| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 622,533 | T→C | 17.4% | D1032D (GAT→GAC) | sdrE → | Serine‑aspartate repeat‑containing protein E |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 622,533 | 0 | T | C | 17.4% | 154.4 / 5.6 | 77 | D1032D (GAT→GAC) | sdrE | Serine‑aspartate repeat‑containing protein E |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/33); new base C (9/6); total (38/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGACTCTGATA > USA300TCH1516_ALE/622396‑622672 | tCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCTGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTc > 2:534502/1‑140 (MQ=255)tCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTc > 1:407144/1‑140 (MQ=255)gcAGACAGCGCCTCAGATTCAGATCGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTc < 1:287831/139‑1 (MQ=255) cAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATGCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCg < 1:288012/140‑1 (MQ=255) 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cGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACACAGATAGCGACTCAGACCCAGACAGAGAATCACACACCGACAGCGaccccgacccag > 2:663701/1‑140 (MQ=11) gactcagactcaGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGActcaggctcaga > 1:203932/1‑140 (MQ=255) gactcagactcaGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGAGTCAGATTCAGACAACGAcccagactcaga > 2:699145/1‑140 (MQ=255) cagactcagacAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGc > 1:133698/1‑140 (MQ=255) cagaatcagatAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATCGCGACACGGCCTCAGAGAGTGCTACAGACTCACACAGCGAcacagactcagacggc > 2:494697/1‑136 (MQ=11) actcagacAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGCCAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACCCAGATAGCGAc > 1:289088/1‑140 (MQ=255) 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taagatAGCGACTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTc < 1:368251/138‑1 (MQ=255) gcagacAGCGACTCCGATACAGATACCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCGGACAGCGACTc < 2:372160/139‑1 (MQ=14) ctccatAGCGATTCTGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGTCTGCGACTCAGACGCCGACCGCGGCGCTGTCTCACACACGGTTTCAGATTCACACAGCCACTCAGCCTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTc < 2:345354/136‑1 (MQ=9) agatAGCGATTCGGACTCATGTAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGAGATTCAGATTCAGACCGAGACTCAGACTCAGAAAGCCACTCAGCTTCAGACAGCgccaccg > 2:87243/1‑134 (MQ=17) gcgcTTCCGACTCAGACTGCGATTCCGGTTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACGCAGACAGCGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGActct < 2:60332/140‑1 (MQ=14) gATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGACTCTGa < 1:684930/140‑1 (MQ=255) gATTCGGACGCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTGAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGACTCTGa < 1:421726/140‑1 (MQ=255) ttCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACACCGACTCAGACTCAGATAGCGCCACAGATTAGGACAGCCACACAGAcgcagaag > 2:326786/1‑133 (MQ=14) | TCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGACTCTGATA > USA300TCH1516_ALE/622396‑622672 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |