| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,892,051 | A→T | 20.9% | intergenic (‑144/+376) | rot ← / ← USA300TCH1516_01749 | HTH‑type transcriptional regulator rot/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,892,051 | 0 | A | T | 20.9% | 114.2 / 17.3 | 56 | intergenic (‑144/+376) | rot/USA300TCH1516_01749 | HTH‑type transcriptional regulator rot/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/17); new base T (8/4); total (35/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CATCTCCCAATTAATAATCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAGAAAATATATCAATATT > USA300TCH1516_ALE/1891914‑1892189 | cATCTCCCAATTAATAATCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGt < 1:486813/140‑1 (MQ=255) ctcCCAATTAATAATCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTAAAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAATGTTGa > 1:128279/1‑140 (MQ=255) ctcCCAATTAATAATCACATATTTAGCTACCATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAATGTTGa > 1:185581/1‑140 (MQ=255) ccgaaTTAATAATCTCATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAAt < 2:270452/137‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaCTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAATGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATc < 2:509190/140‑1 (MQ=255) tATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAATGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCActc > 1:689667/1‑140 (MQ=255) tATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAATGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCActc > 1:252839/1‑140 (MQ=255) taaaagtaaaagTGGTAATTAACTTGCATTCTATACAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACAAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTAc < 2:580493/140‑1 (MQ=255) tAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTAc > 1:493579/1‑140 (MQ=255) aaaCTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACat < 1:597698/140‑1 (MQ=255) tACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTa < 1:620537/140‑1 (MQ=255) aaataaaCTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATaa < 2:582693/140‑1 (MQ=255) ataaaCATGCTTTCTAATCAATTGACAAAGTTGAATAAAATGAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAAtt < 2:699666/140‑1 (MQ=255) gCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACa > 2:133889/1‑140 (MQ=255) cTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATGTTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAAGCACTCTAGTACATACTAATTATATGATGTATAGACag > 2:182489/1‑139 (MQ=255) cTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACaa 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aaGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTACAATTTATATACAAAGAAAATATATCAATAtt > 2:79915/1‑140 (MQ=255) | CATCTCCCAATTAATAATCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAGAAAATATATCAATATT > USA300TCH1516_ALE/1891914‑1892189 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |