Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,010,363 | C→T | 100% | C146Y (TGT→TAT) | USA300HOU_RS10125 ← | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,010,363 | 0 | C | T | 100.0% | 141.6 / NA | 44 | C146Y (TGT→TAT) | USA300HOU_RS10125 | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (28/16); total (28/16) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TTTCACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTTG > USA300TCH1516_ALE/2010226‑2010497 | tttCACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATaa > 1:385507/1‑140 (MQ=255) ttCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATAtta > 1:81713/1‑139 (MQ=255) ttCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTc > 1:274874/1‑140 (MQ=255) ccAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGAACATCAT‑ATTTTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGt > 2:496362/1‑140 (MQ=255) cAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGtt > 2:8870/1‑140 (MQ=255) cAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGtt > 2:224120/1‑140 (MQ=255) cAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGtt > 2:100474/1‑140 (MQ=255) cAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGtt > 1:596182/1‑140 (MQ=255) aaGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTaa > 1:623702/1‑140 (MQ=255) aaaCGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATg > 1:269972/1‑140 (MQ=255) aaaCGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATg > 2:394462/1‑140 (MQ=255) acacCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCt < 1:692613/140‑1 (MQ=255) cacCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCtt < 1:8870/140‑1 (MQ=255) ttAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTtttgtt < 2:596387/140‑1 (MQ=255) aatgtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTtgtttgtt > 2:225049/1‑140 (MQ=255) aaagtaaaaagGGAAAAGAAAGAACGCTGCTAAAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTtgtttgtt < 2:484266/137‑1 (MQ=255) gtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACGTTATGGCTATTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTGGTTCaa > 1:99375/1‑140 (MQ=255) ggAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTa < 1:507884/140‑1 (MQ=255) aTAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCAc < 1:540163/140‑1 (MQ=255) aaCAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCActct < 1:624543/140‑1 (MQ=255) cAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATGATTAATCACTCTAg > 1:336883/1‑140 (MQ=255) ctAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACt > 1:87794/1‑140 (MQ=255) aaTTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTAc < 1:551658/140‑1 (MQ=255) aTTTCACATCTAAGAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATGATAATTGTTATATAATCTAACAAAATATTCATTAGGCTGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAGTCACTCTAGATATTACTTGACCTACt > 2:544659/1‑140 (MQ=255) aTTTCACATCTAAGAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACt > 1:79909/1‑140 (MQ=255) ttCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTg > 2:272807/1‑140 (MQ=255) ttCAAATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTg < 2:441363/140‑1 (MQ=255) aGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATaa < 1:375867/140‑1 (MQ=255) aGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATATTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATaa > 1:501338/1‑140 (MQ=255) cATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGTTATTACTTGACCTACTTGATTATTCGCTTAAAAtc > 1:689426/1‑140 (MQ=255) aTTATGGACAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAAtct < 1:130824/140‑1 (MQ=255) tATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCg < 2:657330/140‑1 (MQ=255) aTGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATTAATTCTCGc > 1:199279/1‑140 (MQ=255) aTGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAACTCTCGc > 1:688657/1‑140 (MQ=255) tGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCGTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCa > 2:385294/1‑140 (MQ=255) gCA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATGCATTAACCCTGTTAAAATAAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGAAATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTaaatc > 2:202063/1‑138 (MQ=255) cA‑ATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCt < 1:424750/140‑1 (MQ=255) ataataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGTTTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTg > 1:249335/1‑140 (MQ=255) ataataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTg > 1:4355/1‑140 (MQ=255) taataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGt < 2:596182/140‑1 (MQ=255) ttGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCCCTTAAAGCTTGTAAATgg > 2:313628/1‑140 (MQ=255) tGTTATATAATCTCATCAAATATTCATTAACCCGGCTAAAATGCACTCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATAACTCCAGTTATTACTTGACCTCCTTGATTCTTTGCATAGACACACGCTTTTAAAGCTTGTAAATGGt < 2:613946/140‑1 (MQ=255) tGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTCAAAAGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGt > 1:686967/1‑140 (MQ=255) ttATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACACTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTTg < 2:495326/140‑1 (MQ=255) | TTTCACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCA‑ATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTTG > USA300TCH1516_ALE/2010226‑2010497 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |