Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE512,6430AG39.5% 28.3 / 41.1 43intergenic (+711/‑6052)recR/speA_2Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (15/11);  new base G (5/12);  total (20/23)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

TGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACAT  >  USA300TCH1516_ALE/512518‑512778
                                                                                                                             |                                                                                                                                       
ccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt                                                                                                                          >  1:10481‑M1/103‑141 (MQ=255)
ccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttacgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt                                                                                                                          >  1:144022‑M1/103‑141 (MQ=255)
 cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatta                                                                                                                         <  2:129438‑M1/40‑1 (MQ=255)
  ttgttATGTAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTAGTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaa                                                                                                                        <  1:85172/141‑1 (MQ=255)
           aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                                               >  2:55367/1‑141 (MQ=255)
                   cgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttcatcaaattttggtcaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTACTACTCGTCCCTAagaca                                                                                                       <  2:148359‑M1/58‑3 (MQ=255)
                    gCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGCCGGTAAGaaaa                                                                                                      <  1:96449/141‑1 (MQ=255)
                          acgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATTTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc                                                                                                <  1:1383‑M1/65‑1 (MQ=255)
                             gTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt                                                                                             <  1:30716/141‑1 (MQ=255)
                              tatttattTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg                                                                                            <  1:206942/141‑1 (MQ=255)
                               ccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGa                                                                                           >  1:95069‑M1/72‑141 (MQ=255)
                                tttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaa                                                                                          >  1:32300/1‑141 (MQ=255)
                                 gctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagctaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGCACattgcaa                                                                                         <  1:66138‑M1/72‑4 (MQ=255)
                                          gaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAGATTGAAAACTGaatta                                                                                <  2:35011‑M1/81‑3 (MQ=255)
                                          gAGGCAAACAAAACAACTCAACATAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                                                >  1:73369/1‑141 (MQ=255)
                                             gCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACaa                                                                             <  1:55367/141‑1 (MQ=255)
                                                aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCATGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                                          >  1:47844/1‑141 (MQ=255)
                                                  caaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt                                                                        <  1:132802/141‑1 (MQ=255)
                                                      acaacTCAACTTAAGACATAACTTGAATTACTAACGAAACTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGCCGGTAAGAAAAATGAACATTGAACACTGAACTACAATATGTCAAc                                                                    >  2:56328/1‑141 (MQ=255)
                                                             aactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                                             >  1:129260/1‑141 (MQ=255)
                                                                ttAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATCTTAAAACGATTTATCACTCCCCCCGCCGGGGATGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGACAACGTTAATTACa                                                          >  2:45900/1‑141 (MQ=16)
                                                                   caaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa                                                       <  1:112282‑M1/106‑1 (MQ=255)
                                                                     aaaTAACTTGAATTACTAAAGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAGTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaaa                                                     <  2:6643/141‑1 (MQ=255)
                                                                      aaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAAc                                                    >  1:43587/1‑141 (MQ=255)
                                                                         ttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGCTGATAAAATGTATAATTAATTCTTAAAGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCTAAAAAACGTa                                                 <  2:91779‑M1/112‑1 (MQ=255)
                                                                             tGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCTAAAAACGTAACta                                             >  1:123343/1‑141 (MQ=255)
                                                                                    cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa                                      >  1:78535/1‑141 (MQ=255)
                                                                                    cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATGCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATGGAAAACAGAATGACAATATGTCAACGTTAATTACAAAAAACGTAACTCTAAAttc                                      >  2:101615/1‑140 (MQ=37)
                                                                                      aaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATCCCAAAAAACGTAACTCTAAGTTACa                                    <  2:48368‑M1/125‑1 (MQ=255)
                                                                                       aaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaa                                   <  1:72894‑M1/126‑1 (MQ=255)
                                                                                          tggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa                                <  1:198661‑M1/129‑1 (MQ=255)
                                                                                           aaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACat                               <  1:11067/141‑1 (MQ=255)
                                                                                            aattaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatt                              <  2:87609/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                  ttttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg                        >  1:132869/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                    aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa                      >  1:129438‑M1/3‑141 (MQ=255)
                                                                                                         aaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTAt                 <  1:16773/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                              aTTGACTTAAAGGTGAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATTAACATTGAAAAATGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACTTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCt            <  1:56328/141‑1 (MQ=21)
                                                                                                                 gACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAAGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGAATTTATAAGATAAt         >  2:118646/1‑141 (MQ=21)
                                                                                                                 gACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAAt         >  1:194300/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                  aCTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTACGAGCTAATc        <  1:171974/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                  aCTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATc        >  1:103730/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                       aaTGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTACTAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAca   >  1:100699/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                        aTGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcat  <  1:142490/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                             |                                                                                                                                       
TGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACAT  >  USA300TCH1516_ALE/512518‑512778

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑