                                                                                      <  1:166365/141‑1 (MQ=255)                                                           ataataAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCtttt                                                                              <  2:227819/141‑1 (MQ=255)                                                                   ttATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGTTACTCTGGATCATTCTTTCTGCTAAATGTATCATGTTTTGGGCTCCGTAAAGTGATGGTGCTGGGCTTtttaatttaa                                                                      <  2:368208/141‑1 (MQ=255)                                                                     aTCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAAc                                                                    <  1:217552/141‑1 (MQ=255)                                                                      tCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACa                                                                   <  1:306874/141‑1 (MQ=255)                                                                          gAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTa                                                               <  2:316912/141‑1 (MQ=255)                                                                              aTTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTta                                                           >  1:123170/1‑141 (MQ=255)                                                                                 ttATAAATGGATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgataaataataacaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtgttattgaa                                                        >  2:244417‑M2/1‑61 (MQ=255)                                                                                           atatatAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAgg                                              <  1:219971/141‑1 (MQ=255)                                                                                            tatataACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGa                                             <  1:121093/141‑1 (MQ=255)                                                                                             atataACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCATGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATGTAGGaa                                            >  1:341218/1‑141 (MQ=255)                                                                                                    tatGTTTTGATTGCCTTTGAACTTCCTTGATAATCGGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaa                                     >  1:5272‑M2/2‑42 (MQ=255)                                                                                                     aTGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTTATAATCTGACTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGc                                    <  1:167638/141‑1 (MQ=255)                                                                                                          ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTa                               >  1:88261/1‑141 (MQ=255)                                                                                                           tGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcag                              <  1:52401‑M2/141‑107 (MQ=255)                                                                                                            gATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaagaggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggcgcagt                             <  2:395503‑M2/141‑108 (MQ=255)                                                                                                            gATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACg                             >  1:146595/1‑141 (MQ=255)                                                                                                             aTTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATCAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGCCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGACATGCTATTACgg                            >  2:67692/1‑141 (MQ=255)                                                                                                               tGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGCTGTTGCTGAGCTTCGTAATTTAAACAGGTATTTATATGCTATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGAt                          >  2:160681/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                  ccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATaaa                       <  1:2376/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                   cTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAg                      >  1:58211/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                         cTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAAt                <  1:378856/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                           tCATTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcg              >  1:379576‑M2/1‑19 (MQ=255)                                                                                                                               tGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCtata          <  1:145311/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                               tGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCtata          >  1:115646/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                                  tAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACATATATTTATATGATATGTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATACTATatga       >  2:35207/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                                       tGGCTAATTATTCCTGCTAAAAAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCg  <  1:103845/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                             |                                                                                                                                       TGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCG  >  USA300TCH1516_ALE/909600‑909874

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.