Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,154,656 | A→G | 6.2% | F341L (TTT→CTT) | nrgA ← | Ammonium transporter NrgA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,154,656 | 0 | A | G | 6.2% | 187.8 / 2.7 | 64 | F341L (TTT→CTT) | nrgA | Ammonium transporter NrgA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/17); new base G (2/2); total (45/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.03e-01 |
TCTTGTTCCGTAACAGATAATGGTGTAATTAATTTAATTACTTTCGCAATAATAAACGTCATGACTATACTAAAAATTACAACTG‑CTGTTACACATAATATTTGTACAAGTATAATATGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGCATCATGATATTTTAGTTTTACCTTGATGTAATTAATG > USA300TCH1516_ALE/2154517‑2154795 | tCTTGTTCCGTAACAGATAATGGTGTAATTAATTTAATTACTTTCGGAATAATAAACGTCATGACTATACTAAAAAATACAACTG‑CTGTTACACATAATATTTGTACAAGTATAATATGTATGTCACCAGTAtaaataaa < 2:10016/140‑1 (MQ=255) ccGTAACAGATAATGGTGTAATTAATTTAATTACTTTCGCAATAATAAACGTCATGACTATACTAAAAATTACAACTG‑CTGTTACACATAATATTTGTACAAGTATAATATGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATtc > 2:274139/1‑140 (MQ=255) tAACAGATAATGGTGTAATTAATTTAATTACTTTCGCAATAATAAACGTCGTGACTATACTAAAAATTACAAATG‑CTGTTCCACATAATATTTGTACAAGTATAATAAGTGTGTCTAAAGTCTAAATAAAGCCATTTTCa > 2:102393/1‑140 (MQ=255) aaCAGATAATGGTGTAATTAATTTAATTACTTTCGCAATAATAAACGTCATGACTATACTAAAAATTACAACTG‑CTGTTACACATAATATTTGTACAAGTATAATATGTATGTCCCCAGTATAAATAAAGCAATTATCaa > 2:289068/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) gtAATTAATTTAATTACTTTCGCAATAATAAACGTCATGCCTATACTAAAAATTACAACTG‑CTGTTACACATAATATTTGTACAAGTATAATATGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGc > 1:134199/1‑140 (MQ=255) attaattTAATTACTTTCGCAATAATAAACGTCATGACTATACTCAAAA‑TACCGTTGACTTTTACACATTATATGTATACAAGTATAATATGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCttt < 1:481356/140‑1 (MQ=255) tttaattACTTTCGCAATAATAAACGTCATGACTATACTAAAAATTACAACTG‑CTGTTACACATAATATTTGTACAAGTATAATATGTATGTCACCAGTATAAATAAGGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTAc > 2:321162/1‑140 (MQ=255) tttaattACTTTCGCAATAATAAACGTCATGACTATACTAAAAATTACAACTG‑CTGTTACACATAATATTTGTACAAGTATAATATGTATGTCACCAGTATAAATAAGGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTAc > 2:690668/1‑140 (MQ=255) ttCGCAATAATAAACGTCATGACTATACTAAAAATTACAACTG‑CTGTTACACATAATATTTGTACAAGTATAATATGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGaaaat > 1:30969/1‑139 (MQ=255) ttCGCAATAATAAACGTCATGACTATACTAAAAATTACAACTG‑CTGTTACACATAATATTTGTACAAGTATAATATGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTAAGGATTTACTTTTTTACTTTGGAAAAc > 2:110831/1‑140 (MQ=255) cAATAATAAACGTCATGACTATACTAAAAATTACAACTG‑CTGTTACACATAATATTTGTACAAGTATAATATGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAACctgct > 1:107373/1‑140 (MQ=255) cAATAATAAACGTCATGACTATACTAAAAATTACAACTG‑CTGTTACACATAATATTTGTACAAGTATAATATGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAActgct > 2:386522/1‑140 (MQ=255) aataaACGTCATGACTATACTAAAAATTACAACTG‑CTGTTACACATAATATTTGTACAAGTATAATATGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTa > 1:487061/1‑140 (MQ=255) aCGTCATGACTATACTAAAAATTACAACTG‑CTGTTACACATAATATTTGTACAAGTATAATATGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACa > 1:37108/1‑140 (MQ=255) tCATGACTATACTAAAAATTACAACTG‑CTGTTACACATAATATTTGTACAAGTATAATATGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCa < 1:66383/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cTAAAAAGTACAACTG‑CTGTTACACATAATATTTGTACAAGTATAATATGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTGTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATacc < 2:193195/140‑1 (MQ=255) aaaTTACAACTG‑CTGTTACACATAATATTTGTACAAGTATAATATGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATAccacca < 1:74273/140‑1 (MQ=255) aTTACAACTG‑CTGTTACACATAATATTTGTACAAGTATAATATGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAac > 1:658321/1‑140 (MQ=255) cAACTG‑CTGTTACACATAATATTTGTACAAGTATAATATGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAACCTGCTGTTACAACAGCACCAATAATATCACCAACACCa > 1:346830/1‑140 (MQ=255) aCTG‑CTGTTACACATAATATTTGTACAAGTATAATATGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATg < 2:654646/140‑1 (MQ=255) gTTACACATAATATTTGTACAAGTATAATATGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCACAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATATAACCAACACCATGAATAcc > 2:340717/1‑140 (MQ=255) tACACATAATATTTGTACAAGTATAATATGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCaa > 2:697699/1‑140 (MQ=255) acacATAATATTTGTACAAGTATAATATGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCaaa > 1:533339/1‑140 (MQ=255) acaTAATATTTGTACAAGTATAATATGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATg > 1:621023/1‑140 (MQ=255) tACAAGTATAATATGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGcat > 2:431843/1‑140 (MQ=255) aaGTATAATATGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTATAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGcatcat > 1:62427/1‑140 (MQ=255) aaGTATAATATGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGcatcat < 1:393106/140‑1 (MQ=255) tataATATGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCCTTCTCAATGTCAGGGTTGGCTTTTTTACTTTGGAGAACTGCTGTTAAAGCAGCTGCAATAATACCACCATCACCGTGAATACGAAATGCATCGAATgcagcacgct > 1:298286/1‑136 (MQ=255) tataATATGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGCATCATGat > 1:461231/1‑140 (MQ=255) aataTGTATGTCACCAGTATAAATAAGGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCCGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGCATCATGATAtt < 1:690668/140‑1 (MQ=255) aataTGTATGTCACCAGTATAAATAAGGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCCGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGCATCATGATAtt < 1:321162/140‑1 (MQ=255) aataTGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATACATCATGATAtt > 2:39894/1‑140 (MQ=255) aataTGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGC‑TTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATGTAATGCATCATGATAttt > 1:312865/1‑140 (MQ=255) tatgtatgTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGCATCATGATAtttt < 1:379035/140‑1 (MQ=255) tatgtatgTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGCATCATGATAtttt < 1:452375/140‑1 (MQ=255) tatgtatgTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGCATCATGATAtttt < 2:247375/140‑1 (MQ=255) atgtatgtCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATTCCACCAACACCATGAATAACAAATGCATCTAATGCATCATGATATATTa > 2:31193/1‑140 (MQ=255) atgtatgtCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGCATCATGATATTTTa > 1:492521/1‑140 (MQ=255) gtatgtCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAACACTGCTGTTAAAACAGCACTAATAATATCACCAACACCATGAATACCAATTGCATCTAATTCATCTTGATGTTTTTGt > 1:53585/1‑140 (MQ=255) gtatgtCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGCATCATGATATTTTAGt > 1:448881/1‑140 (MQ=255) gtatgtCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGCATCATGATATTTTAGt > 1:546789/1‑140 (MQ=255) gtCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGAACCAATAATACAACCAACACACTGAATACCAAATGCATCTAATGCATCAGGATATCTTaagatta > 2:400433/1‑134 (MQ=255) cACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGCATCATGATATTTTAGTTTTAcc < 2:424574/140‑1 (MQ=255) cACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGCATCATGATATTTTAGTTTTAcc > 1:77445/1‑140 (MQ=255) cACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATACATCATGATAATTTAGTATTaat > 2:675384/1‑138 (MQ=255) ccAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGCATCATGATATTTTAGTTTTACCtt < 1:31252/140‑1 (MQ=255) cAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGACTACCAAGTGCATCTCATGCATCATGATATTTTAGTTTTACCTTg > 1:538082/1‑140 (MQ=255) aGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATATCACCAACACCATGATTACCAAATGCATCTAATGCATCAAGCTATTTACGTTTTACCttac > 2:651867/1‑138 (MQ=255) aGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCCCCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGCATCATGATAATTTAGTTTTAACttta > 1:230915/1‑138 (MQ=255) aGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGCATCATGATATTTTAGTTTTACCTTGa > 1:240522/1‑140 (MQ=255) gTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGCATCATGCAATTTTAGTTTTACCTTGAt > 2:77521/1‑140 (MQ=255) gTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGCATCATGATATTTTAGTTTTACCTTGAt > 1:462502/1‑140 (MQ=255) ataaataaAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGCATCATGATATTTTAGTTTTACCTTGATGt > 1:143780/1‑140 (MQ=255) taaataaaGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGCATCATGATATTTTAGTTTTAGATTGATGta > 2:514995/1‑140 (MQ=255) taaataaaGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGCATCATGATATTTTAGTTTTACCTTGATGta < 1:567966/140‑1 (MQ=255) taaataaaGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGCATCATGATATTTTAGTTTTACCTTGATGta > 1:118859/1‑140 (MQ=255) aaataaaGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGCATCATGATATTTTAGTTTTACCTTGATGtaa < 1:498224/140‑1 (MQ=255) aaaGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGCATCATGATATTTTAGTTTTACCTTGATGtaattaa < 1:562110/140‑1 (MQ=255) aGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCACCTAATGCATCATGATATTTTAGTTTTACATAGATGTAATTAATg > 2:138961/1‑140 (MQ=255) | TCTTGTTCCGTAACAGATAATGGTGTAATTAATTTAATTACTTTCGCAATAATAAACGTCATGACTATACTAAAAATTACAACTG‑CTGTTACACATAATATTTGTACAAGTATAATATGTATGTCACCAGTATAAATAAAGCCATTCTCAATGTCAGGATTGGCTTTTTTACTTTGGAAAACTGCTGTTAAAACAGCACCAATAATACCACCAACACCATGAATACCAAATGCATCTAATGCATCATGATATTTTAGTTTTACCTTGATGTAATTAATG > USA300TCH1516_ALE/2154517‑2154795 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |