Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,513,930 | A→T | L413F (TTA→TTT) | USA300HOU_RS07375 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,513,930 | 0 | A | T | 100.0% | 32.1 / NA | 12 | L413F (TTA→TTT) | USA300HOU_RS07375 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (8/4); total (8/4) |
GTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTAATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTG‑AATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGAAATTT > USA300TCH1516_ALE/1513802‑1514062 | gtatgtatCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGa > 2:88766/1‑141 (MQ=255) cgatttATAAATAGAAATAGGAATGGGGTTTGTCTCATGAAAAAAGCGTAAAAAAAATACTGCAATAAAAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAAt < 2:142077/138‑1 (MQ=255) ttattaGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCa > 2:139874/1‑141 (MQ=255) tagtagCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCattat > 1:171640/1‑141 (MQ=255) agCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTgg > 2:35076/1‑141 (MQ=255) aggggTTTGAGTCGTAGATAAAGCGTACAAAAAAGACTTCTAACACCCTGCGAGATTGCGTAAAAAAACCAGCATTTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTa < 2:104417/140‑1 (MQ=255) gCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTG‑AAtt > 1:2266/1‑141 (MQ=255) aaaTACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATATGTCAAAGATGATTATCTCTTATGCTTGTATTTATAATTG‑AATTAATATtata > 1:216166/1‑141 (MQ=255) atatCACACATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGGCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTG‑AATTAATATTATATATTATAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGaa < 2:50786/141‑1 (MQ=255) aataTGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTG‑AATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGAAAtt > 2:196143/1‑141 (MQ=255) aataTGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTG‑AATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGAAAtt > 2:226736/1‑141 (MQ=255) atatGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTA‑AGCTCATCGCAAGTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGAAAttt < 1:139874/141‑1 (MQ=255) | GTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTAATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTG‑AATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGAAATTT > USA300TCH1516_ALE/1513802‑1514062 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |