| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 590,688 | G→A | 5.4% | G302S (GGT→AGT) | rpoC → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 590,688 | 0 | G | A | 5.4% | 196.8 / 3.0 | 75 | G302S (GGT→AGT) | rpoC | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/34); new base A (2/2); total (38/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.86e-01 | |||||||||||
TTATACCGTCGTGTAATTAATCGAAATAATCGTTTGAAACGTTTATTAGATTTAGGTGCACCTGGTATCATCGTTCAAAACGAAAAACGTATGTTACAAGAAGCCGTTGACGCTTTAATTGATAATGGTCGTCGTGGTCGTCCAGTTACTGGCCCAGGTAACCGTCCATTAAAATCTTTATCTCATATGTTAAAAGGTAAACAAGGTCGTTTCCGTCAAAACTTACTTGGTAAACGTGTTGACTATTCAGGACGTTCAGTTATTGCAGTAGGT > USA300TCH1516_ALE/590553‑590825 | ttATAACGTCGTGTAAGTTATGGAAATAATCGATTGAATCGTTTATTAGATTTAAGTGCTCCTGGTATCATCGTTCAAAACGAAATTCGTATGTTACAAGAAGCCGTTGACGCTTTAATTGATAATGGTCGTCGTGgtcg < 2:548791/140‑1 (MQ=255) cgtcgtGTAATTAATCGAAATAATCGTTTGAAACGTTTATTAGATTTAGGTGCACCTGGTATCATCGTTCAAATCGAAAAACGTATGTTACAAGAAGCCGTTGACGCTTTAATTGATAATGGTCGTCGTGGTCGTCCAGt < 2:299663/140‑1 (MQ=255) cgtcgtGTAATTAATCGAAATAATCGTTTGAAACGTTTATTAGATTTAGGTGCACCTGGTATCATCGTTCAAAACGAAAAACGTATGTTACAAGAAGCCGTTGACGCTTTAATTGATAATGGTCGTCGTGGTCGTCCAGt < 1:500594/140‑1 (MQ=255) cgtcgtGTAATTAATCGAAATAATCGTTTGAAACGTTTATTAGATTTAGGTGCACCTGGTATCATCGTTCAAAACGAAAAACGTATGTTACAAGAAGCCGTTGACGCTTTAATTGATAATGGTCGTCGTGGTCGTCCAGt < 1:219313/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ggTATCATCGTTCAAAACCAAAAACGTATGTTACAAGAAGCCGTTGCCGCTTTAATTGATAATGGTCGTCGTGGTCGTCCAGTTACTGGCCCAGGTAACCGTCCATTAAAATCTTTATCTCATATGTTAAAAGGTAAACa < 1:347643/140‑1 (MQ=255) tATCATCGTTCAAAACGAAAAACGTATGTTACAAGAAGCCGTTGACGCTTTAATTGATAATGGTCGTCGTGGTCGTCCAGTTACTGGCCCAGGTAACCGTCCATTAAAATCTTTATCTCATATGTTAAAAGGTAAACAAg > 1:583413/1‑140 (MQ=255) atcatcGTTCAAAACGAAAAACGTATGTTACAAGAAGCCGTTGACGCTTTAATTGATAATGGTCGTCGTGGTCGTCCAGTTACTGGCCCAGGTAACCGTCCATTAAAATCTTTATCTCATATGTTAAAAGGTAAACAAgg < 2:71540/140‑1 (MQ=255) tcatcGTTCAAAACGAAAAACGTATGTTACAAGAAGCCGTTGACGCTTTAATTGATAATGGTCGTCGTGGTCGTCCAGTTACTGGCCCAGGTAACCGTCCATTAAAATCTTTATCTCATATGTTAAAAGGTAAACAAGGt < 1:615668/140‑1 (MQ=255) tcatcGTTCAAAACGAAAAACGTATGTTACAAGAAGCCGTTGACGCTTTAATTGATAATGGTCATAGTGGTCGTCCAGTTACTGGCCCAGGTAACCGTCCATTAAAATCTTGATCTCATATGTTAAAACGTAACCAAGGt > 2:471143/1‑140 (MQ=255) tcGTTCAAAACGAAAAACGTATGTTACAAGAAGCCGTTGACGCTTTAATTGATAATGGTCGTCGTGGTCGTCCAGTTACTGGCCCAGGTAACCGTCCATTAAAATCTTTATATCATATGTTAAAAGGAAAACAAGGACGt > 2:424788/1‑140 (MQ=255) aaCGAAAAACGTATGTTACAAGAAGCCGTTGACGCTTTAATTGATAATGGTCGTCGTGGTCGTCCAGTTACTGGCCCAGGTAACCGTCCATTAAAATCTTTCTCTCATATGTTAAAAGGTAAACAAGGTCGTTTCCGTCa > 1:175600/1‑140 (MQ=255) gAAAAACGTATGTTACAAGAAGCCGTTGACGCTTTAATTGATAATGGTCGTCGTGGTCGTCCAGTTACTGGCCCAGGTAACCGTCCATTAAAATCTTTATCTCATATGTTAAAAGGTAAACAAGGTCGTTTCCGTCaaac > 2:107768/1‑139 (MQ=255) gAAAAACGTATGTTACAAGAAGCCGTTGACGCTTTAATTGATAATGGTCGTCGTGGTAGTACAGTTACTGGCCCAGGTAACCGTCCATTAAAATCTTTATTTCATATATTAAAAGGAAAACAAGATAGTGTCCGGCaaaa > 2:97676/1‑140 (MQ=255) gAAAAACGTATGATAAAAGAAGCCGTTGACGCTTTAATTGATAGTGGTCGTCGTGGTCGTCCAGTTACTGGCCCAGGTAACCGTCCATTAAAATCTTTATCTCATATGTTAAAAGGTAAACAAGGTCGTTTCCGTCaaaa > 2:319069/1‑140 (MQ=255) aaaacCGTATGTTACAAGAAGCCGTTGACGCTTTAATTCATAATGGTCGTCGTGGTCGTCCAGTTACTGGCCCAGGTAACCGTCCATTAAAATCTTTATCTCCTATGTTAAAAGGTAAACAAGGTCGTTTCCGTCAAAac < 1:53914/140‑1 (MQ=255) aCGTATGTTACAAGAAGCCGTTGACGCTTTAATTGATAATGGTCGTCGTGGTCGTCCAGTTACTGGCCCAGGTAACCGTCCATTAAAATCTTTATCTCATATGTTAAAAGGTAAACAAGGTAGTTTCCGTCAAAacttac > 2:83160/1‑140 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(MQ=255) gaagCCGTTGACGCTTTAATTGATAATGGTCGTCGTGGTCGTCCAGTTACTGGCCCAGGTAACCGTCCATTAAAATCTTTATCTCATATGTTAAAAGGTAAACAAGATCGTTTCCGTCAAAACTTACTTGGTAAACgtgt > 2:322971/1‑140 (MQ=255) agCCGTTGACGCTTTAATTGATAATGGTCGTCGTGGTCGTCCAGTTACTGGCCCAGGTAACCGTCCATTAAAATCTTTATCTCATATGTTAAAAGGTAAACAAGGTCGTTTCCGTCAAAACTTACTTGGTAAACGTGTTg < 1:502761/140‑1 (MQ=255) gACGCTTTAATTGATAATGGTCGTCGTGGTCGTCCAGTTACTGGCCGAAGTAACCGTTCAGTAAAATCTTTATCTCATATGTTAAAAGGTAAACAAGGTCGTTTCCGTCAAAACTTACTTGGTAAACGTGTTGACTATTc > 1:267995/1‑140 (MQ=255) gCTTTAATTGATAATGGTCGTCGTGGTCGTCCAGTTACTGGCCCAGGTAACCGTCCATTAAAATCTTTATCTCATATGTTAAAAGGTAAACAAGGTCGTTTCCGTCAAAACTTACTTGGTAAACGTGTTGACTATTCAgg > 1:591445/1‑140 (MQ=255) aaTTGATAATGGTCGTCGTGGTCGTCCAGTTACTGGCCCAGGTAAGCGTCCATTAAAATCTTTATCTCATATGTTAAAAGGTAAACAAGGTCGTTTCCGTCAAAACTTACTTGGTAAACGTGTTGACTATTCAGGACGtt < 1:54746/140‑1 (MQ=255) aTTGATAATGGTCGTCGTGGTCGTCCAGTTACTGGCCCAGGTAACCGTCCATTAAAATCTTTATCTCATATGTTAAAAGGTAAACAAGGTCGTTTCCGTCAAAACTTACTTGGTAAACGTGTTGACTATTCAGGACGTTc < 2:484573/140‑1 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(MQ=255) cgtcgtGGTCGTCCAGTTACTGGCCCAGGTAACCGTCCATTAAAATCTTTATCTCATATGTTAAAAGGTAAACAAGGTCGTTTCCGTCAAAACTTACTTGGTAAACGTGTTGACTATTCAGGACGTCGAGTTATAGCAgc > 1:282885/1‑139 (MQ=255) cgtcgtGGTCGTCCAGTTACGGGCCGAGGTAACCGTCGATGAAAATCTTGATCTCATATGTTAAAAGGTAAACAAGGTCGTTTCCGTCAAAACTTACTTGGTAAACGTGTTGACTATTCAGGACGGTCAGTTATTGCatt > 1:167920/1‑138 (MQ=255) cgtGGTCGTCCAGTTACTGGCCCAGGTAACCGTCCATTAAAATCTTTATCTCATATGTTAAAAGGTAAACAAGGTCGTTTCCGTCAAAACTTACTTGGTAAACGTGTTGACTATTCAGGACGTTCAGTTATTGCAGTAgg < 1:6886/140‑1 (MQ=255) ttGGTCGGCCAGTTACTGGCCCAGGTAACCGTCCATTAAAATCTTTATCTCATATGTTAAAAGGTAAACAAGGTCGTTTCCGTCAAAACTTACTTGGTAAACGTGTTGACTATTCAGGACGTTCAGTTATTGCAGTAGGt < 1:55783/139‑1 (MQ=255) gtGGTCGTCCAGTTACTGGCCCAGGTAACCGTCCATTAAAATCTTTATCTCATATGTTAAAAGGTAAACAAGGTAGTTTCCGTCAAAACTTACTTGGTAAACGTGTTGACTATTCAGGACGTTCAGTTATTGCAGTAGGt < 1:57039/140‑1 (MQ=255) | TTATACCGTCGTGTAATTAATCGAAATAATCGTTTGAAACGTTTATTAGATTTAGGTGCACCTGGTATCATCGTTCAAAACGAAAAACGTATGTTACAAGAAGCCGTTGACGCTTTAATTGATAATGGTCGTCGTGGTCGTCCAGTTACTGGCCCAGGTAACCGTCCATTAAAATCTTTATCTCATATGTTAAAAGGTAAACAAGGTCGTTTCCGTCAAAACTTACTTGGTAAACGTGTTGACTATTCAGGACGTTCAGTTATTGCAGTAGGT > USA300TCH1516_ALE/590553‑590825 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |