Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,646,189 | G→C | A155G (GCA→GGA) | ypdF ← | Aminopeptidase YpdF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,646,189 | 0 | G | C | 100.0% | 45.0 / NA | 17 | A155G (GCA→GGA) | ypdF | Aminopeptidase YpdF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (6/11); total (6/11) |
ATTTTATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATACG > USA300TCH1516_ALE/1646051‑1646325 | atTTTATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGcctcct > 2:143971/1‑141 (MQ=255) ttATCACTTGCAACACCATGTGTTAATTCACTTCTTTGACCGGTTGTTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTTGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCtttt < 2:75238/141‑1 (MQ=255) aTCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTac > 1:58972/1‑141 (MQ=255) tCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATACTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTaca > 1:187015/1‑141 (MQ=255) tgGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTCGCATTTTACTGTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTc > 1:157820/1‑141 (MQ=255) tgGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTTAGTCATTCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTc < 2:176075/141‑1 (MQ=255) tctATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTtcatc < 2:58972/141‑1 (MQ=255) ttcacttgATTCTACAATCGTATCGAATGATTGTCCATCTTCTTCTAATTCTATCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATTTCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATcaac < 2:120386/134‑1 (MQ=255) ggCTACACTCGTATCGACTCATGGTCCATCTGCTCCTAACTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTCTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAgc < 1:185474/140‑1 (MQ=255) gtgttgGTCCAGCGGCGCCTAATTCTAGCAGGTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCGTTTACAACGGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAg < 2:74214/137‑1 (MQ=255) ggTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAtt < 1:20415/141‑1 (MQ=255) ggTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAtt < 1:147248/141‑1 (MQ=255) aaTTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTg < 1:143971/141‑1 (MQ=255) ttCTAGCATTTTGCTTGCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGAc < 2:29750/141‑1 (MQ=255) cTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACTACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTATCTGCTTTTTGAATTAAAGTAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTATCTATTTTTa > 2:66117/1‑141 (MQ=255) tGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTAtt > 2:199212/1‑141 (MQ=255) cATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGatat > 1:199506/1‑141 (MQ=255) gCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATACg < 1:182779/141‑1 (MQ=255) | ATTTTATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATACG > USA300TCH1516_ALE/1646051‑1646325 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |