| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 849,017 | C→T | 17.5% | P48L (CCT→CTT) | USA300HOU_RS04145 → | Nucleotide‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 849,017 | 0 | C | T | 17.5% | 117.4 / 18.3 | 60 | P48L (CCT→CTT) | USA300HOU_RS04145 | Nucleotide‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/17); new base T (5/5); total (37/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.98e-01 | |||||||||||
ATAATAATGAAAAAGAAAAAAGTAAAAGTGAACTATTAGTTGTAACAGGTTTATCTGGCGCAGGTAAATCTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTAAGGAACTATTTAATTCATTAGTTGCAGTAGTGGATAAAGTCAAAAGTGAAAGTGACGTCATC > USA300TCH1516_ALE/848879‑849153 | ataataATGAAAAGGAAGAAAGTAAAAGTGAACTATTAGTTGTAACAGGTTTATCTGGCGCAGGTAAATCTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCt < 2:564543/140‑1 (MQ=255) tGAAAAAGAAAAAAGTAAAAGTGAACTATTAGTTGTAACAGGTTTATCTGGCGCAGGTAAATCTTTGGTTAGTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTg > 1:356867/1‑140 (MQ=255) gaaaaagaaaaaAGTAAAAGTGAACTATTAGTTGTAACAGGTTTATCTGGCGCAGGTAAATCTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGt > 1:220618/1‑140 (MQ=255) aagaaaaaAGTAAAAGTGAACTATTAGTTGTAACAGGTTTATCTGGCGCAGGTAAATCTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGACAGGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTagag > 2:44669/1‑140 (MQ=255) agataaaAGTAAAAGTGAATTAGTAGTTGTAGCAGGTTTATCTGGCGCAGGTAAATCTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGt < 2:2415/140‑1 (MQ=255) taaaagtGAACTATTAGTTGTAACAGGTTTATCTGACGCAGGTAAATCTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAACGTTATTGCGTAAATTTGTAGAGTCGacgcgac > 2:618739/1‑134 (MQ=255) ggtGAACTATTAGTGGTAACAGGTTTATCTGGCGCAGGTAAATCTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAgg < 2:479511/139‑1 (MQ=255) agtGAACTATTAGTTGTAACAGGTTTATCTGGCGCAGGTAAATCTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGATATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATTAAACAAgg > 2:575508/1‑140 (MQ=255) gttaaCTATTAGTTGTAAGAGGTTTATCGGGCGCAGGTAAATCTTTGGTTATTGAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGa < 2:5276/137‑1 (MQ=255) aaCTATTAGTTGTAACAGGTTTATCTGGCGCAGGTAAATCTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCTTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAat > 1:265771/1‑140 (MQ=255) gtggTAACAGGTTTATCTGGTGCAGGTAAATCTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCtt < 1:494609/137‑1 (MQ=255) gTTGTAACAGGTTTATCTGGCGCAGGTAAATCTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCtt > 1:315056/1‑140 (MQ=255) gTTGTAACAGGTTTATCTGGCGCAGGTAAATCTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCta > 2:675767/1‑139 (MQ=255) gTTGTAACAGGTTTAGCTGGCGAAGGTAAATCTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCtt < 1:501386/140‑1 (MQ=255) gTAACAGGTTTATCTGGCGCAGGTAAATCTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCTTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAg < 1:21211/140‑1 (MQ=255) ggTTTATCTGGCGCAGGTAAATCTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGt > 1:142084/1‑140 (MQ=255) gTTTATCTGGCGCAGGTAAATCTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGAAGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTg > 2:407571/1‑140 (MQ=255) ttATCTGGCGCAGGTAAATCTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAATTTTGTCGAGTTGATGGAACCGGCAGCTCTTTCCTTAAGAAGAGTGgc > 2:564060/1‑140 (MQ=255) ttATCTGGCGCAGGTAAATCTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACGAGGAAATCCATCATTAAGCAAAGTgag > 2:66539/1‑138 (MQ=255) cAGGTAAATCTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGAGATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGgcaattgcaatt < 2:53331/140‑1 (MQ=255) cAGGTAAATCTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGgcaattgcaatt < 2:700609/140‑1 (MQ=255) tAAATCTTTGGTTATTTAATGTGTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTAGCAATTGCAATTGAtt > 2:219474/1‑140 (MQ=255) tAAATCTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACGAGTGTTATTGCGTGCCCCCGTCCAGGCGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGAGGCAATTGCAATTGAtt > 1:481420/1‑140 (MQ=255) tAAATCTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCTTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGAtt < 2:254988/140‑1 (MQ=255) tAAATCTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGCAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGAtt > 2:33978/1‑140 (MQ=255) tAAATCTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCGTACGAAAAGTACCAATGGAAGTTGaga > 2:212030/1‑138 (MQ=255) tCTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAag > 2:660177/1‑140 (MQ=255) cTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCTTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAaga < 1:170869/140‑1 (MQ=255) ttGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAgg > 1:594441/1‑140 (MQ=255) ttGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAgg > 1:391769/1‑140 (MQ=255) gTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTaa < 1:606396/140‑1 (MQ=255) gTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTaa < 1:4054/140‑1 (MQ=255) tATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGCAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGCGGTAAgg > 1:219330/1‑140 (MQ=255) tATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTAAgg > 1:144234/1‑140 (MQ=255) ttAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCTTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTAAGGAACTATTTaa < 1:341663/140‑1 (MQ=255) tAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCTTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTAAGGAACTATTTAAt < 2:189637/140‑1 (MQ=255) aagaCATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTAAGGAACTATTTAATTCa > 1:378519/1‑140 (MQ=255) gggATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCTTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAACGTGGCACTTGCAATTGATTTCAGAGGTAAGGAACTATTTAATTCATTAGTTg > 1:297303/1‑140 (MQ=255) atatTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTAAGGAACTATTTAATTCATTAGTTGCag < 1:269002/140‑1 (MQ=255) tttttGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCTTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTAAGGAACTATTTAATTCATTAGTTGCagtag > 1:699907/1‑140 (MQ=255) tAGATAATCTACGACCAGGGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTAAGGAACTATTTAATTCATTAGTTGCAGTAGTGGATaaa < 2:632891/140‑1 (MQ=255) aGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTAAGGAACTATTTAATTCATTAGTTGTAGTACTGGCGAAAg > 2:416585/1‑140 (MQ=255) aGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTAAGGAACTATTTAATTCATTAGTTGCAGTAGTGGATAAAg > 1:617294/1‑140 (MQ=255) aTAATCTACCACCAGTGTTATTGCTTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTCAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAACAGGTAAGGAACTATTTAATTCATTAGTTGCAGTAGTGGACAAAGTc > 2:579991/1‑140 (MQ=255) tAAACTAACAACAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTAAGGAACTATTTAATTCATTAGTTGCAGTAGTGGATAAAGTCa < 2:105934/140‑1 (MQ=255) aaTCTACTACCAGTGTTATTTCCTAAATTTGTAGAGTTGATTGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTAAGGAACTATTTAATTCATTAGTTGCAGTAGTGGATAAAGTCaa < 1:323015/140‑1 (MQ=255) aaTCTACCACCAGTGTTATTGCTTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTAAGGAACTATTTAATTCATTAGTTGCAGTAGTGGATAAAGTCaa > 2:233921/1‑140 (MQ=255) tgccagcaGGGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTAAGGAACTATTTAATTCATTAGTTGCAGTAGTGGATAAAGTCAaaagt < 1:683040/138‑1 (MQ=255) ccaccaGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTAAGGAACTATTTAATTCATTAGTTGCAGTAGTGGATAGAGTCAaaagtga > 2:219673/1‑140 (MQ=255) caccaGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCACTTGCAATTGATTTAAGAGGTAAGGAACTATTTAATTCATTAGTTGCAGTAGTGGATGAAGTCAaaagtgaa > 1:12193/1‑140 (MQ=255) aGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTAAGGAACTATTTAATTCATTAGTTGCAGTAGTGGATAAAGTCAaaagtgaaagtg < 1:401068/140‑1 (MQ=255) tgtTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTAAGGAACTATTTAATTCATTAGTTGCAGTAGTGGATAAAGTCAAAAGTGAAAGTGAc > 1:590549/1‑140 (MQ=255) tgtTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTAAGGAACTATTTAATTCATTAGTTGCAGTAGTGGATAAAGTCAAAAGTGAAAGTGAc > 1:46817/1‑140 (MQ=255) tATTGCGTAAATGTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTAAGGAACTATTTAATTCATTAGTTGCAGTAGTGGATAAAGTCAAAAGTGAAAGTGACGtc < 2:26391/140‑1 (MQ=255) tATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTAAGGAACTATTTAATTCATTAGTTGCAGTAGTGGATAAAGTCAAAAGTGAAAGTGACGtc > 1:451517/1‑140 (MQ=255) aTTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTAAGGAACTATTTAATTCATTAGTTGCAGTAGTGTATAAAGTCAAAAGTGAAAGTGACGtca > 1:589816/1‑140 (MQ=255) ttGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTAAGGAACTATTTAATTCATTAGTTGCAGTAGTGGATAAAGTCAAAAGTGAAAGTGACGtcat > 2:408475/1‑140 (MQ=255) ttGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTAAGGAACTATTTAATTCATTAGTTGCAGTAGTGGATAAAGTCAAAAGTGAAAGTGACGtcat > 2:347586/1‑140 (MQ=255) ttGCCTAAAATTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTAAGGAACTATTTAATTCATTAGTTGCAGTAGTGGATAAAGTCAAAAGTGAAAGTGACGtcat > 2:88169/1‑140 (MQ=255) tGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTAAGGAACTATTTAATTCATTAGCTGCAGTAGTGGATAAAGTCAAAAGTGAAAGTGACGtcatc < 2:220618/140‑1 (MQ=255) | ATAATAATGAAAAAGAAAAAAGTAAAAGTGAACTATTAGTTGTAACAGGTTTATCTGGCGCAGGTAAATCTTTGGTTATTCAATGTTTAGAAGACATGGGATATTTTTGTGTAGATAATCTACCACCAGTGTTATTGCCTAAATTTGTAGAGTTGATGGAACAAGGAAATCCATCCTTAAGAAAAGTGGCAATTGCAATTGATTTAAGAGGTAAGGAACTATTTAATTCATTAGTTGCAGTAGTGGATAAAGTCAAAAGTGAAAGTGACGTCATC > USA300TCH1516_ALE/848879‑849153 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |